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- PDB-2uwj: Structure of the heterotrimeric complex which regulates type III ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uwj
タイトルStructure of the heterotrimeric complex which regulates type III secretion needle formation
要素
  • TYPE III EXPORT PROTEIN PSCE
  • TYPE III EXPORT PROTEIN PSCF
  • TYPE III EXPORT PROTEIN PSCG
キーワードCHAPERONE / VIRULENCE / CHAPERONES / COILED COIL / NEEDLE FORMATION / TYPE III SECRETION / BACTERIAL PATHOGENICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


type III protein secretion system complex / protein secretion by the type III secretion system / : / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Type III secretion system YscG / Bacterial type II secretion system chaperone protein (type_III_yscG) / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat domain ...Type III secretion system YscG / Bacterial type II secretion system chaperone protein (type_III_yscG) / Type III secretion system, secretion protein E / Type III secretion system, cytoplasmic E component of needle / Type III secretion, needle-protein-like / Type III secretion, needle-protein-like superfamily / Type III secretion needle MxiH, YscF, SsaG, EprI, PscF, EscF / Type III secretion system, needle protein / Immunoglobulin FC, subunit C / Tetratricopeptide repeat domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Type III needle protein PscF / Type III export protein PscG / Type III export protein PscE
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Quinaud, M. / Ple, S. / Job, V. / Contreras-Martel, C. / Simorre, J.P. / Attree, I. / Dessen, A.
引用
ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2007
タイトル: Structure of the heterotrimeric complex that regulates type III secretion needle formation.
著者: Quinaud, M. / Ple, S. / Job, V. / Contreras-Martel, C. / Simorre, J.P. / Attree, I. / Dessen, A.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The Psce-Pscf-Pscg Complex Controls Type III Secretion Needle Biogenesis in Pseudomonas Aeruginosa
著者: Quinaud, M. / Chabert, J. / Faudry, E. / Neumann, E. / Lemaire, D. / Pastor, A. / Elsen, S. / Dessen, A. / Attree, I.
履歴
登録2007年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCE
F: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCF
G: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0636
ポリマ－23,8873
非ポリマー1763
水3,099172
1
E: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCE
F: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCF
G: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCG
ヘテロ分子

E: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCE
F: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCF
G: TYPE III EXPORT PROTEIN PSCG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,12712
ポリマ－47,7756
非ポリマー3526
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)85.305, 85.305, 157.553
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 TYPE III EXPORT PROTEIN PSCE / PSCE / PSEUDOMONAS SECRETION PROTEIN E


分子量: 7631.673 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1-67 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: CHA / プラスミド: PET-15B (NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I317
#2: タンパク質・ペプチド TYPE III EXPORT PROTEIN PSCF / PSCF / PSEUDOMONAS SECRETION PROTEIN F


分子量: 3791.535 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 54-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: CHA / プラスミド: PET-15B (NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P95434
#3: タンパク質 TYPE III EXPORT PROTEIN PSCG / PSCG / PSEUDOMONAS SECRETION PROTEIN G


分子量: 12464.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: CHA / プラスミド: PET-15B (NOVAGEN) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P95435
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細N-TERMINAL GSH TAG REMAINING RESIDUES THE DNA SEQUENCE CORRESPONDING TO THE FIRST 54 RESIDUES OF ...N-TERMINAL GSH TAG REMAINING RESIDUES THE DNA SEQUENCE CORRESPONDING TO THE FIRST 54 RESIDUES OF PSCF WAS REMOVED FROM THE PSCEFG SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.57 % / 解説: HEAVY ATOM SEARCH USING SHELXD
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 0.1M TRIS HCL PH 7.4, 0.8M LISO4, 10MM NICL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 27335 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 70.1 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→28.99 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2034355.35 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: PSCG FOLDS AS A TPR LIKE DOMAIN
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1146 4.9 %RANDOM
Rwork0.208 ---
obs0.208 23525 99.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 55.0325 Å2 / ksol: 0.383092 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.97 Å24.41 Å20 Å2
2--4.97 Å20 Å2
3----9.94 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.28 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1647 0 3 172 1822
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.023
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.13
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.281.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.132
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.342
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.292.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 208 5.4 %
Rwork0.238 3625 -
obs--99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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