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- PDB-2v4a: Crystal structure of the SeMet-labeled prolyl-4 hydroxylase (P4H)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v4a
タイトルCrystal structure of the SeMet-labeled prolyl-4 hydroxylase (P4H) type I from green algae Chlamydomonas reinhardtii.
要素PROLYL-4 HYDROXYLASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性q2cbj1_9rhob like domain / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Koski, M.K. / Hieta, R. / Bollner, C. / Kivirikko, K.I. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Active Site of an Algal Prolyl 4-Hydroxylase Has a Large Structural Plasticity.
著者: Koski, M.K. / Hieta, R. / Bollner, C. / Kivirikko, K.I. / Myllyharju, J. / Wierenga, R.K.
履歴
登録2007年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROLYL-4 HYDROXYLASE
B: PROLYL-4 HYDROXYLASE
C: PROLYL-4 HYDROXYLASE
D: PROLYL-4 HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,67415
ポリマ－105,9114
非ポリマー76311
水5,639313
1
A: PROLYL-4 HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7014
ポリマ－26,4781
非ポリマー2243
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PROLYL-4 HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,7625
ポリマ－26,4781
非ポリマー2844
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PROLYL-4 HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6053
ポリマ－26,4781
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PROLYL-4 HYDROXYLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6053
ポリマ－26,4781
非ポリマー1282
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)137.490, 137.490, 88.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
PROLYL-4 HYDROXYLASE


分子量: 26477.760 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINALLY TRUNCATED CONSTRUCT STARTING FROM VAL-29 AND CONTAINING N-TERMINAL HIS-TAG
由来: (組換発現) CHLAMYDOMONAS REINHARDTII (クラミドモナス)
株: CC125MT137C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ORIGAMI(DE3)

-
非ポリマー , 5種, 324分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 313 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細N-TERMINALLY TRUNCATED CONSTRUCT, STARTING FROM VAL29, TOGETHER WITH N-TERMINAL HIS-TAG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.5 %
解説: THE PHASES WERE SOLVED BY USING A MAD DATA COLLECTED TO 2.8A. THE HIGH RESOLUTION DATA SET TO 1.93A WAS COLLECTED FROM HIGH ENERGY REMOTE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9421, 0.9421, 0.9798
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.94211
20.97981
反射解像度: 1.93→25 Å / Num. obs: 457239 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.93→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0028精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.93→19.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 7.216 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.223 3176 5 %RANDOM
Rwork0.188 ---
obs0.192 60331 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→19.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5773 0 41 313 6127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0225946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.9548027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2225720
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.91224.291247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.122151024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5481524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2864
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024393
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.22385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.23884
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8751.53772
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2425851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21132565
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0134.52176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.294 225
