PDB-2vav: Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vav

タイトル

Crystal structure of deacetylcephalosporin C acetyltransferase (DAC-Soak)

要素

ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

キーワード

TRANSFERASE / ACETYL TRANSFERASE / A/B- HYDROLASE FOLD / ACYLTRANSFERASE / ACETYL COENZYME A / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / CEPHALOSPORIN BIOSYNTHESIS

機能・相同性

機能・相同性情報

deacetylcephalosporin-C acetyltransferase / deacetylcephalosporin-C acetyltransferase activity / homoserine metabolic process / homoserine O-acetyltransferase activity / methionine biosynthetic process / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2008
タイトル: The last step in cephalosporin C formation revealed: crystal structures of deacetylcephalosporin C acetyltransferase from Acremonium chrysogenum in complexes with reaction intermediates.
著者: Lejon, S. / Ellis, J. / Valegard, K.

履歴

登録	2007年9月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2018年12月12日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _pdbx_validate_close_contact.label_alt_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	2vatC 2vaxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2vat-1 2vax-4 2vax-5 2vat-3 2vax-3 2vax-6 2vat-2 2vax-2 5u4n-1 4o3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

D: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

E: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

H: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

597 kDa, 12 ポリマー
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1

A: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

I: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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99.6 kDa, 2 ポリマー
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2

B: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

E: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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99.6 kDa, 2 ポリマー
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3

D: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

K: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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4

F: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

H: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

ヘテロ分子

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5

G: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

L: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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6

