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- PDB-2uzp: Crystal structure of the C2 domain of human protein kinase C gamma. -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2uzp
タイトルCrystal structure of the C2 domain of human protein kinase C gamma.
要素PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
キーワードTRANSFERASE / METAL-BINDING / KINASE / ZINC-FINGER / ATP-BINDING / SPINOCEREBELLAR ATAXIA / CALCIUM-BINDING PROTEIN / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING / PHORBOL- ESTER BINDING / PHOSPHORYLATION / PROTEIN KINASE C / NEURODEGENERATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / regulation of response to food / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of mismatch repair / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / protein kinase C / chemosensory behavior / negative regulation of proteasomal protein catabolic process ...Disinhibition of SNARE formation / Response to elevated platelet cytosolic Ca2+ / regulation of response to food / calcium,diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / positive regulation of mismatch repair / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / protein kinase C / chemosensory behavior / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / innervation / regulation of phagocytosis / presynaptic cytosol / response to morphine / Calmodulin induced events / postsynaptic cytosol / response to psychosocial stress / regulation of synaptic vesicle exocytosis / response to pain / calyx of Held / negative regulation of protein ubiquitination / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / synaptic membrane / long-term synaptic potentiation / regulation of circadian rhythm / negative regulation of protein catabolic process / response to toxic substance / G alpha (z) signalling events / cell-cell junction / rhythmic process / chemical synaptic transmission / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic density / learning or memory / protein kinase activity / intracellular signal transduction / phosphorylation / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / zinc ion binding / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / C2 domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Protein kinase C, alpha/beta/gamma types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / C2 domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2 domain / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Protein kinase C gamma type
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pike, A.C.W. / Amos, A. / Johansson, C. / Sobott, F. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Umeano, C. / Gorrec, F. / Bunkoczi, G. ...Pike, A.C.W. / Amos, A. / Johansson, C. / Sobott, F. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Umeano, C. / Gorrec, F. / Bunkoczi, G. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of C2 Domain of Protein Kinase C Gamma
著者: Pike, A.C.W. / Amos, A. / Johansson, C. / Sobott, F. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Umeano, C. / Gorrec, F. / Bunkoczi, G. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / ...著者: Pike, A.C.W. / Amos, A. / Johansson, C. / Sobott, F. / Savitsky, P. / Berridge, G. / Fedorov, O. / Umeano, C. / Gorrec, F. / Bunkoczi, G. / Debreczeni, J. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Knapp, S.
履歴
登録2007年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22014年3月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Source and taxonomy / Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
B: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
C: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,29846
ポリマ－49,6013
非ポリマー3,69743
水7,062392
1
A: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,66014
ポリマ－16,5341
非ポリマー1,12713
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,75715
ポリマ－16,5341
非ポリマー1,22314
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,88117
ポリマ－16,5341
非ポリマー1,34716
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.503, 138.503, 68.358
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.85791, -0.51344, 0.01933), (-0.51376, 0.85773, -0.01872), (-0.00697, -0.02599, -0.99964)94.86041, 26.73574, 69.39318
2given(-0.4881, -0.8724, 0.02602), (0.87265, -0.48834, -0.00347), (0.01574, 0.02101, 0.99966)94.37377, 25.1976, -1.23206

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 PROTEIN KINASE C GAMMA TYPE / PROTEIN KINASE C GAMMA / PKC-GAMMA


分子量: 16533.654 Da / 分子数: 3 / 断片: C2 DOMAIN, RESIDUES 154-295 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SCHIFFS BASE LINK BETWEEN SER -1 AND PYRIDOXAL PHOSPHATE PLP300
由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P05129, protein kinase C

-
非ポリマー , 6種, 435分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細N-TERMINAL SER MET ARISE FROM VECTOR-ENCODED PROTEASE RECOGNITION SEQUENCE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.88 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 1.8M AMMONIUM SULPHATE, 15MM COBALT CHLORIDE, 0.1M MES PH6.5, pH 6.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9999
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→56.08 Å / Num. obs: 45478 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 28.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DSY

1dsy


解像度: 2→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 5.117 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. AMINO TERMINUS IS MODIFIED BY PYRIXODAL PHOSPHATE DURING CRYSTALLIZATION AND TIGHTLY COORDINATES A COBALT ION
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.205 2295 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.172 43180 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.01 Å20 Å20 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---2.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3410 0 189 392 3991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223750
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022541
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3132.0085084
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.84736159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6475434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.54423.829175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.53615607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.321533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023978
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1960.2617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1990.22734
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1710.21637
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0940.21962
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1450.2289
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2440.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1990.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1680.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.40132274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.07253539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.31181710
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.114111543
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.05 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 189
Rwork0.214 3121
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.78130.55640.62881.80190.88261.2168-0.01140.0789-0.152-0.1544-0.0155-0.01390.07670.01170.0268-0.1847-0.02010.0051-0.23010.0101-0.030437.04818.84219.944
23.0040.28430.58921.6545-0.04931.9711-0.005-0.3973-0.40860.3587-0.0476-0.42120.23510.26410.0526-0.12270.0372-0.0863-0.12930.13250.046253.45723.8948.64
32.3375-0.4402-0.411.2660.19361.59630.00380.3160.1492-0.23110.0271-0.208-0.10180.2206-0.0308-0.1984-0.0633-0.0071-0.14870.0769-0.027160.38448.22819.77
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 293
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 293
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 293

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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