Rwork0.227 4277
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0590.1797-0.93452.3363-0.2241.79560.16070.43640.3063-0.2141-0.24670.1062-0.1308-0.26980.0861-0.02960.01070.0085-0.0282-0.0381-0.143484.429-45.6843.087
23.2432-1.4217-1.90472.24511.3794.11850.0136-0.13220.10490.21190.0064-0.0453-0.0153-0.1296-0.0201-0.124-0.0211-0.0175-0.0802-0.0404-0.129277.913-37.59118.281
33.9136-1.1094-0.20297.0817-3.34751.7238-0.0303-0.06430.05790.1639-0.0430.508-0.2083-0.72070.0732-0.0565-0.02310.03410.007-0.0613-0.083468.199-42.05415.199
45.9824-2.237-2.43511.30652.75125.62490.02840.23810.0783-0.2987-0.06650.3032-0.0707-0.18440.038-0.1594-0.0284-0.0326-0.0341-0.0081-0.158274.586-45.5515.202
52.5589-0.33550.75956.37245.816.6614-0.1173-0.0887-0.18340.1005-0.00460.05630.0855-0.07970.1218-0.0568-0.03150.0177-0.0750.0138-0.100978.179-49.89316.788
64.4571-3.9555-0.85096.21660.58990.94330.0024-0.28410.30010.12230.1431-0.41720.02410.1713-0.1454-0.1054-0.0388-0.01130.0012-0.0076-0.100291.763-41.92118.201
76.2324-3.81170.98045.36790.18952.2812-0.0117-0.43920.55940.16060.1184-0.9965-0.00830.3106-0.1068-0.1001-0.04030.0067-0.0086-0.02210.048297.053-41.62516.467
82.71791.1556-0.858123.90230.64234.6356-0.04220.1083-0.1206-0.50640.0022-0.31940.3659-0.06290.0401-0.0955-0.00910.0502-0.03930.002-0.1387.209-58.0078.384
91.1417-1.7565-0.450712.2876.18514.5366-0.1626-0.37980.12610.7590.3634-0.24050.31150.2359-0.2008-0.0287-0.0472-0.00780.08070.0079-0.116691.596-46.45521.297
101.13762.26721.49313.03916.98784.73360.054-0.1246-0.17660.4169-0.18650.19130.364-0.21550.1324-0.0927-0.04950.0526-0.0623-0.0186-0.11278.118-49.28115.411
117.7253-0.42620.14195.5468-0.48753.4261-0.02030.3579-0.2916-0.1701-0.10170.1070.06680.32470.1219-0.031-0.0074-0.0340.0211-0.0163-0.226653.406-18.43-0.31
126.5791-2.4023.78632.3824-2.02675.6058-0.1003-0.0424-0.17830.09280.0003-0.01560.20140.40550.0999-0.12890.03950.0317-0.0249-0.0082-0.094362.579-27.20811.425
1313.99984.2388-5.15314.2907-1.26519.775-0.3623-0.36510.57730.20950.2179-0.3031-0.3023-0.04050.14430.03070.0033-0.08880.1452-0.10480.013566.289-16.97318.382
147.4499-3.53323.54628.2675-3.35766.0641-0.04490.21630.13590.064-0.2562-0.44610.04280.54090.3011-0.1336-0.01150.03130.0791-0.0013-0.084466.961-19.4182.898
152.12730.2033-0.20684.6939-5.06258.1707-0.1583-0.1223-0.00290.27390.0123-0.1707-0.31360.32090.146-0.0369-0.0031-0.00530.0294-0.0703-0.008360.244-14.35412.085
167.1845-3.0398-0.18914.79820.05181.13610.0346-0.1741-0.3540.18860.07180.60950.0238-0.0706-0.1064-0.08680.00030.0353-0.0249-0.0175-0.04544.05-22.29814.269
177.6427-1.8984-1.56992.93631.05451.5503-0.0475-0.1749-0.22970.16170.15360.27560.03950.0747-0.1062-0.11810.0062-0.0063-0.0624-0.0252-0.079747.706-23.11211.688
183.10531.4173-1.31838.3746-0.50125.16830.1803-0.07670.13820.3158-0.2690.276-0.52210.0240.0886-0.0418-0.0191-0.0066-0.0396-0.037-0.149.055-6.8446.142
196.4402-1.8626-0.2160.91451.34334.3723-0.3675-0.7204-0.19340.35190.30.2070.3084-0.12340.0676-0.03020.06770.02160.075-0.0087-0.086653.081-24.02720.418
208.0281-0.82461.939614.2861-8.281417.45380.3138-0.24350.32320.5397-0.2886-0.1377-1.06091.2289-0.0251-0.0301-0.08950.03070.0347-0.0786-0.036962.408-8.1876.123
212.94151.622-0.7175.351-1.43215.0215-0.3582-0.13590.08590.52440.4420.57-0.4127-0.4531-0.08380.0527-0.0274-0.03920.08540.015-0.127347.042-13.38-7.993
223.4275-1.45931.70672.5742-0.91212.2537-0.0715-0.1145-0.0209-0.03480.13780.2848-0.2404-0.4952-0.0662-0.0292-0.0093-0.00590.0485-0.0118-0.091637.165-10.07-20.576
235.8093.89491.511322.721514.715624.9234-0.17950.4281-0.3746-0.19570.4162-0.96790.28670.616-0.23680.02430.0226-0.02980.08820.0215-0.037244.798-8.021-32.393
243.01020.2551.42272.4946-1.08225.0655-0.1554-0.01430.18410.04510.14750.0116-0.3937-0.23410.0079-0.02620.01280.005-0.04380.0028-0.10245.544-4.781-18.224
