PDB-2uz0: The Crystal crystal structure of the estA protein, a virulence fa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uz0

タイトル

The Crystal crystal structure of the estA protein, a virulence factor estA protein from Streptococcus pneumonia

要素

TRIBUTYRIN ESTERASE

キーワード

HYDROLASE / ESTERASE / ALPHA/BETA HYDROLASE / A VIRULENCE FACTOR FOR LUNG INFECTION

機能・相同性

Esterase-like / Putative esterase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Tributyrin esterase / Tributyrin esterase

機能・相同性情報

生物種

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kim, M.H. / Kang, B.S. / Kim, K.J. / Oh, T.K.

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the Esta Protein, a Virulence Factor from Streptococcus Pneumoniae.
著者: Kim, M.H. / Kang, B.S. / Kim, S. / Kim, K.J. / Lee, C.H. / Oh, B.C. / Park, S.C. / Oh, T.K.

履歴

登録	2007年4月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年10月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uz0.cif.gz	217.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uz0.ent.gz	184.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uz0_validation.pdf.gz	481.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uz0_full_validation.pdf.gz	496.3 KB	表示
XML形式データ	2uz0_validation.xml.gz	43.5 KB	表示
CIF形式データ	2uz0_validation.cif.gz	61.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uz/2uz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cfn PDB 未公開エントリ
類似構造データ	6wcx-d 4rot-1 6vhe-d 1g8j-2 1ei1-d 3u1n-2 5m4g-d 1f51-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TRIBUTYRIN ESTERASE

B: TRIBUTYRIN ESTERASE

C: TRIBUTYRIN ESTERASE

D: TRIBUTYRIN ESTERASE

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.695, 72.128, 101.827
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.31, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	TRIBUTYRIN ESTERASE / ESTERASE 分子量: 30599.404 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-259 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q97S09, UniProt: A0A0H2UNZ8*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 563 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42 % 解説: STARTING MODEL FOR MR WAS A PARTIALLY REFINED MODEL OF THE SEMET CRYSTAL AT A 1.9A.
結晶化	詳細: 10% (V/V) PEG 6000,8% (V/V) ETHYLENE GLYCOL,4% (V/V) 2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL,10 MM CYSTEINE,0.1 M TRIS-HCL PH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 113097 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 3.949 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	5662	5 %	RANDOM
R_work	0.183	-	-	-
obs	0.184	107413	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.25 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.28 Å²	0 Å²	0.55 Å²
2-	-	-0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8108	0	54	563	8725

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	8401
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.307	1.943	11390
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.113	5	1006
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.784	23.99	391
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.103	15	1364
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.207	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1188
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6405
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.318	0.2	4269
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.328	0.2	5664
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	602
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.167	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.161	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.11	1.5	5118
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.111	2	7981
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.083	3	3924
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.896	4.5	3401
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.75 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.271	378
R_work	0.232	7607

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7928	-0.0324	0.0329	0.4305	0.027	0.3158	-0.0024	0.0039	-0.0461	0.0004	-0.0003	-0.0407	0.0237	0.0013	0.0027	-0.058	0.0033	0.0117	-0.0526	0.0058	0.0248	31.552	0.145	44.639
2	0.8877	0.0903	-0.1923	0.2579	-0.0265	0.3666	-0.0014	0.0612	-0.066	-0.0013	-0.0085	0.0459	-0.0127	0.0002	0.01	-0.0651	-0.0027	0.0068	-0.0448	0.0008	0.031	-2.697	5.737	40.213
3	0.6578	0.167	-0.0453	0.5797	0.0481	0.8875	0.0023	0.1182	0.017	-0.1141	-0.0051	-0.0079	-0.0754	0.0513	0.0028	-0.0287	0.0025	0.023	0	0.0202	-0.0519	26.791	20.519	14.028
4	1.1255	0.0132	0.074	0.5264	0.034	1.0113	0.0349	0.2256	-0.2615	-0.1059	-0.0519	0.094	0.1423	-0.0605	0.017	-0.0493	-0.004	-0.0181	0.0017	-0.1199	0.0302	10.62	-10.397	10.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 257
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-4 - 257
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-4 - 253
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-4 - 257

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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