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万見
- PDB-2v5m: Structural basis for Dscam isoform specificity -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5m
タイトルStructural basis for Dscam isoform specificity
要素DSCAM
キーワードCELL ADHESION / DOWN SYNDROME CELL ADHESION MOLECULE DSCAM / NEUROBIOLOGY SPL / IMMUNOGLOBULIN DOMAIN / MEMBRANE / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DSCAM interactions / mushroom body development / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / peripheral nervous system development ...DSCAM interactions / mushroom body development / detection of molecule of bacterial origin / central nervous system morphogenesis / ventral cord development / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of touch / axon extension involved in axon guidance / axon guidance receptor activity / dendrite self-avoidance / peripheral nervous system development / axonal fasciculation / regulation of axonogenesis / regulation of dendrite morphogenesis / phagocytosis / neuron development / antigen binding / axon guidance / perikaryon / neuron projection / cell adhesion / axon / neuronal cell body / dendrite / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / DSCAM/DSCAML C-terminal Fn3-like domain / Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 ...: / DSCAM/DSCAML C-terminal Fn3-like domain / Down syndrome cell adhesion molecule, C-terminal / Down syndrome cell adhesion molecule C terminal / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell adhesion molecule Dscam1
類似検索 - 構成要素
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Schmucker, D. / Wang, J.-H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Dscam Isoform Specificity
著者: Meijers, R. / Puettmann-Holgado, R. / Skiniotis, G. / Liu, J.-H. / Walz, T. / Wang, J.-H. / Schmucker, D.
履歴
登録2007年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DSCAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8214
ポリマ－42,8811
非ポリマー9413
水12,773709
1
A: DSCAM
ヘテロ分子

A: DSCAM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6438
ポリマ－85,7612
非ポリマー1,8826
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_755-x+2,y,-z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-14.1 kcal/mol
Surface area44800 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)99.172, 99.172, 163.991
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2171-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DSCAM / DOWN SYNDROME CELL ADHESION MOLECULE DSCAM


分子量: 42880.582 Da / 分子数: 1
断片: N-TERMINAL FOUR DOMAINS (D1, D2, D3 AND D4), RESIDUES 36-423
由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISOFORM 4.1/6.34
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
器官: BRAIN / Variant: SPLICING VARIANT 4.1/6.34 / プラスミド: BACNBLUE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NBA1
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 709 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE ...THE CONFLICTS GIVEN IN THE SEQADV RECORDS BELOW ARE AS A RESULT OF A SPLICE VARIANT FORM OF THE PROTEIN WHERE EXON 4 COVERING RESIDUES 102 TO 156 CONSISTS OF ISOFORM 1 AND EXON 6 COVERING RESIDUES 205 TO 245 CONSISTS OF ISOFORM 34.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 73 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 1.5 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M HEPES PH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月8日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 271422 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.4
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 91

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 5.216 / SU ML: 0.08 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.104 / ESU R Free: 0.107 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 3003 5 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.171 56543 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.58 Å20 Å20 Å2
2--0.58 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3014 0 62 709 3785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223280
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6561.9844462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5083.0015553
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4515402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85523.974151
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.02415566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8521526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.023591
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02635
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2940.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2480.22507
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1890.21526
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1130.21870
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2850.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3340.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3220.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.420.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2631.52537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.63123253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.46931470
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9594.51206
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 177 -
Rwork0.219 3844 -
obs--92.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75411.43-1.1996.4743-0.35712.643-0.0674-0.1516-0.07190.1774-0.04760.40690.0723-0.17720.1151-0.04190.05040.117-0.21160.0532-0.240779.26421.64431.237
20.9727-0.4095-0.57951.49970.41312.36520.02490.05450.0072-0.12350.02530.1285-0.07590.0816-0.0501-0.0726-0.01170.0092-0.30050.0218-0.265287.66138.98-3.598
31.55440.727-0.41082.0299-0.82722.140.0072-0.1009-0.1875-0.15740.01270.11640.23720.0244-0.02-0.05010.00110.0113-0.2981-0.0009-0.233590.13918.383-9.378
43.11030.4091-1.08726.7335-0.74316.0021-0.1578-0.1827-0.41120.6498-0.02550.38030.74730.06730.18320.17150.01570.2243-0.24080.0424-0.068879.206-1.52924.424
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 103
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2A104 - 207
4X-RAY DIFFRACTION3A208 - 305
5X-RAY DIFFRACTION3A501 - 503
6X-RAY DIFFRACTION4A306 - 388

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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