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- PDB-2v9k: Crystal structure of human PUS10, a novel pseudouridine synthase. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v9k
タイトルCrystal structure of human PUS10, a novel pseudouridine synthase.
要素UNCHARACTERIZED PROTEIN FLJ32312
キーワードLYASE / PSEUDOURIDINE SYNTHASE / PUS10 / RNA MODIFICATION / THUMP DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / primary miRNA binding / primary miRNA processing / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2050 / Alpha-Beta Plaits - #2510 / tRNA pseudouridine synthase Pus10-like / : / : / Eukaryotic Pus10, N-terminal / Pus10, C-terminal / Alpha-Beta Plaits - #3190 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2050 / Alpha-Beta Plaits - #2510 / tRNA pseudouridine synthase Pus10-like / : / : / Eukaryotic Pus10, N-terminal / Pus10, C-terminal / Alpha-Beta Plaits - #3190 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase Pus10
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者McCleverty, C.J. / Hornsby, M. / Spraggon, G. / Kreusch, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of Human Pus10, a Novel Pseudouridine Synthase.
著者: Mccleverty, C.J. / Hornsby, M. / Spraggon, G. / Kreusch, A.
履歴
登録2007年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNCHARACTERIZED PROTEIN FLJ32312
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1619
ポリマ－60,3851
非ポリマー7768
水6,305350
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.611, 80.611, 153.947
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1536-

GOL

21A-2045-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UNCHARACTERIZED PROTEIN FLJ32312 / PSEUDOURIDINE SYNTHASE


分子量: 60385.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: PROSTATE / プラスミド: PFASTBAC / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q3MIT2

-
非ポリマー , 5種, 358分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 350 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.5 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 20% PEG-4000, 0.15 M MGCL2, 0.1 M HEPES PH 7.5, 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年1月27日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→41 Å / Num. obs: 39655 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 35.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44 / % possible all: 95.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2→69.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 7.313 / SU ML: 0.108 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. RESIDUES 55-62, 76-106, 234-243 DISORDERED, RESIDUES 63-75 ABSENT IN STRUCTURE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 1994 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 37661 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.74 Å20.37 Å20 Å2
2--0.74 Å20 Å2
3----1.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→69.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 41 350 4093
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0223818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2731.9645167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg11.2755464
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.38124.382178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.57715656
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7231521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022859
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.21708
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22593
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2310
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2290.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.74542389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.60553779
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.17781575
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.911111388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.307 129
Rwork0.213 2641
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.69494.6458-2.59514.2504-2.05683.2304-0.32260.7320.3779-0.49740.39140.16790.1002-0.2571-0.0688-0.0347-0.0180.025-0.03950.0709-0.0663-22.99362.7386-29.1211
20.17240.2059-0.40212.9718-1.42192.08940.05-0.14060.0833-0.0226-0.023-0.0897-0.11070.0732-0.027-0.1612-0.00840.0448-0.07990.0279-0.0307-17.8663-3.1901-12.9333
31.07061.5159-1.17834.472-1.89931.78520.272-0.29930.1030.3953-0.23920.0285-0.30240.2844-0.0327-0.0944-0.04750.04930.0184-0.0313-0.0014-10.34145.6092-10.3122
40.4257-0.2788-0.45660.995-0.25093.04950.02140.0010.07270.03040.0403-0.2429-0.01130.0694-0.0617-0.0645-0.01840.00920.0022-0.0207-0.0305-25.656-24.189922.925
51.18590.0361-0.42230.46460.13265.01330.1927-0.0680.1710.07730.0179-0.0827-0.38490.1263-0.2106-0.0228-0.0160.0215-0.0625-0.0274-0.0845-33.3256-15.228147.2862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 54
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 231
3X-RAY DIFFRACTION3A244 - 285
4X-RAY DIFFRACTION4A286 - 410
5X-RAY DIFFRACTION5A411 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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