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- PDB-2v6y: Structure of the MIT domain from a S. solfataricus Vps4-like ATPase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v6y
タイトルStructure of the MIT domain from a S. solfataricus Vps4-like ATPase
要素(AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN) x 2
キーワードHYDROLASE / MIT / VPS4 / ARCHAEA / AAA-ATPASE / ATP-BINDING / MICROTUBULE INTERACTING AND TRAFFICKING DOMAIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. ...Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / ATPase, AAA-type, conserved site / AAA-protein family signature. / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
S,R MESO-TARTARIC ACID / AAA family ATPase, p60 katanin
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Obita, T. / Saksena, S. / Ghazi-Tabatabai, S. / Gill, D.J. / Perisic, O. / Emr, S.D. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Selective Recognition of Escrt-III by the Aaa ATPase Vps4
著者: Obita, T. / Saksena, S. / Ghazi-Tabatabai, S. / Gill, D.J. / Perisic, O. / Emr, S.D. / Williams, R.L.
履歴
登録2007年7月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN
B: AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0144
ポリマ－18,7142
非ポリマー3002
水1448
1
A: AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5142
ポリマ－9,3641
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5002
ポリマ－9,3501
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.178, 69.267, 123.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1113A1 - 1000
2113B1 - 1000

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.003859, 0.061003, 0.99813), (0.110319, 0.992071, -0.060206), (-0.993889, 0.10988, -0.010558)
ベクター: -33.1965, -16.3967, 28.9841)

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要素

#1: タンパク質 AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN / VPS4-LIKE AAA-ATPASE


分子量: 9363.847 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT DOMAIN, RESIDUES 1-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: POPTH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZJ7, vesicle-fusing ATPase
#2: タンパク質 AAA FAMILY ATPASE, P60 KATANIN / VPS4-LIKE AAA-ATPASE


分子量: 9349.820 Da / 分子数: 1 / 断片: MIT DOMAIN, RESIDUES 1-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS SOLFATARICUS (古細菌) / プラスミド: POPTH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q97ZJ7, vesicle-fusing ATPase
#3: 化合物 ChemComp-SRT / S,R MESO-TARTARIC ACID / meso-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細SSO0909 MIT DOMAIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: RESERVOIR: 0.6 M AMMONIUM TARTRATE AND 2% PEG4K PROTEIN SOLUTION: 9 MG/ML IN 20 MM TRIS PH 8, 100 MM NACL, 2MM DTT

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9184
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: TORROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→61.5 Å / Num. obs: 27901 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.37 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SnB位相決定
autoSHARP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.4→61.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 18.134 / SU ML: 0.198 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.33 / ESU R Free: 0.248
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOODWITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 463 4.8 %RANDOM
Rwork0.252 ---
obs0.253 9131 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.76 Å2-0 Å20 Å2
2--2.19 Å20 Å2
3----1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→61.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1185 0 20 8 1213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221216
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3332.0061631
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.952316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8665144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.00524.850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.85615245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.959156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2190
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02862
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.2527
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3450.27
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.2849
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0330.24
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1820.219
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0010.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2590.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6891.5756
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.91521178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6793532
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6864.5453
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
284tight positional0.070.05
288loose positional0.545
284tight thermal0.090.5
288loose thermal1.4510
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.44 37
Rwork0.314 675
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4973-1.9063-0.88714.12851.58278.6311-0.2261-0.06210.0406-0.35790.2814-0.06880.6112-0.3766-0.0554-0.1187-0.21120.0087-0.12870.117-0.2397-15.4157-1.583316.219
210.2286-3.08571.15746.8763-2.634910.4378-0.3664-0.0837-0.4569-0.52670.0619-0.44720.62660.89590.3045-0.2547-0.04850.1652-0.1407-0.0418-0.082314.282914.565216.7074
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 75
2X-RAY DIFFRACTION1A1076
3X-RAY DIFFRACTION2B2 - 75
4X-RAY DIFFRACTION2B1076

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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