PDB-2uxp: TtgR in complex Chloramphenicol

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uxp

タイトル

TtgR in complex Chloramphenicol

要素

HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

キーワード

TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / DNA-BINDING /

TETR FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity /

デオキシリボ核酸 / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Multidrug Binding Protein Ttgr in Complex with Antibiotics and Plant Antimicrobials.
著者: Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.

履歴

登録	2007年3月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uxp.cif.gz	92.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uxp.ent.gz	72.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/2uxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/2uxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uxhC 2uxiC 2uxoC 2uxuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdn-1 2uxu-d 2uxh-d 6of0-2 1jup-1 3bt9-1 3btl-1 2hq5-1 2gby-1 1rkw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

ヘテロ分子

48.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.457, 230.673, 44.006
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR / TOLUENE EFFLUX PUMP TTGABC OPERON REPRESSOR 分子量: 23890.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (シュードモナス・プチダ) 株: DOT-T1E / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 化合物	ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL / クロラムフェニコール分子量: 323.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂Cl₂N₂O₅ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化	pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 20%(V/V)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9765
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 12226 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 37.9
反射シェル	最高解像度: 2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / % possible all: 37.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.7→45.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.869 / SU B: 33.425 / SU ML: 0.306 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.462 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.296	957	7.8 %	RANDOM
R_work	0.232	-	-	-
obs	0.237	11309	89.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 65.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.64 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.58 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→45.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3165	0	40	109	3314

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	3257
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.97	4416
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.519	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.236	23.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.479	15	546
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.094	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.18	0.2	518
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.28	0.2	1885
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	2278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.214	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.219	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.06	1.5	2090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.891	2	3239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.537	3	1294
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.152	4.5	1177
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.317	34	-
R_work	0.259	432	-
obs	-	-	46.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.463	2.9824	-0.3945	5.2072	-0.3104	0.9878	0.0022	-0.3731	-0.254	0.4163	-0.0727	0.1786	0.0928	0.0208	0.0705	-0.0913	-0.0126	0.0607	-0.1334	0.0757	-0.0775	-1.4595	10.4222	19.7671
2	0.9114	-0.2611	-0.6704	1.8459	0.3325	2.1623	0.1418	-0.0155	0.0394	-0.0476	-0.1569	0.1371	-0.3458	-0.0717	0.0151	-0.0302	0.0553	-0.0352	-0.1538	0.0019	-0.1593	1.7164	36.1731	12.1636
3	4.0901	-0.5899	-4.4463	3.882	-0.5321	5.7867	-0.5258	0.0926	-0.7053	-0.3442	-0.3806	0.0021	1.1496	0.2842	0.9064	-0.0019	0.1344	0.1925	-0.0374	0.0013	-0.0637	16.1035	10.0192	-10.6312
4	0.5874	0.624	-0.4395	1.7518	-0.3387	1.9048	0.0611	0.0689	-0.0835	-0.1222	-0.0669	-0.1372	-0.3127	0.1044	0.0058	-0.0428	-0.0245	-0.0001	-0.1425	0.0336	-0.1337	15.036	35.5851	-2.5443
5	47.5427	1.6777	-52.0281	0.0644	-1.625	65.4543	-1.329	-2.3757	1.5538	-0.6248	1.6533	-0.0564	4.8202	1.3137	-0.3242	-0.0091	-0.1752	-0.0416	0.0004	0.1607	0.0315	7.8361	35.8619	5.0408
6	0.2819	0.1316	-0.0875	0.1489	0.2499	0.9928	-0.0027	0.0393	0.0845	-0.016	-0.0301	-0.0166	-0.0526	-0.0609	0.0328	0.413	0.0264	-0.0484	0.5663	0.0476	0.5084	7.0844	29.1333	4.823

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	54 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	5 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1211
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1211
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	2001 - 2051
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2001 - 2058

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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