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万見
- PDB-2v1n: SOLUTION STRUCTURE OF THE REGION 51-160 OF HUMAN KIN17 REVEALS A ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1n
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE REGION 51-160 OF HUMAN KIN17 REVEALS A WINGED HELIX FOLD
要素PROTEIN KIN HOMOLOG
キーワードNUCLEAR PROTEIN / KIN17 / WINGED HELIX MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


Protein methylation / mRNA processing / nuclear matrix / double-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex ...Protein methylation / mRNA processing / nuclear matrix / double-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA/RNA-binding protein Kin17, conserved domain / DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / KN17 SH3-like C-terminal domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / Zinc finger C2H2 superfamily ...DNA/RNA-binding protein Kin17, conserved domain / DNA/RNA-binding protein Kin17, WH-like domain / KIN17-like protein / DNA/RNA-binding protein KIN17, WH-like domain superfamily / KN17, SH3-like C-terminal domain / Kin17, KOW domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / KN17 SH3-like C-terminal domain / Domain of Kin17 curved DNA-binding protein / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Arc Repressor Mutant, subunit A / Ribosomal protein L2, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA-binding protein KIN17
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法溶液NMR / SIMULATED ANNEALING USING CNS
データ登録者Carlier, L. / Le Maire, A. / Gondry, M. / Guilhaudis, L. / Milazzo, I. / Davoust, D. / Couprie, J. / Gilquin, B. / Zinn-Justin, S.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: Solution Structure of the Region 51-160 of Human Kin17 Reveals an Atypical Winged Helix Domain
著者: Carlier, L. / Le Maire, A. / Gondry, M. / Guilhaudis, L. / Milazzo, I. / Davoust, D. / Couprie, J. / Gilquin, B. / Zinn-Justin, S.
履歴
登録2007年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年1月15日Group: Data collection / Other / カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KIN HOMOLOG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6861
ポリマ－13,6861
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 400STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, WITH THE LOWEST ENERGY
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN KIN HOMOLOG / KIN17


分子量: 13686.452 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 51-160 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PEXP-TH5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)ROSETTA PLYSS / 参照: UniProt: O60870
配列の詳細BECAUSE OF THE CLONING STRATEGY, THE PEPTIDE RESULTING FROM THE CLEAVAGE COMPRISES AN ADDITIONAL N- ...BECAUSE OF THE CLONING STRATEGY, THE PEPTIDE RESULTING FROM THE CLEAVAGE COMPRISES AN ADDITIONAL N-TERMINAL GLYCINE

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
11115N-NOESY-HSQC
12113C-NOESY- HSQC ALIPHATIC
23113C-NOESY- HSQC AROMATIC
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINATED USING TRIPLE- RESONANCE NMR SPECTROSCOPY ON 15N- AND 15N-13C- LABELED PROTEINS

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試料調製

詳細内容: 90%WATER / 10%D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH温度 (K)
150MM PHOSPHATE , 150MM NACL 6.0 303.0 K
250MM PHOSPHATE , 150MM NACL 6.0 303.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Bruker DMXBrukerDMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1BRUNGER,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS, GROSSE- KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES, PANNU,READ, RICE,SIMONSON,WARREN精密化
NMRView構造決定
NMRPipe構造決定
Felix構造決定
CNS構造決定
精密化手法: SIMULATED ANNEALING USING CNS / ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT DETAILS CAN BE FOUND IN THE JRNL CITATION ABOVE. THE REGIONS 3-15 AND 108-111 ARE DISORDERED
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: STRUCTURES WITH ACCEPTABLE COVALENT GEOMETRY, WITH THE LEAST RESTRAINT VIOLATIONS, WITH THE LOWEST ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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