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- PDB-2v42: Crystal structure of RseB: a sensor for periplasmic stress respon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v42
タイトルCrystal structure of RseB: a sensor for periplasmic stress response in E. coli
要素SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB
キーワードREGULATOR / REGULATORY PROTEIN (遺伝子発現の調節) / LIPOPROTEIN BINDING (リポタンパク質) / SENSOR FOR PERIPLASMIC STRESS
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of polysaccharide biosynthetic process / antisigma factor binding / sigma factor antagonist complex / outer membrane-bounded periplasmic space / protein stabilization / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / identical protein binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
MucB/RseB / MucB/RseB, N-terminal / MucB/RseB, C-terminal / MucB/RseB, C-terminal domain superfamily / MucB/RseB N-terminal domain / MucB/RseB C-terminal domain / Lipoprotein localisation LolA/LolB/LppX / outer membrane lipoprotein receptor (LolB), chain A / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE / Sigma-E factor regulatory protein RseB
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Wollmann, P. / Zeth, K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Structure of Rseb: A Sensor in Periplasmic Stress Response of E. Coli.
著者: Wollmann, P. / Zeth, K.
履歴
登録2007年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB
B: SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,1104
ポリマ－68,7202
非ポリマー3912
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3210 Å2
ΔGint14.2 kcal/mol
Surface area33800 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)164.290, 164.290, 81.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2004-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111GLYGLYASNASN2AA28 - 887 - 67
211GLYGLYASNASN2BB28 - 887 - 67
121GLUGLULEULEU5AA89 - 12268 - 101
221GLUGLULEULEU5BB89 - 12268 - 101
131SERSERASNASN2AA123 - 191102 - 170
231SERSERASNASN2BB123 - 191102 - 170
112SERSERILEILE2AA221 - 312200 - 291
212SERSERILEILE2BB221 - 312200 - 291

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.45228, 0.89185, -0.00656), (0.88703, 0.44904, -0.10738), (-0.09283, -0.05438, -0.9942)
ベクター: -72.45501, 48.2617, 53.24002)

-
要素

#1: タンパク質 SIGMA-E FACTOR REGULATORY PROTEIN RSEB / RSEB


分子量: 34359.891 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 23-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0AFX9
#2: 化合物 ChemComp-NDS / ETHYL DIMETHYL AMMONIO PROPANE SULFONATE


分子量: 195.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H17NO3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細RESIDUE 22 IS A METHIONINE WHICH WAS CLONED THERE TO HAVE A START CODON. RESIDUES 319-324 DO NOT ...RESIDUE 22 IS A METHIONINE WHICH WAS CLONED THERE TO HAVE A START CODON. RESIDUES 319-324 DO NOT MATCH THE P0AFX9 AS IT AS A HIS-TAG, NEEDED FOR PURIFICATION OF THE PROTEIN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.3 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 2.4 M SODIUM MALONATE PH 7, 0.3 M DIMETHYLETHYLAMMONIUM PROPANE SULFONATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→2.9 Å / Num. obs: 28941 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 2.4 / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.8
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 12 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.75→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 24.37 / SU ML: 0.232 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.418 / ESU R Free: 0.292 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 1492 5.1 %RANDOM
Rwork0.217 ---
obs0.219 27882 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.79 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4487 0 24 44 4555
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224595
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.9726240
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2625563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.94623.091220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.09115764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.2181550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2704
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21947
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.23149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2180.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5961.52894
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04224614
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.37331880
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3724.51626
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1520tight positional0.070.05
2368tight positional0.040.05
1649medium positional0.470.5
2342medium positional0.460.5
1128loose positional0.945
1520tight thermal0.080.5
2368tight thermal0.180.5
1649medium thermal0.572
2342medium thermal0.362
1128loose thermal1.210
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.82 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.331 95
Rwork0.325 1952
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.64980.25240.02522.42850.04144.782-0.118-0.1434-0.0090.03540.0259-0.13690.1560.07830.0921-0.1533-0.00420.0149-0.12680.0528-0.058736.156116.91913.607
21.5309-1.71461.72757.2448-4.12574.6518-0.0498-0.173-0.1437-0.7066-0.3193-0.65250.90430.34390.36910.19490.01610.1714-0.21820.06160.040741.18389.86411.666
32.30030.4092-0.43032.1234-0.24123.4009-0.0108-0.11070.38680.0177-0.05570.3093-0.2125-0.43040.0665-0.07890.0015-0.08910.0386-0.09470.062915.618131.17430.005
48.41680.96983.43841.0850.59593.1261-0.0287-0.48530.5772-0.0619-0.43940.40820.0177-0.49810.4681-0.1812-0.05840.02540.1465-0.14550.0343-10.742123.19832.856
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A23 - 211
2X-RAY DIFFRACTION2A216 - 316
3X-RAY DIFFRACTION3B26 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4B218 - 315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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