PDB-2uxi: Phloretin in complex with TtgR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uxi

タイトル

Phloretin in complex with TtgR

要素

HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

キーワード

TRANSCRIPTION / DNA-BINDING / TETR FAMILY

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能

生物種

PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Multidrug Binding Protein Ttgr in Complex with Antibiotics and Plant Antimicrobials.
著者: Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.

履歴

登録	2007年3月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uxi.cif.gz	95.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uxi.ent.gz	74.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uxi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uxi_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uxi_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2uxi_validation.xml.gz	21.6 KB	表示
CIF形式データ	2uxi_validation.cif.gz	29.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/2uxi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ux/2uxi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uxhC 2uxoC 2uxpC 2uxuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2xdn-2 2uxu-d 2uxh-d 2uxo-d 1jt6-1 3nnr-1 1jty-1 3bcg-d 3vib-2 3npi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.221, 230.614, 43.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR / TOLUENE EFFLUX PUMP TTGABC OPERON REPRESSOR / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR 分子量: 23890.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 株: DOT-T1E / プラスミド: PET28B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 化合物	ChemComp-G50 / 3-(4-HYDROXYPHENYL)-1-(2,4,6-TRIHYDROXYPHENYL)PROPAN-1-ONE / フロレチン分子量: 274.269 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₁₄O₅
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	pH: 6.5 詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 25% (V/V) PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.9756
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 15174 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 94.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 36.1
反射シェル	最高解像度: 2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / % possible all: 94.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→46.27 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.875 / SU B: 26.863 / SU ML: 0.268 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.267 / ESU R Free: 0.391 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.294	1156	7.6 %	RANDOM
R_work	0.245	-	-	-
obs	0.249	14018	86.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.98 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.86 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.94 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→46.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3206	0	60	149	3415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.021	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.634	1.979	4495
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.641	5	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.289	23.625	160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.235	15	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.32	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	508
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2533
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.295	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	2286
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.27	0.2	246
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.366	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.703	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.055	1.5	2102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.576	2	3247
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.215	3	1383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.491	4.5	1248
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.305	64	-
R_work	0.263	1039	-
obs	-	-	87.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6508	1.1143	-0.5054	3.6735	0.6196	0.2497	0.0793	-0.1183	-0.1912	0.2605	-0.1655	0.1295	-0.2066	0.0733	0.0861	-0.0407	0.0035	0.0078	-0.1799	0.0632	-0.1236	-1.7186	10.5862	20.4228
2	0.7921	0.2745	-0.1354	1.368	-0.0352	0.6154	0.0816	0.0005	0.0504	0.1329	-0.0677	0.1523	-0.063	-0.0814	-0.0139	-0.0903	0.0152	-0.0021	-0.1247	0.0213	-0.1474	2.0387	36.3608	12.0627
3	7.7234	-1.6045	-5.1688	1.9508	2.0648	6.2405	-0.2459	-0.1702	-0.2767	-0.3084	-0.0588	0.0172	0.7009	0.3153	0.3047	0.0862	0.0823	0.0999	-0.167	0.0047	-0.1199	17.0435	10.1568	-11.2305
4	0.5946	-0.0917	-0.4632	1.2057	-0.2376	0.9818	0.0768	0.0605	-0.048	-0.0609	-0.0413	-0.1543	-0.0408	0.0446	-0.0355	-0.0792	0.0085	-0.0167	-0.1331	0.045	-0.1656	15.5595	35.5405	-2.5868
5	0.0076	0.1023	0.1248	1.38	1.6826	2.0516	-0.0325	2.208	1.0802	0.3496	0.1668	0.5846	-0.2174	-0.9647	-0.1343	0.0044	0.0031	-0.0126	0.0019	-0.0069	0.0066	5.9416	34.2808	6.7211
6	0.2793	-0.0131	0.039	0.0595	0.115	0.244	-0.0162	0.0127	0.0086	-0.0719	-0.0099	0.0358	-0.067	-0.0172	0.0261	0.2332	-0.02	0.0305	0.4576	0.0092	0.4349	7.7663	32.7528	5.1413

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	6 - 53
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	54 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	5 - 53
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	54 - 210
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1211
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1211
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1212
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	2001 - 2078
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	2001 - 2071

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)