PDB-2v3m: Structure of the Gar1 domain of NAf1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v3m

タイトル

Structure of the Gar1 domain of NAf1

要素

NAF1

キーワード

RIBOSOMAL PROTEIN / NAF1 / GAR1 / SNORNP / PHOSPHORYLATION / HYPOTHETICAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

box H/ACA snoRNP assembly / pseudouridine synthesis / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / rRNA processing / ribosome biogenesis / RNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Leulliot, N. / Godin, K.S. / Hoareau-Aveilla, C. / Quevillon-Cheruel, S. / Varani, G. / Henry, Y. / van Tilbeurgh, H.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Box H/Aca Rnp Assembly Factor Naf1P Contains a Domain Homologous to Gar1P Mediating its Interaction with Cbf5P.
著者: Leulliot, N. / Godin, K.S. / Hoareau-Aveilla, C. / Quevillon-Cheruel, S. / Varani, G. / Henry, Y. / Van Tilbeurgh, H.

履歴

登録	2007年6月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年7月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年8月17日	Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Structure summary / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2v3m.cif.gz	122.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v3m.ent.gz	101.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v3m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v3m_validation.pdf.gz	448.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v3m_full_validation.pdf.gz	471.7 KB	表示
XML形式データ	2v3m_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	2v3m_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v3/2v3m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tze-3 4wil-d 2re3-2 1q4o-1 6app-d 6h3x-d 1xo5-2 7d7s-2 1q4o-2 4x8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NAF1

B: NAF1

C: NAF1

D: NAF1

E: NAF1

F: NAF1

ヘテロ分子

92.1 kDa, 6 ポリマー
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1

A: NAF1

F: NAF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 2 ポリマー
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2

C: NAF1

D: NAF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
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3

B: NAF1

E: NAF1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.534, 103.534, 109.031
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	B
2	1	C
3	1	A
4	1	F
5	1	E
6	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	B	124 - 153
2	1	1	1	C	124 - 153
3	1	1	1	A	124 - 153
4	1	1	1	F	124 - 153
5	1	1	1	E	124 - 153
6	1	1	1	D	124 - 153
1	2	1	1	B	168 - 221
2	2	1	1	C	168 - 221
3	2	1	1	A	168 - 221
4	2	1	1	F	168 - 221
5	2	1	1	E	168 - 221
6	2	1	1	D	168 - 221

#1: タンパク質	NAF1 / HYPOTHETICAL 54.9 KDA PROTEIN IN SPC98-TOM70 INTERGENIC REGION 分子量: 15234.103 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 109-232 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): GOLD (DE3), / 参照: UniProt: P53919
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.9 %
結晶化	pH: 5.6 詳細: 2M AMMONIUM SULPHATE, 0.2M K/NA TARTRATE, NA CITRATE PH5.6., pH 5.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.74→20 Å / Num. obs: 18030 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.74→2.89 Å / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
SHELXD		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.74→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.906 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 36.644 / SU ML: 0.342 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.415 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.287	914	5.1 %	RANDOM
R_work	0.257	-	-	-
obs	0.259	17085	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.89 Å²	0.45 Å²	0 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4541	0	35	0	4576

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.022	4648
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.634	2.011	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.975	5	557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.557	25.026	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	24.172	15	890
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.847	15	21
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.144	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	3329
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.262	0.2	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.345	0.2	3306
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.423	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.292	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.767	1.5	2873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.277	2	4638
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.844	3	1905
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.044	4.5	1638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 670 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	B	tight positional	0.23	0.05
2	C	tight positional	0.28	0.05
3	A	tight positional	0.31	0.05
4	F	tight positional	0.32	0.05
5	E	tight positional	0.23	0.05
6	D	tight positional	0.31	0.05
1	B	tight thermal	0.42	0.5
2	C	tight thermal	0.61	0.5
3	A	tight thermal	0.82	0.5
4	F	tight thermal	0.49	0.5
5	E	tight thermal	1.02	0.5
6	D	tight thermal	0.49	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.74→2.81 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.346	73
R_work	0.341	1220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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