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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vc5 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for natural lactonase and promiscuous phosphotriesterase activities | |||||||||
要素 | ARYLDIALKYLPHOSPHATASE | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / PHOSPHOTRIESTERASE / PROMISCUOUS ACTIVITIES / ENZYME EVOLUTION / HYPERTHERMOPHILIC / LACTONASE / BIOTECHNOLOGY / QUORUM SENSING | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Elias, M. / Dupuy, J. / Merone, L. / Mandrich, L. / Moniot, S. / Lecomte, C. / Rossi, M. / Masson, P. / Manco, G. / Chabriere, E. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: Structural Basis for Natural Lactonase and Promiscuous Phosphotriesterase Activities. 著者: Elias, M. / Dupuy, J. / Merone, L. / Mandrich, L. / Porzio, E. / Moniot, S. / Rochu, D. / Lecomte, C. / Rossi, M. / Masson, P. / Manco, G. / Chabriere, E. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Analysis of the Hyperthermophilic Sulfolobus Solfataricus Phosphotriesterase 著者: Elias, M. / Dupuy, J. / Merone, L. / Lecomte, C. / Rossi, M. / Masson, P. / Manco, G. / Chabriere, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vc5.cif.gz | 261 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vc5.ent.gz | 213.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vc5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vc5_validation.pdf.gz | 493.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vc5_full_validation.pdf.gz | 515.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vc5_validation.xml.gz | 49.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vc5_validation.cif.gz | 66.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vc5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/2vc5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 35657.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97VT7, aryldialkylphosphatase |
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-非ポリマー , 5種, 271分子
#2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CO / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | FE (II) ION (FE): FE II |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.76 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8 / 詳細: 50MM TRIS-HCL PH 8, 15-18% PEG 8000, 0.1MM COCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9789 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9789 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.59→44.9 Å / Num. obs: 85611 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 11.69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1DPM 解像度: 2.6→44.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.872 / SU B: 14.903 / SU ML: 0.307 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 4.374 / ESU R Free: 0.373 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.8 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.6→44.9 Å
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拘束条件 |
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