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- PDB-2v1d: Structural basis of LSD1-CoREST selectivity in histone H3 recognition -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v1d
タイトルStructural basis of LSD1-CoREST selectivity in histone H3 recognition
要素
  • HISTONE H3.1T
  • LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
  • REST COREPRESSOR 1
キーワードOXIDOREDUCTASE/REPRESSOR / OXIDOREDUCTASE REPRESSOR COMPLEX / ALTERNATIVE SPLICING / OXIDOREDUCTASE / FLAVIN / REPRESSOR / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMATIN REMODELLING / HOST-VIRUS INTERACTION / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / CHROMATIN REGULATOR / OXIDOREDUCTASE-REPRESSOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development ...positive regulation of megakaryocyte differentiation / guanine metabolic process / regulation of DNA methylation-dependent heterochromatin formation / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / muscle cell development / neuron maturation / positive regulation of neural precursor cell proliferation / regulation of androgen receptor signaling pathway / MRF binding / DNA repair complex / DNA repair-dependent chromatin remodeling / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of DNA binding / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone deacetylase complex / positive regulation of cell size / histone demethylase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / Packaging Of Telomere Ends / response to fungicide / cellular response to cAMP / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / transcription repressor complex / erythrocyte differentiation / Condensation of Prophase Chromosomes / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / promoter-specific chromatin binding / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / Meiotic recombination / positive regulation of neuron projection development / structural constituent of chromatin / transcription corepressor activity / regulation of protein localization / cellular response to UV / nucleosome / nucleosome assembly / p53 binding / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / flavin adenine dinucleotide binding / Processing of DNA double-strand break ends / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1880 / : / Helical region in REST corepressor / ELM2 domain / ELM2 domain / ELM2 domain profile. / ELM2 / Histone lysine-specific demethylase / ATP synthase, gamma subunit, helix hairpin domain / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Homeobox-like domain superfamily / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Histone-fold / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Lysine-specific histone demethylase 1A / Histone H3.1t / REST corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Forneris, F. / Binda, C. / Adamo, A. / Battaglioli, E. / Mattevi, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2007
タイトル: Structural Basis of Lsd1-Corest Selectivity in Histone H3 Recognition.
著者: Forneris, F. / Binda, C. / Adamo, A. / Battaglioli, E. / Mattevi, A.
履歴
登録2007年5月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1
B: REST COREPRESSOR 1
C: HISTONE H3.1T
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,5734
ポリマ－103,7883
非ポリマー7861
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8940 Å2
ΔGint-52.28 kcal/mol
Surface area37570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.057, 180.496, 233.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 LYSINE-SPECIFIC HISTONE DEMETHYLASE 1 / FLAVIN-CONTAINING AMINE OXIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / BRAF35-HDAC COMPLEX PROTEIN BHC110


分子量: 81279.438 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 123-852 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: O60341, 酸化還元酵素
#2: タンパク質 REST COREPRESSOR 1 / PROTEIN COREST / COREST


分子量: 20244.824 Da / 分子数: 1 / 断片: 305-482 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL0
#3: タンパク質・ペプチド HISTONE H3.1T / HISTONE H3 K4M PEPTIDE


分子量: 2263.666 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-22 / Mutation: YES / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q16695
#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, LYS 5 TO MET
配列の詳細TRUNCATED MUTANT LACKING THE FIRST 122 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED MUTANT LACKING THE FIRST 304 N- ...TRUNCATED MUTANT LACKING THE FIRST 122 N-TERMINAL RESIDUES TRUNCATED MUTANT LACKING THE FIRST 304 N-TERMINAL RESIDUES SYNTHETIC PEPTIDE CORRESPONDING TO THE FIRST 21 N-TERMINAL AMINO ACIDS OF HISTONE H3 BEARING POINT MUTATION LYS4MET

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 7 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.979
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 44088 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2IW5

2iw5


解像度: 3.1→76.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 13.687 / SU ML: 0.243 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.432 / ESU R Free: 0.293 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 860 2 %RANDOM
Rwork0.223 ---
obs0.224 43224 95.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 84.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.79 Å20 Å20 Å2
2---4.24 Å20 Å2
3----2.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→76.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6407 0 53 0 6460
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0226594
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.671.9738942
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9335812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.41324.396298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.988151153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2341544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21001
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2630.23336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3280.24553
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2570.253
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8311.54120
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.50326559
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7132771
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9984.52383
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.378 61
Rwork0.325 3242

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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