PDB-2v4x: Crystal Structure of Jaagsiekte Sheep Retrovirus Capsid N-termina...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v4x

タイトル

Crystal Structure of Jaagsiekte Sheep Retrovirus Capsid N-terminal domain

要素

CAPSID PROTEIN P27

キーワード

VIRAL PROTEIN / CAPSID / VIRION / RETROVIRUS / ZINC-FINGER / METAL-BINDING / CAPSID PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / VIRAL NUCLEOPROTEIN / VIRAL MATRIX PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

viral budding via host ESCRT complex / viral nucleocapsid / structural constituent of virion / nucleic acid binding / viral translational frameshifting / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

JAAGSIEKTE SHEEP RETROVIRUS (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Mortuza, G.B. / Goldstone, D.C. / Pashley, C. / Haire, L.F. / Palmarini, M. / Taylor, W.R. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure of the Capsid Amino-Terminal Domain from the Betaretrovirus, Jaagsiekte Sheep Retrovirus.
著者: Mortuza, G.B. / Goldstone, D.C. / Pashley, C. / Haire, L.F. / Palmarini, M. / Taylor, W.R. / Stoye, J.P. / Taylor, I.A.

履歴

登録	2008年9月30日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2008年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v4x.cif.gz	44.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v4x.ent.gz	31.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v4x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/2v4x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ar5-d 3fvj-d 4kkn-d 3oea-1 6q42-2 5a85-d 5e7d-1 3l30-d 2lh3-d 2lh5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CAPSID PROTEIN P27

16.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.595, 57.826, 40.927
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 109.17, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	CAPSID PROTEIN P27 / JSRV CAPSID 分子量: 16119.737 Da / 分子数: 1 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 257-388 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) JAAGSIEKTE SHEEP RETROVIRUS (ウイルス) プラスミド: PET22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P31622
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.1 / 波長: 0.97695
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97695 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→20 Å / Num. obs: 20920 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.9
反射シェル	解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 90.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.5→14.79 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 2.639 / SU ML: 0.049 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.069 / ESU R Free: 0.073 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.185	1067	5.1 %	RANDOM
R_work	0.15	-	-	-
obs	0.152	19678	99.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.96 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.49 Å²	0 Å²	0.98 Å²
2-	-	-0.64 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→14.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1043	0	0	201	1244

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1120
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	785
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.177	1.947	1527
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.626	5	140
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.542	24.426	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.156	15	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.31	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1270
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	236
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.182	0.2	784
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.234	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.79	1.5	718
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.993	2	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.015	3	505
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.837	4.5	438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.54 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.242	72	-
R_work	0.214	1340	-
obs	-	-	92.05 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.8685	-0.0354	-3.1309	1.8322	0.9239	5.3909	-0.1106	-0.1691	-0.383	0.133	0.1643	-0.2178	0.085	0.23	-0.0537	0.0057	0.0061	0.0032	0.0012	-0.0095	0.0946	39.73	21.413	-0.881
2	0.7399	-0.3662	-1.2501	2.0092	1.111	2.3545	-0.08	-0.0648	-0.0525	0.2708	0.0305	-0.0198	0.1342	0.0624	0.0495	0.0242	0.0094	-0.0088	0.0139	0.0066	0.0085	25.699	31.164	10.223
3	2.2536	0.8783	-2.0511	1.2944	-1.01	2.5907	0.0574	0.0547	0.113	-0.124	0.0156	0.0588	-0.0805	-0.09	-0.073	0.0338	-0.0072	-0.0072	0.0358	-0.0127	0.023	23.593	35.555	-5.787
4	1.1387	-0.1417	-0.51	1.6046	0.3686	1.6727	-0.0124	-0.0019	-0.0217	-0.1828	0.0002	-0.044	-0.0084	-0.0339	0.0122	0.0277	-0.0046	0.0075	0.013	0.0043	0.0204	28.341	31.955	-5.774

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 53
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	54 - 91
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	92 - 131

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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