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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v7r | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a human tRNAGly microhelix at 1.2 Angstrom resolution | ||||||
要素 | (HUMAN TRNAGLY MICROHELIX) x 2 | ||||||
キーワード | RNA / TRNA / ACCEPTOR STEM / GLYCINE / MICROHELIX / IDENTITY / HYDRATION | ||||||
機能・相同性 | RNA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Foerster, C. / Mankowska, M. / Fuerste, J.P. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Erdmann, V.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008 タイトル: Crystal Structure of a Human Trnagly Microhelix at 1.2 A Resolution. 著者: Foerster, C. / Mankowska, M. / Fuerste, J.P. / Perbandt, M. / Betzel, C. / Erdmann, V.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2v7r.cif.gz | 27.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2v7r.ent.gz | 19.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2v7r.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2v7r_validation.pdf.gz | 383.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2v7r_full_validation.pdf.gz | 383.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2v7r_validation.xml.gz | 3.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2v7r_validation.cif.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v7/2v7r | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2253.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 2179.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 40 MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0, 12 MM SPERMINE TETRA-HCL, 12 MM SODIUM CHLORIDE, 80 MM POTASSIUM CHLORIDE, 10% (V/V) MPD, EQUILIBRATED AGAINST 35% (V/V) MPD AT ROOM TEMPERATURE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X13 / 波長: 0.8148 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8148 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 11547 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.2→1.22 Å / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / % possible all: 93.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→14.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 1.421 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.82 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→14.08 Å
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拘束条件 |
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