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万見
- PDB-2v5s: Structural basis for Dscam isoform specificity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5s
タイトルStructural basis for Dscam isoform specificity
要素DSCAM
キーワードCELL ADHESION / DOWN SYNDROME / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity ...DSCAM interactions / detection of molecule of bacterial origin / mushroom body development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of dendrite morphogenesis / regulation of axonogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / neuron development / phagocytosis / central nervous system development / antigen binding / axon guidance / perikaryon / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / protein homodimerization activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule Dscam1
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Schmucker, D. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Dscam Isoform Specificity
著者: Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Wang, J.-H. / Schmucker, D.
履歴
登録2007年7月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DSCAM
B: DSCAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8226
ポリマ－87,1252
非ポリマー1,6984
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-20.1 kcal/mol
Surface area46300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.770, 166.842, 125.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 5 / Auth seq-ID: 1 - 388 / Label seq-ID: 7 - 394

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.99985, -0.00253, 0.01723), (-0.00245, -0.99999, -0.00445), (0.01724, 0.00441, -0.99984)
ベクター: -0.62316, -39.72151, 62.22053)

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要素

#1: タンパク質 DSCAM / DOWN SYNDROME CELL ADHESION MOLECULE DSCAM


分子量: 43562.273 Da / 分子数: 2
断片: N-TERMINAL FOUR DOMAINS (D1, D2, D3 AND D4), RESIDUES 36-423
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM 4.1/6.34
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
器官: BRAIN / Variant: SPLICING VARIANT 4.1/6.34 / プラスミド: BACNBLUE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NBA1
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE ...THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE PROTEIN WHERE EXON 4 COVERING RESIDUES 102 TO 156 CONSISTS OF ISOFORM 1 AND EXON 6 COVERING RESIDUES 205 TO 245 CONSISTS OF ISOFORM 34.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.5 M AMMONIUM SULPHATE 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 22250 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / Rmerge(I) obs: 0.85 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 93.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V5M

2v5m


解像度: 2.3→19.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 20.095 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 2254 5 %RANDOM
Rwork0.227 ---
obs0.23 42443 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6077 0 112 246 6435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226539
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4921.9838899
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4033.00111046
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg13.245800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.83124.04302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.691151133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.3841550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.21008
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.21304
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2350.24797
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1910.22970
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1020.23846
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.2323
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.290.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2710.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3360.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2171.55034
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.58226470
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.69632969
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0264.52424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2284medium positional0.180.5
3012loose positional0.445
2284medium thermal0.792
3012loose thermal1.4810
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.409 154
Rwork0.346 2959
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
112.5601-3.02475.51312.8088-1.58723.473-0.0580.62260.5799-0.34960.03710.13690.109-0.08030.02080.0156-0.06270.0135-0.07960.1865-0.013621.28410.37210.258
21.6266-0.0334-0.03572.495-1.13441.7432-0.03760.1035-0.18980.02490.0429-0.033-0.0270.023-0.0054-0.146-0.0289-0.023-0.1655-0.0189-0.314539.33-23.82620.163
32.669-2.20151.47165.1332-2.28113.7898-0.1186-0.0628-0.25620.00850.39660.8575-0.0374-0.5663-0.278-0.12-0.0584-0.0036-0.07830.1180.012118.462-29.73122.547
48.4169-2.1898-0.08686.1577-1.4584.8127-0.0904-0.08890.64570.2784-0.4007-0.0979-0.1862-0.0090.491-0.0849-0.0443-0.00410.04540.1362-0.0958-1.7734.0210.883
511.24454.2117-6.20152.8922-1.66023.75420.1748-0.545-0.45590.4392-0.1541-0.0521-0.1522-0.1272-0.02080.02690.0435-0.01430.01220.27420.04919.699-51.04253.077
61.735-0.33330.03162.617-1.28631.5509-0.0555-0.17180.0313-0.00870.0565-0.015-0.0756-0.0131-0.001-0.13910.02870.0019-0.1557-0.003-0.287739.194-16.06642.646
73.21481.2585-0.95283.2498-1.33212.7886-0.1374-0.04550.0316-0.04170.16960.32850.034-0.3751-0.0322-0.0830.07470.0248-0.09060.0192-0.188918.451-10.11939.971
84.81414.9138-1.332210.089-2.66723.9086-0.0057-0.08270.0352-0.0659-0.14711.03090.1538-0.16740.1528-0.02720.09990.1470.09260.25770.5298-2.015-43.98251.314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1A1389 - 1390
3X-RAY DIFFRACTION2A104 - 208
4X-RAY DIFFRACTION3A209 - 305
5X-RAY DIFFRACTION3A1391 - 1392
6X-RAY DIFFRACTION4A306 - 388
7X-RAY DIFFRACTION5B-5 - 103
8X-RAY DIFFRACTION5B1389 - 1390
9X-RAY DIFFRACTION6B104 - 208
10X-RAY DIFFRACTION7B209 - 305
11X-RAY DIFFRACTION7B1391 - 1392
12X-RAY DIFFRACTION8B306 - 388

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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