PDB-2vbi: Holostructure of pyruvate decarboxylase from Acetobacter pasteurianus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vbi

タイトル

Holostructure of pyruvate decarboxylase from Acetobacter pasteurianus

要素

PYRUVATE DECARBOXYLASE

キーワード

LYASE / THIAMINE PYROPHOSPHATE / PYRUVATE DECARBOXYLASE / PYRUVATE / FLAVOPROTEIN / THDP-DEPENDENT ENZYME

機能・相同性

機能・相同性情報

pyruvate decarboxylase / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

ACETOBACTER PASTEURIANUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Gocke, D. / Berthold, C.L. / Schneider, G. / Pohl, M.

履歴

登録	2007年9月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vbi.cif.gz	789.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vbi.ent.gz	646.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vbi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vbi_validation.pdf.gz	813 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vbi_full_validation.pdf.gz	866.4 KB	表示
XML形式データ	2vbi_validation.xml.gz	84.2 KB	表示
CIF形式データ	2vbi_validation.cif.gz	126.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vbi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vb/2vbi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1zpdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5euj-1 5euj-2 5euj-6 5euj-3 4zp1-d 5euj-4 5euj-5 1zpd-d 6rx8-1 3dl8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (9) #213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1)

登録構造単位

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

C: PYRUVATE DECARBOXYLASE

D: PYRUVATE DECARBOXYLASE

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

G: PYRUVATE DECARBOXYLASE

H: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

493 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PYRUVATE DECARBOXYLASE

B: PYRUVATE DECARBOXYLASE

C: PYRUVATE DECARBOXYLASE

D: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 4 ポリマー
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2

E: PYRUVATE DECARBOXYLASE

F: PYRUVATE DECARBOXYLASE

G: PYRUVATE DECARBOXYLASE

H: PYRUVATE DECARBOXYLASE

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
247 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	179.619, 162.434, 169.331
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.71, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
1	2	A
2	2	B
3	2	C
4	2	D
5	2	F
6	2	G
7	2	H

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	2 - 201
2	1	1	1	B	2 - 201
3	1	1	1	C	2 - 201
4	1	1	1	D	2 - 201
5	1	1	1	E	2 - 201
6	1	1	1	F	2 - 201
7	1	1	1	G	2 - 201
8	1	1	1	H	2 - 201
1	2	1	1	A	211 - 558
2	2	1	1	B	211 - 558
3	2	1	1	C	211 - 558
4	2	1	1	D	211 - 558
5	2	1	1	E	211 - 558
6	2	1	1	F	211 - 558
7	2	1	1	G	211 - 558
8	2	1	1	H	211 - 558
1	1	2	1	A	2 - 558
2	1	2	1	B	2 - 558
3	1	2	1	C	2 - 558
4	1	2	1	D	2 - 558
5	1	2	1	F	2 - 558
6	1	2	1	G	2 - 558
7	1	2	1	H	2 - 558

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.8, 0.459, 0.386), (-0.591, 0.494, 0.638), (0.102, -0.739, 0.666)
ベクター: 65.77002, -26.2087, 36.9152)

#1: タンパク質	PYRUVATE DECARBOXYLASE 分子量: 61193.320 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) ACETOBACTER PASTEURIANUS (バクテリア) 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM-NO 2347). / プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8L388, pyruvate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONFLICTS IN THE SEQUENCE ARE KNOWN AND ARE DISCUSSED IN THE AUTHOR'S PUBLICATION. THERE ARE ...THE CONFLICTS IN THE SEQUENCE ARE KNOWN AND ARE DISCUSSED IN THE AUTHOR'S PUBLICATION. THERE ARE NINE DIFFERENT RESIDUES AND ONE MISSING RESIDUE OF THE DATABASE ENTRY OF RAJ ET AL. (NCBI ENTRY, ACCESSION NUMBER AAM21208) COMPARED TO THIS PROTEIN SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.2 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.041
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月19日詳細: MULTILAYER MIRROR, CURVED TO FOCUS IN THE VERTICAL (R 400 M)
放射	モノクロメーター: BENT SILICON CRYSTAL, HORIZONTALLY FOCUSING プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.041 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→39.44 Å / Num. obs: 119238 / % possible obs: 97.2 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZPD

1zpd

解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.904 / SU B: 31.82 / SU ML: 0.295 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.376 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	5995	5 %	RANDOM
R_work	0.224	-	-	-
obs	0.225	113173	97.1 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.68 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.03 Å²	0 Å²	-1.56 Å²
2-	-	-3.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	33496	0	216	92	33804

