PDB-2v21: Crystal structure of the T. thermophilus dodecin in complex with ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2v21

タイトル

Crystal structure of the T. thermophilus dodecin in complex with prebound FMN

要素

HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

キーワード

FLAVOPROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN / FLAVIN BINDING PROTEIN / DODECINS / COENZYME A / FLAVIN DIMER / PUTATIVE STORAGE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Meissner, B. / Essen, L.-O.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: The Dodecin from Thermus Thermophilus, a Bifunctional Cofactor Storage Protein.
著者: Meissner, B. / Schleicher, E. / Weber, S. / Essen, L.-O.

履歴

登録	2007年5月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年9月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references / Derived calculations / Other
改定 1.3	2012年2月22日	Group: Other
改定 1.4	2017年7月5日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.5	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDBx/mmCIF形式	2v21.cif.gz	92 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2v21.ent.gz	72.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2v21.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2v21_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2v21_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	2v21_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	2v21_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/2v21 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v2/2v21	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ux9C 2v18C 2v19C 1mogS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2dev-1 2deg-1 2deh-1 3oqt-3 6ri3-1 3onr-d 2cz8-2 2yiz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

B: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

C: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

D: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

E: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

F: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

ヘテロ分子

48 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

B: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

C: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

D: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

E: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

F: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

B: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

C: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

D: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

E: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

F: HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.9 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.765, 65.765, 202.408
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
1	2	A
2	2	C
3	2	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	A	A	2 - 15	2 - 15
2	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	B	B	2 - 15	2 - 15
3	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	C	C	2 - 15	2 - 15
4	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	D	D	2 - 15	2 - 15
5	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	E	E	2 - 15	2 - 15
6	1	1	GLY	GLY	GLU	GLU	1	F	F	2 - 15	2 - 15
1	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	A	A	16	16
2	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	B	B	16	16
3	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	C	C	16	16
4	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	D	D	16	16
5	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	E	E	16	16
6	2	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	F	F	16	16
1	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	A	A	17 - 29	17 - 29
2	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	B	B	17 - 29	17 - 29
3	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	C	C	17 - 29	17 - 29
4	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	D	D	17 - 29	17 - 29
5	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	E	E	17 - 29	17 - 29
6	3	1	GLY	GLY	ALA	ALA	1	F	F	17 - 29	17 - 29
1	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	A	A	30	30
2	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	B	B	30	30
3	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	C	C	30	30
4	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	D	D	30	30
5	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	E	E	30	30
6	4	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	F	F	30	30
1	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	A	A	31 - 33	31 - 33
2	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	B	B	31 - 33	31 - 33
3	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	C	C	31 - 33	31 - 33
4	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	D	D	31 - 33	31 - 33
5	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	E	E	31 - 33	31 - 33
6	5	1	LYS	LYS	LEU	LEU	1	F	F	31 - 33	31 - 33
1	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	A	A	34	34
2	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	B	B	34	34
3	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	C	C	34	34
4	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	D	D	34	34
5	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	E	E	34	34
6	6	1	ARG	ARG	ARG	ARG	2	F	F	34	34
1	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	A	A	35 - 49	35 - 49
2	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	B	B	35 - 49	35 - 49
3	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	C	C	35 - 49	35 - 49
4	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	D	D	35 - 49	35 - 49
5	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	E	E	35 - 49	35 - 49
6	7	1	HIS	HIS	GLY	GLY	1	F	F	35 - 49	35 - 49
1	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	A	A	50	50
2	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	B	B	50	50
3	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	C	C	50	50
4	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	D	D	50	50
5	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	E	E	50	50
6	8	1	GLU	GLU	GLU	GLU	2	F	F	50	50
1	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	A	A	51 - 67	51 - 67
2	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	B	B	51 - 67	51 - 67
3	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	C	C	51 - 67	51 - 67
4	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	D	D	51 - 67	51 - 67
5	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	E	E	51 - 67	51 - 67
6	9	1	ALA	ALA	GLU	GLU	1	F	F	51 - 67	51 - 67
1	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	A	A	68	68
2	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	B	B	68	68
3	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	C	C	68	68
4	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	D	D	68	68
5	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	E	E	68	68
6	10	1	GLU	GLU	GLU	GLU	4	F	F	68	68
1	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	4	A	G	101
2	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	4	C	I	101
3	1	2	FMN	FMN	FMN	FMN	4	F	J	101

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.1232, 0.45534, -0.88175), (-0.93635, -0.34767, -0.04871), (-0.32874, 0.81963, 0.46919)	107.05479, 66.72353, 40.41164
2	given	(-0.12318, -0.9316, -0.34197), (0.45853, -0.35903, 0.81292), (-0.8801, -0.05667, 0.4714)	89.66434, -58.05132, 78.68407
3	given	(-0.67197, 0.33065, 0.66267), (0.33566, -0.66163, 0.67051), (0.66014, 0.673, 0.33361)	62.05007, -41.54006, -9.6479
4	given	(-0.35535, -0.93227, -0.0678), (0.47251, -0.11657, -0.87358), (0.80651, -0.34247, 0.48193)	89.47807, 24.34116, -18.33639
5	given	(-0.45634, 0.35215, -0.81715), (0.11487, 0.93398, 0.33834), (0.88236, 0.06053, -0.46667)	123.8833, -23.20238, 22.08135