C: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

J: ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE

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単位格子

Length a, b, c (Å)	122.065, 108.865, 195.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	7 - 32
2	1	1	1	B	7 - 32
3	1	1	1	C	7 - 32
4	1	1	1	D	7 - 32
5	1	1	1	E	7 - 32
6	1	1	1	F	7 - 32
7	1	1	1	G	7 - 32
8	1	1	1	H	7 - 32
9	1	1	1	I	7 - 32
10	1	1	1	J	7 - 32
11	1	1	1	K	7 - 32
12	1	1	1	L	7 - 32
1	1	2	1	A	34 - 48
2	1	2	1	B	34 - 48
3	1	2	1	C	34 - 48
4	1	2	1	D	34 - 48
5	1	2	1	E	34 - 48
6	1	2	1	F	34 - 48
7	1	2	1	G	34 - 48
8	1	2	1	H	34 - 48
9	1	2	1	I	34 - 48
10	1	2	1	J	34 - 48
11	1	2	1	K	34 - 48
12	1	2	1	L	34 - 48
1	1	3	1	A	50 - 119
2	1	3	1	B	50 - 119
3	1	3	1	C	50 - 119
4	1	3	1	D	50 - 119
5	1	3	1	E	50 - 119
6	1	3	1	F	50 - 119
7	1	3	1	G	50 - 119
8	1	3	1	H	50 - 119
9	1	3	1	I	50 - 119
10	1	3	1	J	50 - 119
11	1	3	1	K	50 - 119
12	1	3	1	L	50 - 119
1	1	4	1	A	121 - 127
2	1	4	1	B	121 - 127
3	1	4	1	C	121 - 127
4	1	4	1	D	121 - 127
5	1	4	1	E	121 - 127
6	1	4	1	F	121 - 127
7	1	4	1	G	121 - 127
8	1	4	1	H	121 - 127
9	1	4	1	I	121 - 127
10	1	4	1	J	121 - 127
11	1	4	1	K	121 - 127
12	1	4	1	L	121 - 127
1	1	5	1	A	129 - 130
2	1	5	1	B	129 - 130
3	1	5	1	C	129 - 130
4	1	5	1	D	129 - 130
5	1	5	1	E	129 - 130
6	1	5	1	F	129 - 130
7	1	5	1	G	129 - 130
8	1	5	1	H	129 - 130
9	1	5	1	I	129 - 130
10	1	5	1	J	129 - 130
11	1	5	1	K	129 - 130
12	1	5	1	L	129 - 130
1	1	6	1	A	132 - 139
2	1	6	1	B	132 - 139
3	1	6	1	C	132 - 139
4	1	6	1	D	132 - 139
5	1	6	1	E	132 - 139
6	1	6	1	F	132 - 139
7	1	6	1	G	132 - 139
8	1	6	1	H	132 - 139
9	1	6	1	I	132 - 139
10	1	6	1	J	132 - 139
11	1	6	1	K	132 - 139
12	1	6	1	L	132 - 139
1	1	7	1	A	141 - 144
2	1	7	1	B	141 - 144
3	1	7	1	C	141 - 144
4	1	7	1	D	141 - 144
5	1	7	1	E	141 - 144
6	1	7	1	F	141 - 144
7	1	7	1	G	141 - 144
8	1	7	1	H	141 - 144
9	1	7	1	I	141 - 144
10	1	7	1	J	141 - 144
11	1	7	1	K	141 - 144
12	1	7	1	L	141 - 144
1	1	8	1	A	146 - 189
2	1	8	1	B	146 - 189
3	1	8	1	C	146 - 189
4	1	8	1	D	146 - 189
5	1	8	1	E	146 - 189
6	1	8	1	F	146 - 189
7	1	8	1	G	146 - 189
8	1	8	1	H	146 - 189
9	1	8	1	I	146 - 189
10	1	8	1	J	146 - 189
11	1	8	1	K	146 - 189
12	1	8	1	L	146 - 189
1	1	9	1	A	191 - 199
2	1	9	1	B	191 - 199
3	1	9	1	C	191 - 199
4	1	9	1	D	191 - 199
5	1	9	1	E	191 - 199
6	1	9	1	F	191 - 199
7	1	9	1	G	191 - 199
8	1	9	1	H	191 - 199
9	1	9	1	I	191 - 199
10	1	9	1	J	191 - 199
11	1	9	1	K	191 - 199
12	1	9	1	L	191 - 199
1	1	10	1	A	202 - 217
2	1	10	1	B	202 - 217
3	1	10	1	C	202 - 217
4	1	10	1	D	202 - 217
5	1	10	1	E	202 - 217
6	1	10	1	F	202 - 217
7	1	10	1	G	202 - 217
8	1	10	1	H	202 - 217
9	1	10	1	I	202 - 217
10	1	10	1	J	202 - 217
11	1	10	1	K	202 - 217
12	1	10	1	L	202 - 217
1	1	11	1	A	219 - 237
2	1	11	1	B	219 - 237
3	1	11	1	C	219 - 237
4	1	11	1	D	219 - 237
5	1	11	1	E	219 - 237
6	1	11	1	F	219 - 237
7	1	11	1	G	219 - 237
8	1	11	1	H	219 - 237
9	1	11	1	I	219 - 237
10	1	11	1	J	219 - 237
11	1	11	1	K	219 - 237
12	1	11	1	L	219 - 237
1	1	12	1	A	270 - 303
2	1	12	1	B	270 - 303
3	1	12	1	C	270 - 303
4	1	12	1	D	270 - 303
5	1	12	1	E	270 - 303
6	1	12	1	F	270 - 303
7	1	12	1	G	270 - 303
8	1	12	1	H	270 - 303
9	1	12	1	I	270 - 303
10	1	12	1	J	270 - 303
11	1	12	1	K	270 - 303
12	1	12	1	L	270 - 303
1	1	13	1	A	304 - 307
2	1	13	1	B	304 - 307
3	1	13	1	C	304 - 307
4	1	13	1	D	304 - 307
5	1	13	1	E	304 - 307
6	1	13	1	F	304 - 307
7	1	13	1	G	304 - 307
8	1	13	1	H	304 - 307
9	1	13	1	I	304 - 307
10	1	13	1	J	304 - 307
11	1	13	1	K	304 - 307
12	1	13	1	L	304 - 307
1	1	14	1	A	309 - 330
2	1	14	1	B	309 - 330
3	1	14	1	C	309 - 330
4	1	14	1	D	309 - 330
5	1	14	1	E	309 - 330
6	1	14	1	F	309 - 330
7	1	14	1	G	309 - 330
8	1	14	1	H	309 - 330
9	1	14	1	I	309 - 330
10	1	14	1	J	309 - 330
11	1	14	1	K	309 - 330
12	1	14	1	L	309 - 330
1	1	15	1	A	332 - 359
2	1	15	1	B	332 - 359
3	1	15	1	C	332 - 359
4	1	15	1	D	332 - 359
5	1	15	1	E	332 - 359
6	1	15	1	F	332 - 359
7	1	15	1	G	332 - 359
8	1	15	1	H	332 - 359
9	1	15	1	I	332 - 359
10	1	15	1	J	332 - 359
11	1	15	1	K	332 - 359
12	1	15	1	L	332 - 359
1	1	16	1	A	361 - 382
2	1	16	1	B	361 - 382
3	1	16	1	C	361 - 382
4	1	16	1	D	361 - 382
5	1	16	1	E	361 - 382
6	1	16	1	F	361 - 382
7	1	16	1	G	361 - 382
8	1	16	1	H	361 - 382
9	1	16	1	I	361 - 382
10	1	16	1	J	361 - 382
11	1	16	1	K	361 - 382
12	1	16	1	L	361 - 382

