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- PDB-2vao: STRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vao
タイトルSTRUCTURE OF THE OCTAMERIC FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN COMPLEX WITH ISOEUGENOL
要素VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
キーワードFLAVOENZYME / OXIDASE / CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / methanol metabolic process / : / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase activity / FAD binding / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD-linked oxidase, C-terminal / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium simplicissimum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / DENSITY AVERAGING, LEAST SQUARES REFINEMENT / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mattevi, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 1997
タイトル: Crystal structures and inhibitor binding in the octameric flavoenzyme vanillyl-alcohol oxidase: the shape of the active-site cavity controls substrate specificity.
著者: Mattevi, A. / Fraaije, M.W. / Mozzarelli, A. / Olivi, L. / Coda, A. / van Berkel, W.J.
履歴
登録1997年4月10日処理サイト: BNL
改定 1.01997年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_database_status / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_database_status.process_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,1146
ポリマ－126,2142
非ポリマー1,9004
水68538
1
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,45524
ポリマ－504,8578
非ポリマー7,59816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.380, 128.380, 130.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.23341, -0.97158, 0.03932), (-0.97189, -0.23438, -0.02231), (0.03089, -0.033, -0.99898)
ベクター: 109.69416, 143.16341, 110.29491)

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要素

#1: タンパク質 VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE


分子量: 63107.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FUNGUS / 由来: (天然) Penicillium simplicissimum (菌類) / 細胞内の位置: INTRACELLULAR / Organelle: PEROXISOMES / 参照: UniProt: P56216, alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-EUG / 2-methoxy-4-[(1E)-prop-1-en-1-yl]phenol / Isoeugenol / イソオイゲノ-ル


分子量: 164.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: BINDING STUDIES
結晶化pH: 4.6 / 詳細: FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
16 %(w/v)PEG40001reservoir
20.1 Msodium acetate/HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年11月1日 / 詳細: MIRRORS
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 23480 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 24 Å2 / Rsym value: 0.112 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.322 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.322 / % possible all: 83.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 175968 / Rmerge(I) obs: 0.118
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
TNT5E精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: DENSITY AVERAGING, LEAST SQUARES REFINEMENT
解像度: 2.8→30 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 1000 3 %
Rwork0.214 --
all0.215 23480 -
obs0.215 23480 90.6 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8782 0 128 38 8948
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.017916030
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.81239615
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d21.1295296180
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.011214100
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0091312250
X-RAY DIFFRACTIONt_it7915665
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.064616125
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5-E / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.295
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg21.129180
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.011100
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.009250

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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