#1: タンパク質	HYPOTHETICAL PROTEIN TTHA1431 / DODECIN 分子量: 7759.931 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) THERMUS THERMOPHILUS (バクテリア) 株: HB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)GOLD / 参照: UniProt: Q5SIE3
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	RESIDUE T69 NOT DEFINED

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.2 M MAGNESIUM ACETATE, 0.1 M SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 30% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.54
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年12月23日 / 詳細: OSMIC MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→19.9 Å / Num. obs: 18248 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 23.3
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.36 / Mean I/σ(I) obs: 3.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1MOG

1mog

解像度: 2.4→19.87 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 18.586 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.503 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.262	1076	5.9 %	RANDOM
R_work	0.225	-	-	-
obs	0.227	17102	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.42 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.87 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3181	0	95	13	3289

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3316
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2294
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.955	2.011	4463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.752	3	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.316	5	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.428	23.557	149
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.194	15	622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.833	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	494
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3599
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	666
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.176	0.2	439
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.179	0.2	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.079	0.2	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.162	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.376	1.5	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.747	2	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.078	3	1487
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.862	4.5	1340
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	839	tight positional	0.02	0.05
1	2	B	839	tight positional	0.02	0.05
1	3	C	839	tight positional	0.02	0.05
1	4	D	839	tight positional	0.02	0.05
1	5	E	839	tight positional	0.02	0.05
1	6	F	839	tight positional	0.02	0.05
1	1	A	61	medium positional	0.86	0.5
1	2	B	61	medium positional	0.56	0.5
1	3	C	61	medium positional	1.03	0.5
1	4	D	61	medium positional	0.54	0.5
1	5	E	61	medium positional	0.44	0.5
1	6	F	61	medium positional	0.51	0.5
2	1	A	41	medium positional	0.12	0.5
2	2	C	41	medium positional	0.1	0.5
2	3	F	41	medium positional	0.12	0.5
1	1	A	839	tight thermal	0.05	0.5
1	2	B	839	tight thermal	0.04	0.5
1	3	C	839	tight thermal	0.05	0.5
1	4	D	839	tight thermal	0.04	0.5
1	5	E	839	tight thermal	0.04	0.5
1	6	F	839	tight thermal	0.04	0.5
1	1	A	61	medium thermal	0.18	2
1	2	B	61	medium thermal	0.15	2
1	3	C	61	medium thermal	0.34	2
1	4	D	61	medium thermal	0.18	2
1	5	E	61	medium thermal	0.17	2
1	6	F	61	medium thermal	0.12	2
2	1	A	41	medium thermal	0.24	2
2	2	C	41	medium thermal	0.17	2
2	3	F	41	medium thermal	0.26	2

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.278	75
R_work	0.277	1218

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8439	1.5787	0.1234	10.8801	2.0366	3.368	0.1471	-0.2021	-0.0856	0.1347	0.0466	0.7332	0.0742	-0.5858	-0.1938	-0.2814	-0.0503	0.0801	-0.1331	0.114	-0.1837	38.129	8.0854	59.3108
2	7.4765	0.0066	1.7693	2.937	-0.7479	3.8237	0.1688	-0.7099	-0.2635	0.7785	-0.0338	-0.1024	0.2065	0.304	-0.135	0.102	-0.0331	-0.0751	-0.0997	-0.0093	-0.2968	57.1887	4.4875	72.5143
3	2.6518	0.116	1.5723	6.3941	-3.393	8.5464	0.1269	-0.202	0.5271	0.6265	-0.0374	0.0027	-0.8423	0.1432	-0.0896	-0.1296	-0.0461	0.147	-0.2864	-0.0863	-0.1528	53.733	25.3767	62.281
4	4.5908	-1.4992	2.7277	4.2819	-3.201	10.4781	0.1842	0.6204	-0.2829	-0.5125	-0.251	-0.6974	0.5353	0.8965	0.0668	-0.2227	0.0156	0.0652	0.0422	-0.1033	-0.046	78.1799	5.8183	40.1992
5	6.3156	-3.063	-4.8721	5.7866	2.9919	8.011	0.4252	-0.32	0.6709	0.1212	0.0731	-0.7445	-0.7817	0.7467	-0.4983	-0.2289	-0.2066	-0.0463	-0.1142	-0.0806	-0.0281	73.2124	23.1821	55.1147
6	3.4874	0.7437	-0.0643	9.9857	-1.1086	3.7199	0.0633	-0.5927	-0.2604	0.805	0.0198	-0.7274	0.3883	0.6828	-0.0831	-0.16	0.0528	-0.186	0.1176	0.0334	-0.1055	75.5887	1.2761	63.3039

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 68
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 68
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 68
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	2 - 68
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	2 - 68

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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