NCSアンサンブル:
NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.9999, -0.007868, -0.007694), (0.00772, -0.9998, 0.01917), (-0.007843, 0.01911, 0.9998)	152.9, 20.54, 0.4865
2	given	(-0.7937, 0.09822, -0.6004), (0.07438, 0.9951, 0.06448), (0.6038, 0.006523, -0.7971)	147.8, 1.185, -19.53
3	given	(0.7935, -0.09857, -0.6005), (-0.07479, -0.9951, 0.06452), (-0.604, -0.006288, -0.797)	58.1, -23.72, 168.8
4	given	(1, -0.000317, 3.4E-5), (-0.000317, -1, 0.000145), (3.4E-5, -0.000145, -1)	61.05, 22.01, 97.9
5	given	(-0.5227, 0.5017, 0.6893), (0.3375, 0.8642, -0.3731), (-0.7828, 0.0376, -0.6211)	110.5, -7.312, 56.3
6	given	(0.5331, 0.4925, 0.6879), (0.3799, -0.8659, 0.3254), (0.7559, 0.08787, -0.6487)	-8.14, -43.33, 58.61
7	given	(0.5329, -0.4929, -0.6878), (0.3815, 0.8655, -0.3247), (0.7553, -0.08938, 0.6492)	37.52, -53.93, -49.04
8	given	(-0.9999, 0.00861, 0.007416), (0.008462, 0.9998, -0.01974), (-0.007584, -0.01968, -0.9998)	213, -0.1163, 99.23
9	given	(-0.8005, -0.09654, -0.5915), (-0.04778, 0.9941, -0.09757), (0.5975, -0.04984, -0.8004)	157.4, 63.95, 41.78
10	given	(-0.8011, 0.09676, 0.5907), (-0.04842, -0.9941, 0.09717), (0.5966, 0.04924, 0.801)	156.8, -28.94, -68.67
11	given	(-0.5226, -0.5019, -0.6892), (0.3375, -0.8641, 0.3733), (-0.7829, -0.03753, 0.621)	220.9, -45.41, 44.09

#1: タンパク質	ACETYL-COA--DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE / DCPC-ATF / DAC ACETYLTRANSFERASE / DAC-AT / DEACETYLCEPHALOSPORIN C ACETYLTRANSFERASE 分子量: 49259.664 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ACREMONIUM CHRYSOGENUM (菌類) / プラスミド: PTWIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P39058, deacetylcephalosporin-C acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CSC / 4-(3-ACETOXYMETHYL-2-CARBOXY-8-OXO-5-THIA-1-AZA-BICYCLO[4.2.0]OCT-2-EN-7-YLCARBAMOYL)-1-CARBOXY-BUTYL-AMMONIUM / CEPHALOSPORIN C 分子量: 416.426 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₂N₃O₈S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 499 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 18-19% PEG 4000, 0.1M IMIDAZOLE, 0.5M NACL, 0.2M SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月24日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→109.11 Å / Num. obs: 177299 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.5→103.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.923 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 9.526 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.508 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 242-267 ARE DISORDERED. CEPHALOSPORIN C WAS MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS. ACETYLSERINE WAS MODELLED IN MULTIPLE CONFORMATIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.255	3419	1.9 %	RANDOM
R_work	0.219	-	-	-
obs	0.22	173708	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.95 Å²	0 Å²	0.11 Å²
2-	-	1.92 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→103.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32606	0	369	499	33474

