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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v2b | ||||||
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タイトル | L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE FROM ESCHERICHIA COLI (MUTANT E117S- E192A-K248G-R253A-E254A) | ||||||
![]() | RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
![]() | LYASE / ZINC ENZYME / METAL-BINDING / SURFACE MUTATION / 2-KETOSE DEGRADATION / PROTEIN-PROTEIN INTERFACE / ALDOLASE / CLASS II / RARE SUGAR / CLEAVAGE OF L-RHAMNULOSE-1-PHOSPHATE TO DIHYDROXYACETONE PHOSPHATE / BACTERIAL L-RHAMNOSE METABOLISM / RHAMNOSE METABOLISM / PROTEIN ENGINEERING / DOMAIN MOTION FOR MECHANICAL SUPPORT OF CATALYSIS | ||||||
機能・相同性 | ![]() rhamnulose-1-phosphate aldolase / rhamnulose-1-phosphate aldolase activity / rhamnose catabolic process / pentose catabolic process / aldehyde-lyase activity / identical protein binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grueninger, D. / Schulz, G.E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Antenna Domain Mobility and Enzymatic Reaction of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase. 著者: Grueninger, D. / Schulz, G.E. #1: ![]() タイトル: Designed Protein-Protein Association 著者: Grueninger, D. / Treiber, N. / Ziegler, M.O.P. / Koetter, J.W.A. / Schulze, M.-S. / Schulz, G.E. #2: ![]() タイトル: Structure and Catalytic Mechanism of L-Rhamnulose-1-Phosphate Aldolase 著者: Kroemer, M. / Merkel, I. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 74.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 29858.057 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 222分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PGR.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PGR.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-PGR / | #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 117 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, GLU 192 TO ALA ...ENGINEERED |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.5 詳細: 40% (V/V) 1,2-PROPANEDIOL, 50 MM CA ACETATE, 100 MM ACETATE BUFFER (PH 4.5) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.90504 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 44912 / % possible obs: 87.9 % / Observed criterion σ(I): 2.72 / 冗長度: 3.93 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 17.05 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.56 Å / 冗長度: 2.51 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.72 / % possible all: 78.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1OJR 解像度: 1.5→36.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 2.478 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→36.35 Å
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拘束条件 |
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