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- PDB-2vbf: The holostructure of the branched-chain keto acid decarboxylase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vbf
タイトルThe holostructure of the branched-chain keto acid decarboxylase (KdcA) from Lactococcus lactis
要素BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DECARBOXYLASE
キーワードLYASE / KDCA / FLAVOPROTEIN / THDP-DEPENDENT ENZYMES / THIAMINE PYROPHOSPHATE
機能・相同性
機能・相同性情報


branched-chain-2-oxoacid decarboxylase activity / aromatic amino acid family catabolic process to alcohol via Ehrlich pathway / pyruvate decarboxylase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains ...: / : / Thiamine pyrophosphate (TPP)-dependent enzyme / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, central domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP-binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, N-terminal TPP binding domain / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP-binding / Thiamine pyrophosphate enzyme, C-terminal TPP binding domain / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / TPP-binding domain / Thiamin diphosphate-binding fold / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / Branched-chain alpha-ketoacid decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Berthold, C.L. / Gocke, D. / Wood, M.D. / Leeper, F. / Pohl, M. / Schneider, G.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Branched-Chain Keto Acid Decarboxylase (Kdca) from Lactococcus Lactis Provides Insights Into the Structural Basis for the Chemo- and Enantioselective Carboligation Reaction
著者: Berthold, C.L. / Gocke, D. / Wood, M.D. / Leeper, F. / Pohl, M. / Schneider, G.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DECARBOXYLASE
B: BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DECARBOXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,7126
ポリマ－126,8132
非ポリマー8994
水19,9791109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8590 Å2
ΔGint-60.1 kcal/mol
Surface area46070 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.603, 108.421, 146.593
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21A

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114B-11 - -6
2114A-11 - -6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.443, -0.646, -0.622), (-0.643, -0.712, 0.282), (-0.624, 0.275, -0.731)88.80892, 182.40291, 16.90536
2given(0.432, -0.675, -0.598), (-0.689, -0.675, 0.263), (-0.581, 0.299, -0.757)90.70049, 181.44542, 14.40747

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要素

#1: タンパク質 BRANCHED-CHAIN ALPHA-KETOACID DECARBOXYLASE / BRANCHED-CHAIN KETO ACID DECARBOXYLASE


分子量: 63406.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN A AND B CONTAIN THE COMPLETE ENZYME SEQUENCE AND SHORT N-TERMINAL TAGS WITH LINKERS, WHICH ARE BOUND IN ADJACENT DIMERS IN THE CRYSTAL.
由来: (組換発現) LACTOCOCCUS LACTIS (乳酸菌) / プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q6QBS4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN CONTAINS A 23 AMINO ACID N-TERMINAL EXTENSION, MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMAS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.71 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月3日
放射モノクロメーター: DIAMOND (111), GE(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→56.17 Å / Num. obs: 127559 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 63.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OVM

1ovm


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 1.674 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE RESIDUES 182-187 HAVE NOT BEEN MODELED DUE TO LACK OF ELECTRON DENSITY THE FLEXIBLE REGION B 538-547 WAS MODELED AT OCCUPANCY 0.5
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2 6436 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.165 121047 92.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8564 0 54 1109 9727
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025912
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.9712034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.891314544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55751121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.85125.414399
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.333151562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4691530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.21364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.029842
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.21898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1820.26411
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.24410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0820.24307
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.320.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1830.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1640.234
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.47237151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6648857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.85343956
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.53253159
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: B / Ens-ID: 1 / 数: 55 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
medium positional0.130.5
medium thermal0.742
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.308 300
Rwork0.249 5619

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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