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	33846
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.954	45904
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.269	5	4131
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.398	22.693	1623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.719	15	5315
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.365	15	323
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.113	0.2	4903
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	26463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	14673
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	23459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.308	0.2	258
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.326	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.967	1.5	21052
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.573	2	33235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.405	3	14417
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.951	4.5	12629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	194	tight positional	0.07	0.05
1	2	B	194	tight positional	0.08	0.05
1	3	C	194	tight positional	0.07	0.05
1	4	D	194	tight positional	0.07	0.05
1	5	E	194	tight positional	0.07	0.05
1	6	F	194	tight positional	0.06	0.05
1	7	G	194	tight positional	0.07	0.05
1	8	H	194	tight positional	0.08	0.05
1	9	I	194	tight positional	0.08	0.05
1	10	J	194	tight positional	0.08	0.05
1	11	K	194	tight positional	0.08	0.05
1	12	L	194	tight positional	0.06	0.05
2	1	A	119	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	119	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	119	tight positional	0.07	0.05
2	4	D	119	tight positional	0.07	0.05
2	5	E	119	tight positional	0.06	0.05
2	6	F	119	tight positional	0.08	0.05
2	7	G	119	tight positional	0.07	0.05
2	8	H	119	tight positional	0.07	0.05
2	9	I	119	tight positional	0.06	0.05
2	10	J	119	tight positional	0.07	0.05
2	11	K	119	tight positional	0.07	0.05
2	12	L	119	tight positional	0.08	0.05
3	1	A	483	tight positional	0.06	0.05
3	2	B	483	tight positional	0.05	0.05
3	3	C	483	tight positional	0.08	0.05
3	4	D	483	tight positional	0.08	0.05
3	5	E	483	tight positional	0.06	0.05
3	6	F	483	tight positional	0.07	0.05
3	7	G	483	tight positional	0.07	0.05
3	8	H	483	tight positional	0.07	0.05
3	9	I	483	tight positional	0.05	0.05
3	10	J	483	tight positional	0.08	0.05
3	11	K	483	tight positional	0.08	0.05
3	12	L	483	tight positional	0.07	0.05
4	1	A	56	tight positional	0.07	0.05
4	2	B	56	tight positional	0.06	0.05
4	3	C	56	tight positional	0.05	0.05
4	4	D	56	tight positional	0.05	0.05
4	5	E	56	tight positional	0.07	0.05
4	6	F	56	tight positional	0.07	0.05
4	7	G	56	tight positional	0.06	0.05
4	8	H	56	tight positional	0.06	0.05
4	9	I	56	tight positional	0.07	0.05
4	10	J	56	tight positional	0.08	0.05
4	11	K	56	tight positional	0.08	0.05
4	12	L	56	tight positional	0.06	0.05
5	1	A	18	tight positional	0.05	0.05
5	2	B	18	tight positional	0.03	0.05
