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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v4i | ||||||
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タイトル | Structure of a novel N-acyl-enzyme intermediate of an N-terminal nucleophile (Ntn) hydrolase, OAT2 | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / CYTOPLASM / ACYL ENZYME / NTN HYDROLASE / ACYLTRANSFERASE / ORNITHINE ACETYL TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() glutamate N-acetyltransferase / glutamate N-acetyltransferase activity / ornithine biosynthetic process / L-methionine N-acyltransferase activity / amino-acid N-acetyltransferase / clavulanic acid biosynthetic process / L-glutamate N-acetyltransferase activity / arginine biosynthetic process / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Iqbal, A. / Clifton, I.J. / Schofield, C.J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a Novel N-Acyl-Enzyme Intermediate of an N-Terminal Nucleophile (Ntn) Hydrolase, Oat2 著者: Iqbal, A. / Schofield, C.J. / Clifton, I.J. #1: ![]() タイトル: X-Ray Crystal Structure of Ornithine Acetyltransferase from the Clavulanic Acid Biosynthesis Gene Cluster. 著者: Elkins, J.M. / Kershaw, N.J. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 226.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1vz6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18089.531 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 8-180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PTYB12, PET24A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase #2: タンパク質 | 分子量: 22846.332 Da / 分子数: 4 / Mutation: YES / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ACETYLATION OF TERMINAL AMINE OF ALA 181 IN ALL FOUR CHAINS 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PTYB12, PET24A / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q53940, UniProt: P0DJQ5*PLUS, glutamate N-acetyltransferase #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, THR 181 TO ALA ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, THR 181 TO ALA ...ENGINEERED | 配列の詳細 | T181A MUTATION | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.54 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: 1.4 M AMMONIUM SULPHATE, 0.025 M NACL, 0.1M HEPES-NA PH 7.5, 0.1 M NAG, 20 MM CDCL2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9699 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.471 |
反射 | 解像度: 2.2→29.7 Å / Num. obs: 79849 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 33.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.26 / Net I/σ(I): 6 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1VZ6 解像度: 2.2→29.7 Å / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.9 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F 詳細: TWINNING INFORMATION FRACTION 0.471 OPERATOR H,-K,-L
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 52.984 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.7 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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