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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v79 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the N-terminal domain of DnaD from Bacillus Subtilis | ||||||
![]() | DNA REPLICATION PROTEIN DNAD | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / PRIMOSOME / DNA-BINDING PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneider, S. / Zhang, W. / Soultanas, P. / Paoli, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of the N-Terminal Oligomerization Domain of Dnad Reveals a Unique Tetramerization Motif and Provides Insights Into Scaffold Formation. 著者: Schneider, S. / Zhang, W. / Soultanas, P. / Paoli, M. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2007 タイトル: Crystallization and X-Ray Diffraction Analysis of the DNA-Remodelling Protein Dnad from Bacillus Subtilis 著者: Schneider, S. / Carneiro, M.J.V.M. / Charikleia, I. / Soultanas, P. / Paoli, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 53.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 440.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.8548, -0.09045, -0.511), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16079.396 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL OLIGOMERIZATION DOMAIN, RESIDUES 1-127 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE N-TERMINAL DOMAIN INCLUDES RESIDUES 1-128 WITH AN ADDITIONAL | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 0.1M SODIUMACETATE, 3.2M SODIUMCHLORIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU IMAGE-PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年5月27日 / 詳細: VARIMAX HF OPTICS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→28 Å / Num. obs: 30662 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 24.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.638 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: UNVERIFIED / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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