5	3	C	18	tight positional	0.05	0.05
5	4	D	18	tight positional	0.05	0.05
5	5	E	18	tight positional	0.05	0.05
5	6	F	18	tight positional	0.04	0.05
5	7	G	18	tight positional	0.04	0.05
5	8	H	18	tight positional	0.04	0.05
5	9	I	18	tight positional	0.04	0.05
5	10	J	18	tight positional	0.07	0.05
5	11	K	18	tight positional	0.08	0.05
5	12	L	18	tight positional	0.05	0.05
6	1	A	62	tight positional	0.06	0.05
6	2	B	62	tight positional	0.06	0.05
6	3	C	62	tight positional	0.07	0.05
6	4	D	62	tight positional	0.08	0.05
6	5	E	62	tight positional	0.06	0.05
6	6	F	62	tight positional	0.07	0.05
6	7	G	62	tight positional	0.1	0.05
6	8	H	62	tight positional	0.06	0.05
6	9	I	62	tight positional	0.06	0.05
6	10	J	62	tight positional	0.08	0.05
6	11	K	62	tight positional	0.08	0.05
6	12	L	62	tight positional	0.07	0.05
7	1	A	27	tight positional	0.06	0.05
7	2	B	27	tight positional	0.04	0.05
7	3	C	27	tight positional	0.07	0.05
7	4	D	27	tight positional	0.05	0.05
7	5	E	27	tight positional	0.05	0.05
7	6	F	27	tight positional	0.04	0.05
7	7	G	27	tight positional	0.07	0.05
7	8	H	27	tight positional	0.07	0.05
7	9	I	27	tight positional	0.04	0.05
7	10	J	27	tight positional	0.06	0.05
7	11	K	27	tight positional	0.06	0.05
7	12	L	27	tight positional	0.04	0.05
8	1	A	350	tight positional	0.07	0.05
8	2	B	350	tight positional	0.06	0.05
8	3	C	350	tight positional	0.07	0.05
8	4	D	350	tight positional	0.07	0.05
8	5	E	350	tight positional	0.06	0.05
8	6	F	350	tight positional	0.06	0.05
8	7	G	350	tight positional	0.08	0.05
8	8	H	350	tight positional	0.09	0.05
8	9	I	350	tight positional	0.07	0.05
8	10	J	350	tight positional	0.08	0.05
8	11	K	350	tight positional	0.08	0.05
8	12	L	350	tight positional	0.06	0.05
9	1	A	79	tight positional	0.04	0.05
9	2	B	79	tight positional	0.05	0.05
9	3	C	79	tight positional	0.05	0.05
9	4	D	79	tight positional	0.05	0.05
9	5	E	79	tight positional	0.05	0.05
9	6	F	79	tight positional	0.06	0.05
9	7	G	79	tight positional	0.05	0.05
9	8	H	79	tight positional	0.05	0.05
9	9	I	79	tight positional	0.06	0.05
9	10	J	79	tight positional	0.06	0.05
9	11	K	79	tight positional	0.06	0.05
9	12	L	79	tight positional	0.05	0.05
10	1	A	123	tight positional	0.06	0.05
10	2	B	123	tight positional	0.05	0.05
10	3	C	123	tight positional	0.05	0.05
10	4	D	123	tight positional	0.05	0.05
10	5	E	123	tight positional	0.06	0.05
10	6	F	123	tight positional	0.05	0.05
10	7	G	123	tight positional	0.05	0.05
10	8	H	123	tight positional	0.05	0.05
10	9	I	123	tight positional	0.05	0.05
10	10	J	123	tight positional	0.06	0.05
10	11	K	123	tight positional	0.06	0.05
10	12	L	123	tight positional	0.04	0.05
11	1	A	158	tight positional	0.08	0.05
11	2	B	158	tight positional	0.05	0.05
11	3	C	158	tight positional	0.06	0.05
11	4	D	158	tight positional	0.06	0.05
11	5	E	158	tight positional	0.08	0.05
11	6	F	158	tight positional	0.07	0.05
11	7	G	158	tight positional	0.06	0.05
11	8	H	158	tight positional	0.06	0.05
11	9	I	158	tight positional	0.06	0.05
11	10	J	158	tight positional	0.06	0.05
