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万見
- PDB-2v3f: acid-beta-glucosidase produced in carrot -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v3f
タイトルacid-beta-glucosidase produced in carrot
要素GLUCOSYLCERAMIDASE
キーワードHYDROLASE / ALTERNATIVE INITIATION / SPHINGOLIPID METABOLISM / GAUCHER DISEASE / DISEASE MUTATION / LIPID METABOLISM / POLYMORPHISM / GLYCOPROTEIN / PHARMACEUTICAL / N-BUTYL-DEOXYNOJIRIMYCIN / ALTERNATIVE SPLICING / ACID-BETA-GLUCOSIDASE / MEMBRANE / LYSOSOME / GLYCOSIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / cerebellar Purkinje cell layer formation / positive regulation of neuronal action potential / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / galactosylceramidase / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / lymphocyte migration / glucosylceramidase / scavenger receptor binding / glucosylceramide catabolic process / regulation of lysosomal protein catabolic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / sphingosine biosynthetic process / regulation of TOR signaling / glucosyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / lipid storage / microglia differentiation / response to thyroid hormone / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / antigen processing and presentation / cell maturation / homeostasis of number of cells / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / establishment of skin barrier / regulation of macroautophagy / negative regulation of protein-containing complex assembly / : / negative regulation of MAP kinase activity / cellular response to starvation / respiratory electron transport chain / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / determination of adult lifespan / negative regulation of inflammatory response / trans-Golgi network / autophagy / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / T cell differentiation in thymus / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / lysosomal membrane / signaling receptor binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / extracellular exosome
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Glycosyl hydrolase family 30, TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30 TIM-barrel domain / Glycosyl hydrolase family 30, beta sandwich domain / Glycosyl hydrolase family 30 beta sandwich domain / Glycoside hydrolase family 30 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysosomal acid glucosylceramidase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Shaaltiel, Y. / Bartfeld, D. / Hashmueli, S. / Baum, G. / Brill-Almon, E. / Galili, G. / Dym, O. / Boldin-Adamsky, S.A. / Silman, I. / Sussman, J.L. ...Shaaltiel, Y. / Bartfeld, D. / Hashmueli, S. / Baum, G. / Brill-Almon, E. / Galili, G. / Dym, O. / Boldin-Adamsky, S.A. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Futerman, A.H. / Aviezer, D. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: Plant Biotechnol.J. / 年: 2007
タイトル: Production of Glucocerebrosidase with Terminal Mannose Glycans for Enzyme Replacement Therapy of Gaucher'S Disease Using a Plant Cell System.
著者: Shaaltiel, Y. / Bartfeld, D. / Hashmueli, S. / Baum, G. / Brill-Almon, E. / Galili, G. / Dym, O. / Boldin-Adamsky, S.A. / Silman, I. / Sussman, J.L. / Futerman, A.H. / Aviezer, D.
履歴
登録2007年6月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月6日Group: Derived calculations / Non-polymer description ...Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BC" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUCOSYLCERAMIDASE
B: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,05318
ポリマ－113,1792
非ポリマー2,87416
水14,502805
1
A: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,0128
ポリマ－56,5891
非ポリマー1,4227
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: GLUCOSYLCERAMIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,04210
ポリマ－56,5891
非ポリマー1,4529
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)68.088, 97.104, 82.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 GLUCOSYLCERAMIDASE / BETA-GLUCOCEREBROSIDASE / ACID-BETA-GLUCOSIDASE / D-GLUCOSYL-N-ACYLSPHINGOSINE GLUCOHYDROLASE / ...BETA-GLUCOCEREBROSIDASE / ACID-BETA-GLUCOSIDASE / D-GLUCOSYL-N-ACYLSPHINGOSINE GLUCOHYDROLASE / ALGLUCERASE / IMIGLUCERASE


分子量: 56589.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: DAUCUS CAROTA (ニンジン) / 参照: UniProt: P04062, glucosylceramidase

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-3]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-2-1-3/a3-b1_a4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1/a3-b1_a4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 3種, 819分子

#4: 化合物 ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス


分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H19NO5 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細IN ADDITION TO THE NATIVE SEQUENCE OF HUMAN ACID-BETA-GLUCOSIDASE, THE MOLECULE HAS 2 AMINO ACIDS ...IN ADDITION TO THE NATIVE SEQUENCE OF HUMAN ACID-BETA-GLUCOSIDASE, THE MOLECULE HAS 2 AMINO ACIDS AT THE N-TERMINAL, AND 6 AMINO ACIDS AT THE C-TERMINAL

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: AMSO4 0.2M, BIS-TRIS PH6.5, PEG 3350 25%, HEXAMINECOCL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0723
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月30日 / 詳細: MIRRORD
放射モノクロメーター: C AND AL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 74750 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 6.3 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OGS

1ogs


解像度: 1.95→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 2.79 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 7449 10.1 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.154 66326 96.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7759 0 175 805 8739
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228202
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.96711214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5565992
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.89723.437355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.122151237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0891541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026218
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1950.23817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.25589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2781
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.160.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.851.55078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31327989
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.02733596
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0574.53207
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.217 553 -
Rwork0.151 4966 -
obs--98.73 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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