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万見
- PDB-2v8y: Crystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v8y
タイトルCrystallographic and mass spectrometric characterisation of eIF4E with N7-cap derivatives
要素
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
キーワードTRANSLATION / PHOSPHORYLATION / INITIATION FACTOR / CAP / EIF4E / 7BNGMP / 4E-BP1 / RNA-BINDING / ACETYLATION / HOST-VIRUS INTERACTION / PROTEIN SYNTHESIS INHIBITOR / PROTEIN BIOSYNTHESIS / TRANSLATION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA ...Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / eukaryotic initiation factor 4G binding / eukaryotic initiation factor 4E binding / regulation of translation at postsynapse, modulating synaptic transmission / RNA cap binding / chromatoid body / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / Z-decay: degradation of maternal mRNAs by zygotically expressed factors / mRNA cap binding / Deadenylation of mRNA / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / RNA 7-methylguanosine cap binding / M-decay: degradation of maternal mRNAs by maternally stored factors / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / RISC complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Translation initiation complex formation / stem cell population maintenance / mTORC1-mediated signalling / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / negative regulation of neuron differentiation / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / TOR signaling / behavioral fear response / mRNA export from nucleus / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / positive regulation of mitotic cell cycle / cellular response to dexamethasone stimulus / P-body / neuron differentiation / ISG15 antiviral mechanism / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / cytoplasmic stress granule / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of translation / postsynapse / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of translation / nuclear speck / glutamatergic synapse / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE / Eukaryotic translation initiation factor 4E / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brown, C.J. / Mcnae, I. / Fischer, P.M. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystallographic and Mass Spectrometric Characterisation of Eif4E with N(7)-Alkylated CAP Derivatives.
著者: Brown, C.J. / Mcnae, I. / Fischer, P.M. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2007年8月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9286
ポリマ－53,9834
非ポリマー9452
水5,621312
1
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
B: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4643
ポリマ－26,9912
非ポリマー4721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-8.4 kcal/mol
Surface area12100 Å2
手法PQS
2
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E
F: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4643
ポリマ－26,9912
非ポリマー4721
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area12460 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.438, 100.731, 135.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.72414, 0.443, -0.52856), (0.51943, -0.8545, -0.00454), (-0.45367, -0.27126, -0.84888)0.03837, 34.94394, 79.56729
2given(0.72414, 0.51943, -0.45367), (0.443, -0.8545, -0.27126), (-0.52856, -0.00454, -0.84888)17.91839, 51.42598, 67.72248

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E / EIF4E / EIF-4E / MRNA CAP-BINDING PROTEIN / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT


分子量: 25130.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET11D / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PLYSS ROSETTA / 参照: UniProt: P06730
#2: タンパク質・ペプチド EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-BINDING PROTEIN 1 / 4E-BP1 / EIF4E-BINDING PROTEIN 1 / PHOSPHORYLATED HEAT- AND ACID-STABLE PROTEIN REGULATED BY INSULIN 1 /


分子量: 1861.240 Da / 分子数: 2 / Fragment: PHAS-I4E-BP1 BINDING PEPTIDE, RESIDUES 50-63 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q13541
#3: 化合物 ChemComp-MGV / P-FLUORO-7-BENZYL GUANINE MONOPHOSPHATE / 7-(4-フルオロベンジル)-7-アゾニアグアノシン5′-りん酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 472.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20FN5O8P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 312 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.08 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: 25% PEG 6000, 7% AMMONIUM SULPHATE, 100MM HEPES-KOH PH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 1.48
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.17 Å / Num. obs: 28510 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EJH

1ejh


解像度: 2.1→25.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.956 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.203 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 1468 5.2 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.206 27012 90.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.07 Å20 Å20 Å2
2---0.1 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→25.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3246 0 64 312 3622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223393
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9594591
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0995382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.17223.276174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.72415599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.811530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022576
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.21528
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.22250
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2440.2276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2540.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3220.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9931.51984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.723110
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35731695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6634.51481
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.348 100
Rwork0.24 1870

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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