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- PDB-2var: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxyglucon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2var
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate kinase complexed with 2-keto-3-deoxygluconate
要素FRUCTOKINASE
キーワードTRANSFERASE / KINASE / SULFOLOBUS SOLFATARICUS / PFKB FAMILY CARBOHYDRATE KINASE / 2- KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASEKINASE / 2- KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxyglucono/galactono-kinase / 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase activity / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase activity / phosphorylation / nucleotide binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / 3-deoxy-alpha-D-erythro-hex-2-ulofuranosonic acid / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 2-dehydro-3-deoxygluconokinase/2-dehydro-3-deoxygalactonokinase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Potter, J.A. / Theodossis, A. / Kerou, M. / Lamble, H.J. / Bull, S.D. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: The Structure of Sulfolobus Solfataricus 2-Keto-3-Deoxygluconate Kinase.
著者: Potter, J.A. / Kerou, M. / Lamble, H.J. / Bull, S.D. / Hough, D.W. / Danson, M.J. / Taylor, G.L.
履歴
登録2007年9月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_database_status / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,38515
ポリマ－104,7563
非ポリマー3,62912
水8,233457
1
A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE
ヘテロ分子

A: FRUCTOKINASE
B: FRUCTOKINASE
C: FRUCTOKINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,77030
ポリマ－209,5126
非ポリマー7,25824
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area30640 Å2
ΔGint-111.6 kcal/mol
Surface area58400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.553, 104.553, 420.782
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.491, 0.364, 0.792), (0.312, -0.775, 0.55), (0.814, 0.517, 0.267)-74.49827, 15.89416, 40.4232
2given(-0.508, -0.359, -0.783), (0.319, 0.766, -0.558), (0.8, -0.534, -0.275)-74.90893, 16.28102, 39.89122

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 6分子 ABC

#1: タンパク質 FRUCTOKINASE / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE KINASE


分子量: 34918.715 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97U29, fructokinase
#3: 糖 ChemComp-KDF / 3-deoxy-alpha-D-erythro-hex-2-ulofuranosonic acid / 2-keto-3-deoxygluconate / 3-deoxy-alpha-D-erythro-hex-2-ulosonic acid / 3-deoxy-D-erythro-hex-2-ulosonic acid / 3-deoxy-erythro-hex-2-ulosonic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 178.140 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6

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非ポリマー , 4種, 466分子

#2: 化合物 ChemComp-KDG / 2-KETO-3-DEOXYGLUCONATE / 2-ケト-3-デオキシグルコン酸


分子量: 178.140 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10O6
#4: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→90.5 Å / Num. obs: 80339 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→61.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 3.825 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.218 4008 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.183 76307 99.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 23.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→61.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7335 0 234 457 8026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227761
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72.01210548
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.475944
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.87924.481337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.034151339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.0191542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.21204
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025731
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.23777
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.25309
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2478
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2350.227
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.54824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42527549
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42533383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5084.52994
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.259 265
Rwork0.221 5491

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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