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- PDB-2uw2: Crystal structure of human ribonucleotide reductase subunit R2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uw2
タイトルCrystal structure of human ribonucleotide reductase subunit R2
要素RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 SUBUNIT
キーワードOXIDOREDUCTASE / SMALL SUBUNIT RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / R2 / IRON / DIIRON / RADICAL / R2 SUBUNIT / METAL-BINDING / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE / DNA REPLICATION / PHOSPHORYLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 ...ribonucleoside diphosphate metabolic process / 2'-deoxyribonucleotide biosynthetic process / ribonucleoside-diphosphate reductase complex / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / deoxyribonucleotide biosynthetic process / protein heterotetramerization / G1/S-Specific Transcription / Transcriptional Regulation by E2F6 / blastocyst development / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / ferric iron binding / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase small subunit, acitve site / Ribonucleotide reductase small subunit signature. / Ribonucleotide reductase small subunit / Ribonucleotide reductase small subunit family / Ribonucleotide reductase, small chain / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit M2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Welin, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. ...Welin, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg Schiavone, L. / Hogbom, M. / Kotenyova, T. / Magnusdottir, A. / Moche, M. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Stenmark, P. / Uppenberg, J. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human Ribonucleotide Reductase Subunit R2
著者: Welin, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg ...著者: Welin, M. / Ogg, D. / Arrowsmith, C. / Berglund, H. / Busam, R. / Collins, R. / Edwards, A. / Ehn, M. / Flodin, S. / Flores, A. / Graslund, S. / Hammarstrom, M. / Hallberg, B.M. / Holmberg Schiavone, L. / Hogbom, M. / Kotenyova, T. / Magnusdottir, A. / Moche, M. / Nilsson-Ehle, P. / Nyman, T. / Persson, C. / Sagemark, J. / Sundstrom, M. / Stenmark, P. / Uppenberg, J. / Thorsell, A.G. / Van Den Berg, S. / Wallden, K. / Weigelt, J. / Nordlund, P.
履歴
登録2007年3月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2007年4月3日ID: 2IYH
改定 1.02007年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7492
ポリマ－38,6931
非ポリマー561
水1086
1
A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 SUBUNIT
ヘテロ分子

A: RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4984
ポリマ－77,3872
非ポリマー1122
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)76.120, 110.700, 94.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEOSIDE-DIPHOSPHATE REDUCTASE M2 SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL CHAIN / RIBONUCLEOTIDE ...RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL SUBUNIT / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SMALL CHAIN / RIBONUCLEOTIDE REDUCTASE SUBUNIT R2


分子量: 38693.270 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 60-389 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P31350, ribonucleoside-diphosphate reductase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PRESENT SEQUENCE CARRIES A PRO AT POSITION 251. THIS DIFFERS FROM THE UNIPROT SEQUENCE, WHICH ...THE PRESENT SEQUENCE CARRIES A PRO AT POSITION 251. THIS DIFFERS FROM THE UNIPROT SEQUENCE, WHICH CARRIES A LEU AT POSITION 251.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.28 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: 0.1M BISTRIS PH 5.5, 0.12M AMAC, 11% PEG 10K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月21日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20 Å / Num. obs: 10697 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.05
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→19.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.921 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.865 / SU B: 16.326 / SU ML: 0.321 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 480 5 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.233 9081 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→19.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2269 0 1 6 2276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222328
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3481.9473137
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.13533935
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8765272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.66623.898118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.93115415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0161514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2331
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02509
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2575
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.21695
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1870.21135
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0920.21149
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.250
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1710.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.241
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.15221781
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36332214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.48141144
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1535923
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.394 36
Rwork0.273 678

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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