259.8267-1.7879-1.07350.5141-0.83675.758-0.87490.9639-0.385-1.47041.3557-1.7779-2.26470.7928-0.48090.42480.01350.0120.15570.0510.443160.127-8.706-25.087
2615.05866.46114.716811.19252.46478.30970.10570.20740.1845-0.2795-0.1213-0.2597-0.36560.18420.0157-0.0297-0.01220.0046-0.07870.0003-0.111156.081-9.5-18.877
276.9071-1.28821.27895.83620.77374.93830.24120.0914-1.0625-0.28390.2109-0.00281.0631-0.0394-0.45210.2716-0.109-0.03580.0172-0.01650.031445.835-27.031-22.122
2816.70970.4362.3610.6366-0.2482.1791-0.22430.031-0.3401-0.12680.1709-0.00150.17670.04480.0534-0.0008-0.05560.0256-0.06430.0163-0.074353.12-18.137-16.126
298.6277-3.46232.33892.3733-1.5195.27030.27470.2669-0.6019-0.724-0.13330.6490.56620.0435-0.14140.4201-0.1236-0.07760.0642-0.0867-0.011742.567-23.322-29.174
307.42742.40414.46832.23570.72275.8918-0.11880.10690.0647-0.24810.1292-0.1303-0.45090.0599-0.0104-0.0187-0.04080.0083-0.0788-0.003-0.091250.186-8.481-20.983
3123.4210.49624.628110.5080.496313.2769-0.01850.4861-1.4776-0.09120.3706-0.98010.21252.2781-0.3520.45860.13840.03840.5451-0.09520.233820.619-0.6-2.815
324.4597-3.7239-1.1864.93411.61923.506-0.0343-0.0120.58140.14860.1036-0.52410.05580.6281-0.0692-0.06870.04560.01930.0890.03340.015722.64912.926-9.284
3310.9086-1.95860.50038.4598-1.53678.60850.60310.7905-0.1384-0.9822-0.622-0.34980.17760.45420.01890.36090.26880.04950.4144-0.0808-0.040921.1592.077-26.733
345.0019-1.3258-0.942.9168-0.21475.10860.26670.4467-0.3064-0.2339-0.189-0.01320.43310.445-0.07770.010.1671-0.03550.0528-0.0651-0.047117.8321.99-13.626
3520.80815.4656-7.767217.9928-8.491211.284-0.27330.7871-0.8182-0.6006-0.1219-0.70780.4694-0.08760.39530.25030.1598-0.03070.41160.03060.21722.50510.953-20.213
3615.4684-1.6872-7.3195.144-1.51747.64150.34210.3553-0.3143-0.3445-0.13120.1570.0824-0.0255-0.21090.03050.1166-0.0479-0.032-0.003-0.05459.0967.698-13.128
378.8202-4.92260.28768.2115-0.72482.01870.18940.4611.5624-0.2407-0.065-0.8827-0.66160.3748-0.12440.1909-0.00750.07780.21280.18490.263719.89324.5-18.85
389.5963-0.5915-2.59552.17420.40582.77170.08720.45620.45-0.14690.0382-0.2325-0.22140.0563-0.12530.00830.03890.00970.00840.0481-0.014612.30817.872-12.695
394.714-3.82640.1565.69-1.27886.65370.62490.90880.7569-0.8345-0.6318-0.7758-0.30940.77690.00690.14930.18730.14880.37560.13520.038321.73515.033-24.145
4019.58651.9055-7.222610.90150.51118.8249-0.04310.5072-0.5573-0.49530.0380.77790.1483-0.2060.00520.00020.083-0.0967-0.035-0.0446-0.00556.7593.233-11.729
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A28 - 51
2X-RAY DIFFRACTION2A52 - 99
3X-RAY DIFFRACTION3A100 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A109 - 123
5X-RAY DIFFRACTION5A124 - 165
6X-RAY DIFFRACTION6A166 - 184
7X-RAY DIFFRACTION7A185 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8A211 - 220
9X-RAY DIFFRACTION9A221 - 236
10X-RAY DIFFRACTION10A237 - 249
11X-RAY DIFFRACTION11B28 - 51
12X-RAY DIFFRACTION12B52 - 73
13X-RAY DIFFRACTION13B74 - 102
14X-RAY DIFFRACTION14B103 - 123
15X-RAY DIFFRACTION15B124 - 166
16X-RAY DIFFRACTION16B167 - 194
17X-RAY DIFFRACTION17B195 - 211
18X-RAY DIFFRACTION18B212 - 227
19X-RAY DIFFRACTION19B228 - 241
20X-RAY DIFFRACTION20B242 - 249
21X-RAY DIFFRACTION21C28 - 50
22X-RAY DIFFRACTION22C51 - 74
23X-RAY DIFFRACTION23C75 - 100
24X-RAY DIFFRACTION24C101 - 135
25X-RAY DIFFRACTION25C152 - 156
26X-RAY DIFFRACTION26C157 - 166
27X-RAY DIFFRACTION27C167 - 202
28X-RAY DIFFRACTION28C203 - 226
29X-RAY DIFFRACTION29C227 - 236
30X-RAY DIFFRACTION30C237 - 249
31X-RAY DIFFRACTION31D28 - 38
32X-RAY DIFFRACTION32D39 - 67
33X-RAY DIFFRACTION33D68 - 100
34X-RAY DIFFRACTION34D101 - 135
35X-RAY DIFFRACTION35D140 - 155
36X-RAY DIFFRACTION36D156 - 167
37X-RAY DIFFRACTION37D168 - 195
38X-RAY DIFFRACTION38D196 - 227
39X-RAY DIFFRACTION39D228 - 242
40X-RAY DIFFRACTION40D243 - 249

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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