11	11	K	158	tight positional	0.06	0.05
11	12	L	158	tight positional	0.06	0.05
12	1	A	271	tight positional	0.07	0.05
12	2	B	271	tight positional	0.06	0.05
12	3	C	271	tight positional	0.08	0.05
12	4	D	271	tight positional	0.08	0.05
12	5	E	271	tight positional	0.07	0.05
12	6	F	271	tight positional	0.07	0.05
12	7	G	271	tight positional	0.08	0.05
12	8	H	271	tight positional	0.08	0.05
12	9	I	271	tight positional	0.06	0.05
12	10	J	271	tight positional	0.07	0.05
12	11	K	271	tight positional	0.07	0.05
12	12	L	271	tight positional	0.07	0.05
13	1	A	32	tight positional	0.06	0.05
13	2	B	32	tight positional	0.05	0.05
13	3	C	32	tight positional	0.06	0.05
13	4	D	32	tight positional	0.05	0.05
13	5	E	32	tight positional	0.06	0.05
13	6	F	32	tight positional	0.05	0.05
13	7	G	32	tight positional	0.05	0.05
13	8	H	32	tight positional	0.05	0.05
13	9	I	32	tight positional	0.06	0.05
13	10	J	32	tight positional	0.1	0.05
13	11	K	32	tight positional	0.11	0.05
13	12	L	32	tight positional	0.06	0.05
14	1	A	151	tight positional	0.08	0.05
14	2	B	151	tight positional	0.07	0.05
14	3	C	151	tight positional	0.05	0.05
14	4	D	151	tight positional	0.11	0.05
14	5	E	151	tight positional	0.07	0.05
14	6	F	151	tight positional	0.06	0.05
14	7	G	151	tight positional	0.07	0.05
14	8	H	151	tight positional	0.07	0.05
14	9	I	151	tight positional	0.06	0.05
14	10	J	151	tight positional	0.07	0.05
14	11	K	151	tight positional	0.07	0.05
14	12	L	151	tight positional	0.06	0.05
15	1	A	210	tight positional	0.07	0.05
15	2	B	210	tight positional	0.06	0.05
15	3	C	210	tight positional	0.07	0.05
15	4	D	210	tight positional	0.07	0.05
15	5	E	210	tight positional	0.07	0.05
15	6	F	210	tight positional	0.06	0.05
15	7	G	210	tight positional	0.05	0.05
15	8	H	210	tight positional	0.05	0.05
15	9	I	210	tight positional	0.06	0.05
15	10	J	210	tight positional	0.06	0.05
15	11	K	210	tight positional	0.06	0.05
15	12	L	210	tight positional	0.07	0.05
16	1	A	176	tight positional	0.06	0.05
16	2	B	176	tight positional	0.07	0.05
16	3	C	176	tight positional	0.06	0.05
16	4	D	176	tight positional	0.06	0.05
16	5	E	176	tight positional	0.06	0.05
16	6	F	176	tight positional	0.06	0.05
16	7	G	176	tight positional	0.06	0.05
16	8	H	176	tight positional	0.06	0.05
16	9	I	176	tight positional	0.07	0.05
16	10	J	176	tight positional	0.07	0.05
16	11	K	176	tight positional	0.07	0.05
16	12	L	176	tight positional	0.06	0.05
1	1	A	194	tight thermal	0.28	0.5
1	2	B	194	tight thermal	0.31	0.5
1	3	C	194	tight thermal	0.22	0.5
1	4	D	194	tight thermal	0.22	0.5
1	5	E	194	tight thermal	0.27	0.5
1	6	F	194	tight thermal	0.25	0.5
1	7	G	194	tight thermal	0.14	0.5
1	8	H	194	tight thermal	0.13	0.5
1	9	I	194	tight thermal	0.3	0.5
1	10	J	194	tight thermal	0.49	0.5
1	11	K	194	tight thermal	0.49	0.5
1	12	L	194	tight thermal	0.25	0.5
2	1	A	119	tight thermal	0.19	0.5
2	2	B	119	tight thermal	0.22	0.5
2	3	C	119	tight thermal	0.25	0.5
2	4	D	119	tight thermal	0.24	0.5
2	5	E	119	tight thermal	0.19	0.5
2	6	F	119	tight thermal	0.2	0.5
2	7	G	119	tight thermal	0.21	0.5
