PDB-2v57: Crystal structure of the TetR-like transcriptional regulator LfrR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v57

タイトル

Crystal structure of the TetR-like transcriptional regulator LfrR from Mycobacterium smegmatis in complex with proflavine

要素

TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

キーワード

TRANSCRIPTION / TETR / LFRR / REPRESSOR / DNA-BINDING / TRANSCRIPTION REGULATION

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Bellinzoni, M. / Buroni, S. / Riccardi, G. / De Rossi, E. / Alzari, P.M.

引用

ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2009
タイトル: Structural Plasticity and Distinct Drug-Binding Modes of Lfrr, a Mycobacterial Efflux Pump Regulator.
著者: Bellinzoni, M. / Buroni, S. / Schaeffer, F. / Riccardi, G. / De Rossi, E. / Alzari, P.M.

履歴

登録	2008年10月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年10月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v57.cif.gz	278.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v57.ent.gz	227.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v57_validation.pdf.gz	482.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v57_full_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示
XML形式データ	2v57_validation.xml.gz	29.3 KB	表示
CIF形式データ	2v57_validation.cif.gz	42.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v5/2v57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wgbC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wgb-d 4gni-2 3bjb-2 4y0m-2 4uds-1 3t8k-d 5cxg-2 2np5-2 4aci-d 2g3b-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

B: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

C: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

D: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

ヘテロ分子

83.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

B: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
41.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

D: TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.300, 62.440, 70.640
Angle α, β, γ (deg.)	63.88, 88.34, 88.13
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A
2	1	1	CHAIN C
1	1	2	CHAIN B
2	1	2	CHAIN D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	TETR FAMILY TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR LFRR / TRANSCRIPTIONAL REGULATOR LFRR 分子量: 20699.471 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) 株: MC2155 / プラスミド: PET-28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58L87
#2: 化合物	ChemComp-PRL / PROFLAVIN / プロフラビン分子量: 209.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₁N₃
#3: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	GLY1 IS A CLONING ARTIFACT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 5% ISOPROPANOL, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月10日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.3 Å / Num. obs: 56578 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.4
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.27 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 22.83 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORDS CONTAIN ISOTROPIC EQUIVALENTS OF THE SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.234	5297	5 %
R_work	0.196	-	-
obs	0.198	105612	90.5 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 58.69 Å² / k_sol: 0.41 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.6927 Å²	0.2268 Å²	-0.2884 Å²
2-	-	5.3277 Å²	6.3332 Å²
3-	-	-	-2.6351 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5298	0	70	374	5742

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	5509
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.009	7523
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.678	1949
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	859
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	972

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1292	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	1292	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
2	1	B	1326	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	1326	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.037

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9-1.9216	0.2828	162	0.2753	3081	X-RAY DIFFRACTION	83
1.9216-1.9442	0.2916	165	0.2575	3198	X-RAY DIFFRACTION	87
1.9442-1.9679	0.2501	165	0.2543	3138	X-RAY DIFFRACTION	86
1.9679-1.9928	0.2674	179	0.2454	3321	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9928-2.019	0.2765	166	0.2511	3183	X-RAY DIFFRACTION	86
2.019-2.0467	0.2922	173	0.2383	3232	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0467-2.0759	0.28	176	0.2254	3267	X-RAY DIFFRACTION	87
2.0759-2.1069	0.222	173	0.2111	3297	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1069-2.1399	0.223	175	0.2013	3308	X-RAY DIFFRACTION	88
2.1399-2.1749	0.2501	176	0.2012	3273	X-RAY DIFFRACTION	90
2.1749-2.2124	0.2278	164	0.2095	3305	X-RAY DIFFRACTION	89
2.2124-2.2527	0.2618	178	0.197	3283	X-RAY DIFFRACTION	91
2.2527-2.296	0.2703	186	0.1991	3413	X-RAY DIFFRACTION	90
2.296-2.3429	0.2488	165	0.1911	3289	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3429-2.3938	0.2089	176	0.1785	3332	X-RAY DIFFRACTION	90
2.3938-2.4495	0.2558	178	0.19	3321	X-RAY DIFFRACTION	90
2.4495-2.5107	0.2309	180	0.1892	3412	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5107-2.5786	0.2589	183	0.1848	3307	X-RAY DIFFRACTION	91
2.5786-2.6545	0.2375	179	0.1892	3396	X-RAY DIFFRACTION	92
2.6545-2.7402	0.2577	172	0.1838	3386	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7402-2.8381	0.2348	185	0.1916	3443	X-RAY DIFFRACTION	92
2.8381-2.9517	0.2359	181	0.1866	3412	X-RAY DIFFRACTION	93
2.9517-3.086	0.2213	171	0.1907	3405	X-RAY DIFFRACTION	93
3.086-3.2487	0.2269	186	0.1802	3459	X-RAY DIFFRACTION	93
3.2487-3.4522	0.2086	172	0.1773	3441	X-RAY DIFFRACTION	93
3.4522-3.7186	0.1877	185	0.1629	3472	X-RAY DIFFRACTION	94
3.7186-4.0927	0.2111	184	0.1695	3469	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0927-4.6845	0.1922	194	0.1603	3502	X-RAY DIFFRACTION	94
4.6845-5.9003	0.2145	185	0.1966	3506	X-RAY DIFFRACTION	95
5.9003-48.2834	0.226	183	0.2057	3464	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8575	0.4534	0.0899	1.9442	0.2597	0.9272	0.0709	-0.0236	0.0336	0.0587	-0.0113	0.1193	-0.1231	-0.0608	-0	0.0643	0.0162	0.0088	0.0544	-0.0153	0.0781	14.2836	-2.715	6.2791
2	1.2309	0.1619	0.4369	0.8308	0.6624	1.2322	0.0401	-0.12	-0.0707	0.0769	0.0111	0.1063	0.1453	-0.0541	-0.0001	0.0955	-0.003	-0.0002	0.1258	0.0396	0.1498	12.6482	-15.4043	24.7593
3	1.1711	0.4768	0.456	1.4975	0.508	1.5409	0.0886	0.0745	-0.0659	-0.1017	-0.017	-0.0575	0.1489	0.1662	0.0001	0.0925	0.0386	0.0008	0.1115	0.0046	0.0926	-14.3369	12.4612	-25.8406
4	1.0325	0.5126	-0.2342	1.3992	-0.2452	0.5349	0.0641	-0.0297	-0.0118	0.169	-0.0176	-0.0582	-0.0036	0.1099	-0	0.0703	-0.0026	-0.0068	0.1411	-0.0112	0.0736	-12.6406	5.5066	-4.3003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D

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