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- PDB-2uvp: Crystal structure of HobA (HP1230)from Helicobacter pylori -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uvp
タイトルCrystal structure of HobA (HP1230)from Helicobacter pylori
要素(HOBA) x 2
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HYPOTHETICAL PROTEIN / DNAA / SIS FOLD / DNA REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
DNA replication regulator HobA / DNA replication regulator, HobA / DNA replication regulator HobA superfamily / DNA replication regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DNA replication regulator protein HobA
類似検索 - 構成要素
生物種HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Terradot, L. / Natrajan, G. / Thompson, A.C. / Hall, D.R.
引用ジャーナル: Mol. Microbiol. / 年: 2007
タイトル: Structural similarity between the DnaA-binding proteins HobA (HP1230) from Helicobacter pylori and DiaA from Escherichia coli.
著者: Natrajan, G. / Hall, D.R. / Thompson, A.C. / Gutsche, I. / Terradot, L.
履歴
登録2007年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22018年6月13日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / diffrn ...citation / diffrn / diffrn_detector / diffrn_radiation / entity_src_gen
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_last ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _diffrn.ambient_temp / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HOBA
B: HOBA
C: HOBA
D: HOBA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,07914
ポリマ－86,5174
非ポリマー56210
水15,349852
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13710 Å2
ΔGint-133.8 kcal/mol
Surface area39030 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.232, 112.232, 61.929
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 90 - 97 / Label seq-ID: 96 - 103

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 HOBA


分子量: 21639.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FOUR CALCIUM ATOMS IN THE STRUCTURE / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
解説: BACTERIA THAT IS FOUND IN THE GUT. AFFECTS AROUND A THIRD OF THE WORLD'S POPULATION AND IS A LEADING CAUSE OF ULCERS AND GASTRITIS
プラスミド: PPHP1230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: O25828
#2: タンパク質 HOBA


分子量: 21625.857 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: FOUR CALCIUM ATOMS IN THE STRUCTURE / 由来: (組換発現) HELICOBACTER PYLORI (ピロリ菌)
解説: BACTERIA THAT IS FOUND IN THE GUT. AFFECTS AROUND A THIRD OF THE WORLD'S POPULATION AND IS A LEADING CAUSE OF ULCERS AND GASTRITIS
プラスミド: PPHP1230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pLysS / 参照: UniProt: O25828

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非ポリマー , 4種, 862分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 852 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % / 解説: NATIVE DATA SET
結晶化pH: 5.5
詳細: 100 MM MES PH 5.6, 300 MM CA ACETATE, 14-20% PEG 3350.

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11731
21731
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-310.934
シンクロトロンESRF ID23-121.77
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARRESEARCH1CCD2005年12月1日MIRRORS
MARRESEARCH2CCD2005年12月1日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GE 220 DIAMOND 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GE 220 DIAMOND 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9341
21.771
反射解像度: 1.7→41.59 Å / Num. obs: 95964 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 19.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0011精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.7→97.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 1.966 / SU ML: 0.066 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.102 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 4808 5 %RANDOM
Rwork0.18 ---
obs0.182 91127 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→97.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5959 0 29 852 6840
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0226223
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4591.9648426
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1725738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.04524.983293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.914151132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1460.2927
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024643
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2250.23373
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.24312
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.283
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0151.53783
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6725926
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.26832831
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.524.52500
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 47 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.990.5
2Bmedium positional0.780.01
3Cmedium positional1.320
4Dmedium positional0.890
1Amedium thermal1.232
2Bmedium thermal1.030.04
3Cmedium thermal1.340
4Dmedium thermal1.170
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.32 341
Rwork0.26 6736

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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