2	8	H	119	tight thermal	0.21	0.5
2	9	I	119	tight thermal	0.2	0.5
2	10	J	119	tight thermal	0.44	0.5
2	11	K	119	tight thermal	0.44	0.5
2	12	L	119	tight thermal	0.22	0.5
3	1	A	483	tight thermal	0.19	0.5
3	2	B	483	tight thermal	0.24	0.5
3	3	C	483	tight thermal	0.24	0.5
3	4	D	483	tight thermal	0.25	0.5
3	5	E	483	tight thermal	0.19	0.5
3	6	F	483	tight thermal	0.19	0.5
3	7	G	483	tight thermal	0.17	0.5
3	8	H	483	tight thermal	0.16	0.5
3	9	I	483	tight thermal	0.24	0.5
3	10	J	483	tight thermal	0.47	0.5
3	11	K	483	tight thermal	0.47	0.5
3	12	L	483	tight thermal	0.18	0.5
4	1	A	56	tight thermal	0.34	0.5
4	2	B	56	tight thermal	0.31	0.5
4	3	C	56	tight thermal	0.3	0.5
4	4	D	56	tight thermal	0.31	0.5
4	5	E	56	tight thermal	0.32	0.5
4	6	F	56	tight thermal	0.23	0.5
4	7	G	56	tight thermal	0.19	0.5
4	8	H	56	tight thermal	0.17	0.5
4	9	I	56	tight thermal	0.34	0.5
4	10	J	56	tight thermal	0.66	0.5
4	11	K	56	tight thermal	0.7	0.5
4	12	L	56	tight thermal	0.24	0.5
5	1	A	18	tight thermal	0.26	0.5
5	2	B	18	tight thermal	0.4	0.5
5	3	C	18	tight thermal	0.38	0.5
5	4	D	18	tight thermal	0.35	0.5
5	5	E	18	tight thermal	0.31	0.5
5	6	F	18	tight thermal	0.25	0.5
5	7	G	18	tight thermal	0.23	0.5
5	8	H	18	tight thermal	0.16	0.5
5	9	I	18	tight thermal	0.38	0.5
5	10	J	18	tight thermal	0.77	0.5
5	11	K	18	tight thermal	0.77	0.5
5	12	L	18	tight thermal	0.3	0.5
6	1	A	62	tight thermal	0.19	0.5
6	2	B	62	tight thermal	0.32	0.5
6	3	C	62	tight thermal	0.22	0.5
6	4	D	62	tight thermal	0.22	0.5
6	5	E	62	tight thermal	0.2	0.5
6	6	F	62	tight thermal	0.2	0.5
6	7	G	62	tight thermal	0.13	0.5
6	8	H	62	tight thermal	0.15	0.5
6	9	I	62	tight thermal	0.3	0.5
6	10	J	62	tight thermal	0.5	0.5
6	11	K	62	tight thermal	0.5	0.5
6	12	L	62	tight thermal	0.17	0.5
7	1	A	27	tight thermal	0.17	0.5
7	2	B	27	tight thermal	0.26	0.5
7	3	C	27	tight thermal	0.21	0.5
7	4	D	27	tight thermal	0.18	0.5
7	5	E	27	tight thermal	0.19	0.5
7	6	F	27	tight thermal	0.18	0.5
7	7	G	27	tight thermal	0.19	0.5
7	8	H	27	tight thermal	0.21	0.5
7	9	I	27	tight thermal	0.24	0.5
7	10	J	27	tight thermal	0.41	0.5
7	11	K	27	tight thermal	0.46	0.5
7	12	L	27	tight thermal	0.15	0.5
8	1	A	350	tight thermal	0.2	0.5
8	2	B	350	tight thermal	0.25	0.5
8	3	C	350	tight thermal	0.19	0.5
8	4	D	350	tight thermal	0.18	0.5
8	5	E	350	tight thermal	0.19	0.5
8	6	F	350	tight thermal	0.17	0.5
8	7	G	350	tight thermal	0.18	0.5
8	8	H	350	tight thermal	0.19	0.5
8	9	I	350	tight thermal	0.24	0.5
8	10	J	350	tight thermal	0.47	0.5
8	11	K	350	tight thermal	0.46	0.5
8	12	L	350	tight thermal	0.18	0.5
9	1	A	79	tight thermal	0.22	0.5
9	2	B	79	tight thermal	0.2	0.5
9	3	C	79	tight thermal	0.16	0.5
9	4	D	79	tight thermal	0.15	0.5
9	5	E	79	tight thermal	0.21	0.5
9	6	F	79	tight thermal	0.17	0.5
9	7	G	79	tight thermal	0.13	0.5
9	8	H	79	tight thermal	0.14	0.5
9	9	I	79	tight thermal	0.21	0.5
9	10	J	79	tight thermal	0.33	0.5
9	11	K	79	tight thermal	0.33	0.5
9	12	L	79	tight thermal	0.17	0.5
10	1	A	123	tight thermal	0.14	0.5
10	2	B	123	tight thermal	0.17	0.5
