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- PDB-2v3m: Structure of the Gar1 domain of NAf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v3m
タイトルStructure of the Gar1 domain of NAf1
要素NAF1
キーワードRIBOSOMAL PROTEIN / NAF1 / GAR1 / SNORNP / PHOSPHORYLATION / HYPOTHETICAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


box H/ACA snoRNP assembly / pseudouridine synthesis / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / rRNA processing / ribosome biogenesis / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex non-core subunit Naf1 / Probable tRNA pseudouridine synthase domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / Thrombin, subunit H / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex non-core subunit NAF1
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Leulliot, N. / Godin, K.S. / Hoareau-Aveilla, C. / Quevillon-Cheruel, S. / Varani, G. / Henry, Y. / van Tilbeurgh, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Box H/Aca Rnp Assembly Factor Naf1P Contains a Domain Homologous to Gar1P Mediating its Interaction with Cbf5P.
著者: Leulliot, N. / Godin, K.S. / Hoareau-Aveilla, C. / Quevillon-Cheruel, S. / Varani, G. / Henry, Y. / Van Tilbeurgh, H.
履歴
登録2007年6月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年8月17日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAF1
B: NAF1
C: NAF1
D: NAF1
E: NAF1
F: NAF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,07713
ポリマ－91,4056
非ポリマー6727
水00
1
A: NAF1
F: NAF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6604
ポリマ－30,4682
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1470 Å2
ΔGint-35.4 kcal/mol
Surface area10750 Å2
手法PISA
2
C: NAF1
D: NAF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7565
ポリマ－30,4682
非ポリマー2883
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-48.6 kcal/mol
Surface area11160 Å2
手法PISA
3
B: NAF1
E: NAF1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6604
ポリマ－30,4682
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-34.6 kcal/mol
Surface area10690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.534, 103.534, 109.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11B
21C
31A
41F
51E
61D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111B124 - 153
2111C124 - 153
3111A124 - 153
4111F124 - 153
5111E124 - 153
6111D124 - 153
1211B168 - 221
2211C168 - 221
3211A168 - 221
4211F168 - 221
5211E168 - 221
6211D168 - 221

-
要素

#1: タンパク質
NAF1 / HYPOTHETICAL 54.9 KDA PROTEIN IN SPC98-TOM70 INTERGENIC REGION


分子量: 15234.103 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 109-232 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GOLD (DE3), / 参照: UniProt: P53919
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M K/NA TARTRATE, NA CITRATE PH5.6., pH 5.60

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→20 Å / Num. obs: 18030 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.74→2.89 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
SHELXD位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.74→19.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.906 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 36.644 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 914 5.1 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.259 17085 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.89 Å20.45 Å20 Å2
2--0.89 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→19.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 35 0 4576
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0340.0224648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.6342.0116276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9755557
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.55725.026193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.17215890
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8471521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1440.2738
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2620.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3450.23306
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1950.2169
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4230.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2920.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7671.52873
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27724638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.84431905
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0444.51638
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 670 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Btight positional0.230.05
2Ctight positional0.280.05
3Atight positional0.310.05
4Ftight positional0.320.05
5Etight positional0.230.05
6Dtight positional0.310.05
1Btight thermal0.420.5
2Ctight thermal0.610.5
3Atight thermal0.820.5
4Ftight thermal0.490.5
5Etight thermal1.020.5
6Dtight thermal0.490.5
LS精密化 シェル解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.346 73
Rwork0.341 1220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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