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万見
- PDB-2val: Crystal structure of an Escherichia coli tRNAGly microhelix at 2.... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2val
タイトルCrystal structure of an Escherichia coli tRNAGly microhelix at 2.0 Angstrom resolution
要素
  • 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3'
  • 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3'
キーワードRNA / GLYCYL-TRNA SYNTHETASE (GLYRS) SYSTEM / TRNAGLY ACCEPTOR STEM MICROHELIX / RNA TRNA IDENTITY ELEMENTS / MAGNESIUM BINDING SITES
機能・相同性RNA
機能・相同性情報
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Forster, C. / Brauer, A.B.E. / Perbandt, M. / Lehmann, D. / Furste, J.P. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of an Escherichia Coli Trnagly Microhelix at 2.0 Angstrom Resolution
著者: Forster, C. / Brauer, A.B.E. / Perbandt, M. / Lehmann, D. / Furste, J.P. / Betzel, C. / Erdmann, V.A.
履歴
登録2007年9月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42019年10月16日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3'
B: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3'
C: 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8905
ポリマ－8,8664
非ポリマー241
水1,00956
1
A: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3'
C: 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4573
ポリマ－4,4332
非ポリマー241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area960 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3370 Å2
手法PQS
2
B: 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3'
D: 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4332
ポリマ－4,4332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3310 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)35.348, 35.348, 130.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2010-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*GP*CP*GP*GP*GP*AP*AP)-3' / E.COLI TRNAGLY MICROHELIX


分子量: 2299.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*CP*CP*CP*GP*CP)-3' / E.COLI TRNAGLY MICROHELIX


分子量: 2133.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 50 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 10 MM SPERMINE, 10 MM MAGNESIUM SULFATE, 2.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.5 MM RNA, ROOM TEMPERATUE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8063
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8063 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. obs: 6908 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 34
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 83.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→17.67 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.318 -5 %RANDOM
Rwork0.241 ---
obs-9123 99.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→17.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 586 1 56 643

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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