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	34456
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.095	1.958	46944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.302	5	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.266	24.254	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.64	15	5472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.297	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	5360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	26144
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	15867
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.302	0.2	23504
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.505	0.2	134
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.272	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.13	1.5	22515
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.204	2	35304
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.404	3	13505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.63	4.5	11632
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	4130	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	4130	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	4130	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	4130	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	4130	tight positional	0.03	0.05
1	6	F	4130	tight positional	0.02	0.05
1	7	G	4130	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	4130	tight positional	0.02	0.05
2	1	A	4194	tight positional	0.01	0.05
2	2	B	4194	tight positional	0.02	0.05
2	3	C	4194	tight positional	0.02	0.05
2	4	D	4194	tight positional	0.02	0.05
2	5	F	4194	tight positional	0.02	0.05
2	6	G	4194	tight positional	0.01	0.05
2	7	H	4194	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	4130	tight thermal	0.02	0.5
1	2	B	4130	tight thermal	0.02	0.5
1	3	C	4130	tight thermal	0.02	0.5
1	4	D	4130	tight thermal	0.03	0.5
1	5	E	4130	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	4130	tight thermal	0.02	0.5
1	7	G	4130	tight thermal	0.02	0.5
1	8	H	4130	tight thermal	0.02	0.5
2	1	A	4194	tight thermal	0.02	0.5
2	2	B	4194	tight thermal	0.02	0.5
2	3	C	4194	tight thermal	0.02	0.5
2	4	D	4194	tight thermal	0.03	0.5
2	5	F	4194	tight thermal	0.02	0.5
2	6	G	4194	tight thermal	0.02	0.5
2	7	H	4194	tight thermal	0.02	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.377	470
R_work	0.361	8380

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6571	-0.2556	0.2957	1.8635	0.098	1.3252	-0.0667	-0.1157	-0.3047	0.2854	0.1545	0.9504	0.3756	-0.2595	-0.0878	-0.1416	-0.0955	0.1883	-0.0028	0.1261	0.4588	-57.0641	-16.6443	-12.7374
2	1.0118	-0.0784	0.2459	1.8712	0.2099	1.0121	-0.2314	-0.3632	0.028	0.8433	0.218	0.1856	0.142	0.0087	0.0135	0.2299	0.1639	0.0604	0.0516	0.0507	-0.1856	-31.0209	-6.2027	9.6152
3	0.9413	-0.5742	0.1927	1.8305	-0.1365	0.7994	-0.0053	0.0676	0.0496	-0.0944	0.0078	-0.3746	0.1124	0.2665	-0.0025	-0.2699	-0.0092	-0.0163	-0.0564	0.0015	-0.1174	-10.4967	3.2376	-29.2767
4	1.0299	-0.3277	0.1478	1.7639	-0.0389	0.6932	-0.0405	0.027	0.1126	-0.2049	0.0145	0.3796	-0.0101	-0.0637	0.026	-0.2553	-0.0559	-0.0937	-0.1288	0.0455	-0.1198	-42.1191	18.5974	-36.2003
5	0.4026	0.1463	0.0858	0.7748	-0.1686	1.5655	-0.0017	0.0317	-0.1075	-0.3403	0.0334	-0.1064	0.0479	-0.0167	-0.0317	-0.0498	-0.1038	-0.0069	-0.1432	0.0179	-0.1595	-109.0078	-14.9795	-74.4188
6	0.4496	0.2155	0.1891	1.2303	0.1556	1.0484	0.0598	-0.1357	-0.0941	0.1223	-0.0079	-0.3458	-0.0124	0.0548	-0.0518	-0.239	-0.0771	-0.0568	-0.0664	0.0572	-0.0207	-92.0878	-14.2967	-42.8133
7	1.1229	0.013	-0.0023	1.0674	0.1661	0.7979	-0.0109	0.0195	0.092	-0.2482	0.1076	-0.4059	-0.3407	0.2298	-0.0967	0.073	-0.201	0.0815	-0.053	-0.0633	-0.0046	-85.1249	28.3648	-54.7703
8	0.8394	0.1816	0.0387	1.2065	0.0779	0.8182	0.003	-0.0764	0.0771	-0.1409	0.017	0.1691	-0.347	-0.2039	-0.02	0.1285	0.0281	-0.0346	-0.0862	0.0393	-0.1735	-120.2429	26.5396	-61.8361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 555
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 555
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 555
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 555
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 555
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 555
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	2 - 555
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	2 - 555

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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