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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v81 | ||||||
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タイトル | Native KDPGal structure | ||||||
![]() | 2-DEHYDRO-3-DEOXY-6-PHOSPHOGALACTONATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE / KDPGAL / ALDOLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase / D-galactonate catabolic process / 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase activity 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Naismith, J.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization and crystal structure of Escherichia coli KDPGal aldolase. 著者: Walters, M.J. / Srikannathasan, V. / McEwan, A.R. / Naismith, J.H. / Fierke, C.A. / Toone, E.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 46.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 36.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 409.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 410.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22489.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q6BF16, 2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.89 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5 / 詳細: pH 5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9871 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→59 Å / Num. obs: 12814 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2.4→59.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 11.589 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.244 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.53 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→59.03 Å
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拘束条件 |
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