10	3	C	123	tight thermal	0.13	0.5
10	4	D	123	tight thermal	0.12	0.5
10	5	E	123	tight thermal	0.2	0.5
10	6	F	123	tight thermal	0.12	0.5
10	7	G	123	tight thermal	0.13	0.5
10	8	H	123	tight thermal	0.12	0.5
10	9	I	123	tight thermal	0.18	0.5
10	10	J	123	tight thermal	0.24	0.5
10	11	K	123	tight thermal	0.24	0.5
10	12	L	123	tight thermal	0.13	0.5
11	1	A	158	tight thermal	0.21	0.5
11	2	B	158	tight thermal	0.19	0.5
11	3	C	158	tight thermal	0.26	0.5
11	4	D	158	tight thermal	0.25	0.5
11	5	E	158	tight thermal	0.19	0.5
11	6	F	158	tight thermal	0.17	0.5
11	7	G	158	tight thermal	0.15	0.5
11	8	H	158	tight thermal	0.15	0.5
11	9	I	158	tight thermal	0.21	0.5
11	10	J	158	tight thermal	0.17	0.5
11	11	K	158	tight thermal	0.16	0.5
11	12	L	158	tight thermal	0.17	0.5
12	1	A	271	tight thermal	0.19	0.5
12	2	B	271	tight thermal	0.22	0.5
12	3	C	271	tight thermal	0.2	0.5
12	4	D	271	tight thermal	0.21	0.5
12	5	E	271	tight thermal	0.19	0.5
12	6	F	271	tight thermal	0.18	0.5
12	7	G	271	tight thermal	0.15	0.5
12	8	H	271	tight thermal	0.14	0.5
12	9	I	271	tight thermal	0.22	0.5
12	10	J	271	tight thermal	0.35	0.5
12	11	K	271	tight thermal	0.36	0.5
12	12	L	271	tight thermal	0.17	0.5
13	1	A	32	tight thermal	0.27	0.5
13	2	B	32	tight thermal	0.29	0.5
13	3	C	32	tight thermal	0.23	0.5
13	4	D	32	tight thermal	0.22	0.5
13	5	E	32	tight thermal	0.26	0.5
13	6	F	32	tight thermal	0.19	0.5
13	7	G	32	tight thermal	0.13	0.5
13	8	H	32	tight thermal	0.12	0.5
13	9	I	32	tight thermal	0.34	0.5
13	10	J	32	tight thermal	0.55	0.5
13	11	K	32	tight thermal	0.57	0.5
13	12	L	32	tight thermal	0.19	0.5
14	1	A	151	tight thermal	0.19	0.5
14	2	B	151	tight thermal	0.23	0.5
14	3	C	151	tight thermal	0.18	0.5
14	4	D	151	tight thermal	0.17	0.5
14	5	E	151	tight thermal	0.18	0.5
14	6	F	151	tight thermal	0.15	0.5
14	7	G	151	tight thermal	0.15	0.5
14	8	H	151	tight thermal	0.15	0.5
14	9	I	151	tight thermal	0.23	0.5
14	10	J	151	tight thermal	0.39	0.5
14	11	K	151	tight thermal	0.41	0.5
14	12	L	151	tight thermal	0.15	0.5
15	1	A	210	tight thermal	0.14	0.5
15	2	B	210	tight thermal	0.18	0.5
15	3	C	210	tight thermal	0.15	0.5
15	4	D	210	tight thermal	0.15	0.5
15	5	E	210	tight thermal	0.14	0.5
15	6	F	210	tight thermal	0.17	0.5
15	7	G	210	tight thermal	0.15	0.5
15	8	H	210	tight thermal	0.14	0.5
15	9	I	210	tight thermal	0.17	0.5
15	10	J	210	tight thermal	0.28	0.5
15	11	K	210	tight thermal	0.29	0.5
15	12	L	210	tight thermal	0.16	0.5
16	1	A	176	tight thermal	0.13	0.5
16	2	B	176	tight thermal	0.21	0.5
16	3	C	176	tight thermal	0.15	0.5
16	4	D	176	tight thermal	0.14	0.5
16	5	E	176	tight thermal	0.14	0.5
16	6	F	176	tight thermal	0.17	0.5
16	7	G	176	tight thermal	0.14	0.5
16	8	H	176	tight thermal	0.14	0.5
16	9	I	176	tight thermal	0.2	0.5
16	10	J	176	tight thermal	0.27	0.5
16	11	K	176	tight thermal	0.27	0.5
16	12	L	176	tight thermal	0.17	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_work	0.295	13037
R_free	-	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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