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- PDB-2uxh: TtgR in complex with Quercetin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uxh
タイトルTtgR in complex with Quercetin
要素HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
キーワードTRANSCRIPTION / DNA-BINDING / TETR FAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription repressor activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator MAATS, C-terminal / MAATS-type transcriptional repressor, C-terminal region / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / HTH-type transcriptional regulator TtgR
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structures of Multidrug Binding Protein Ttgr in Complex with Antibiotics and Plant Antimicrobials.
著者: Alguel, Y. / Meng, C. / Teran, W. / Krell, T. / Ramos, J.L. / Gallegos, M.-T. / Zhang, X.
履歴
登録2007年3月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
B: HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3854
ポリマ－47,7812
非ポリマー6042
水3,441191
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.650, 231.881, 44.330
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 HTH-TYPE TRANSCRIPTIONAL REGULATOR TTGR / TOLUENE EFFLUX PUMP TTGABC OPERON REPRESSOR / TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR


分子量: 23890.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS PUTIDA (バクテリア) / 細胞株 (発現宿主): B834 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: Q9AIU0
#2: 化合物 ChemComp-QUE / 3,5,7,3',4'-PENTAHYDROXYFLAVONE / QUERCETIN / クエルセチン


分子量: 302.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H10O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化pH: 6.5
詳細: 0.2 M MGCL2, 0.1 M BIS-TRIS PH 6.5, 25% (V/V) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9756
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9756 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16721 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 1.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→44.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 26.52 / SU ML: 0.273 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.902 / ESU R Free: 0.363 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.295 1273 7.6 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.242 15448 84.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.43 Å20 Å20 Å2
2---1.42 Å20 Å2
3----1.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3200 0 44 191 3435
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213296
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9744472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.55409
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.11223.165158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.94215559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2211536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1590.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.21834
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22258
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2230.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3220.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3590.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.63522105
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9271.53245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.64121358
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.8011.51227
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.399 68 -
Rwork0.301 924 -
obs--68.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.52262.3782-1.71397.3317-2.75785.1115-0.0471-0.6501-0.50460.3115-0.11540.61830.29270.01080.16250.0091-0.02610.0902-0.20330.0615-0.0613-1.381310.509619.7197
22.7160.4223-0.8364.4186-0.66292.89490.345-0.13310.32840.3637-0.30250.4326-0.4627-0.1581-0.0425-0.03180.02710.0262-0.1889-0.0329-0.17521.737736.409312.1132
37.7618-2.6908-4.99626.23811.97186.3661-0.12780.3603-0.9908-0.6403-0.4757-0.21660.9237-0.04420.60350.08470.15880.2086-0.1708-0.0552-0.091916.35429.9217-11.0734
42.77110.4342-0.77594.31780.39452.93590.17120.20750.1884-0.4255-0.2102-0.3434-0.43940.09880.039-0.01130.02650.0152-0.18790.1145-0.20715.185135.8377-2.6709
513.00254.940815.50517.80266.257718.51210.4207-0.44190.11240.5514-2.12360.05220.2442-1.17321.70290.0012-0.0004-0.0006-0.00120.0007-0.00088.257135.79414.8863
60.63090.1904-0.46540.4932-0.0350.89910.00430.06220.03680.0245-0.0489-0.0581-0.15460.01120.0446-0.147-0.0028-0.05780.28190.03690.19038.95931.88233.6476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1B6 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2B54 - 210
3X-RAY DIFFRACTION3A5 - 53
4X-RAY DIFFRACTION4A54 - 210
5X-RAY DIFFRACTION5A1211
6X-RAY DIFFRACTION5B1211
7X-RAY DIFFRACTION6A2001 - 2107
8X-RAY DIFFRACTION6B2001 - 2084

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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