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万見
- PDB-2vaj: Crystal structure of NCAM2 Ig1 (I4122 cell unit) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vaj
タイトルCrystal structure of NCAM2 Ig1 (I4122 cell unit)
要素NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 2
キーワードCELL ADHESION / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


neuron cell-cell adhesion / axonal fasciculation / nuclear body / axon / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type ...Neural cell adhesion / : / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin V-Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Kulahin, N. / Rasmussen, K.K. / Kristensen, O. / Kastrup, J.S. / Navarro-Poulsen, J.-C. / Berezin, V. / Bock, E. / Walmod, P.S. / Gajhede, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Ig1 Domain of the Neural Cell Adhesion Molecule Ncam2 Displays Domain Swapping.
著者: Rasmussen, K.K. / Kulahin, N. / Kristensen, O. / Poulsen, J.C. / Sigurskjold, B.W. / Kastrup, J.S. / Berezin, V. / Bock, E. / Walmod, P.S. / Gajhede, M.
履歴
登録2007年8月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3651
ポリマ－10,3651
非ポリマー00
水1086
1
A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 2

A: NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7292
ポリマ－20,7292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area3230 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12030 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)47.279, 47.279, 196.727
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 NEURAL CELL ADHESION MOLECULE 2 / NCAM2 / N-CAM 2


分子量: 10364.619 Da / 分子数: 1 / 断片: IG1, RESIDUES 21-113 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): KM71H
発現宿主: PROCHLOROCOCCUS MARINUS SUBSP. PASTORIS (バクテリア)
参照: UniProt: O15394
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細2 AMINO ACID DIFFERENCE BETWEEN THE SEQUENCE OF THE CRYSTALLIZED PROTEIN AND THE DATABASE SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.28 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-5 / 波長: 0.9072
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9072 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.321
反射解像度: 2.7→15 Å / Num. obs: 3356 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 35.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 10.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NCAM IG1 PDB ENTRY 1EPF, CHAIN A

1epf


解像度: 2.701→15.197 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 31.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2676 145 4.3 %
Rwork0.2269 --
obs0.2287 3339 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.825 Å2 / ksol: 0.355 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.701→15.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数728 0 0 6 734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007738
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.059999
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.967270
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004129

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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