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- PDB-2v1r: Yeast Pex13 SH3 domain complexed with a peptide from Pex14 at 2.1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1r
タイトルYeast Pex13 SH3 domain complexed with a peptide from Pex14 at 2.1 A resolution
要素
  • PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
  • PEX14
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION / TRANSMEMBRANE / PEPTIDE COMPLEX / STRUCTURAL GENOMICS / PEROXISOME
機能・相同性
機能・相同性情報


Class I peroxisomal membrane protein import / peroxisomal importomer complex / protein import into peroxisome matrix, docking / Peroxisomal protein import / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / transmembrane transporter complex / peroxisomal membrane / protein transmembrane transporter activity / protein-macromolecule adaptor activity / signaling receptor binding
類似検索 - 分子機能
Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. ...Peroxin 13, N-terminal / Peroxin 13 / Peroxin 13, N-terminal region / Peroxisome membrane anchor protein Pex14p, N-terminal / Peroxisomal membrane protein 14 / Pex14 N-terminal domain / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Peroxisomal membrane protein PEX14 / Peroxisomal membrane protein PEX13
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kursula, I. / Kursula, P. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Genomics of Yeast SH3 Domains
著者: Kursula, P. / Kursula, I. / Pinotsis, N. / Lehmann, F. / Zou, P. / Song, Y.H. / Wilmanns, M.
履歴
登録2007年5月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月7日Group: Derived calculations / Other / Version format compliance
改定 1.22019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
B: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
P: PEX14
Q: PEX14
R: PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,7995
ポリマ－23,7995
非ポリマー00
水1,892105
1
A: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
Q: PEX14
R: PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,7613
ポリマ－12,7613
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-7.6 kcal/mol
Surface area7070 Å2
手法PISA
2
B: PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20
P: PEX14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0392
ポリマ－11,0392
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area680 Å2
ΔGint-3.6 kcal/mol
Surface area6530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.440, 39.090, 39.140
Angle α, β, γ (deg.)86.85, 65.46, 62.04
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PEROXISOMAL MEMBRANE PROTEIN PAS20 / PEROXIN-13 / PEX13


分子量: 9316.717 Da / 分子数: 2 / 断片: SH3 DOMAIN, RESIDUES 299-374 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P80667
#2: タンパク質・ペプチド PEX14


分子量: 1721.952 Da / 分子数: 3 / 断片: SH3 DOMAIN BINDING SEGMENT, RESIDUES 83-96 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P53112
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.81
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.81 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→20 Å / Num. obs: 9925 / % possible obs: 93.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.11→2.25 Å / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1N5Z

1n5z


解像度: 2.1→20 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 463 5 %
Rwork0.1912 --
obs-9268 93.6 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1264 0 0 105 1369

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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