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- PDB-2uuh: Crystal structure of Human Leukotriene C4 Synthase in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uuh
タイトルCrystal structure of Human Leukotriene C4 Synthase in complex with substrate glutathione
要素LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE
キーワードLYASE / MEMBRANE PROTEIN / LEUKOTRIENE SIGNALLING / MAPEG / HUMAN / LTC4S / ENZYME / TRIMER / MEMBRANE / LEUKOTRIENE BIOSYNTHESIS / EICOSANOID / GLUTATHIONE / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process ...Biosynthesis of protectin and resolvin conjugates in tissue regeneration (PCTR and RCTR) / Biosynthesis of maresin conjugates in tissue regeneration (MCTR) / leukotriene-C4 synthase / leukotriene-C4 synthase activity / Biosynthesis of Lipoxins (LX) / Synthesis of 5-eicosatetraenoic acids / leukotriene metabolic process / 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; - / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / leukotriene biosynthetic process / glutathione peroxidase activity / nuclear outer membrane / long-chain fatty acid biosynthetic process / glutathione transferase activity / enzyme activator activity / nuclear envelope / nuclear membrane / intracellular membrane-bounded organelle / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
5-lipoxygenase-activating protein / FLAP/GST2/LTC4S, conserved site / : / FLAP/GST2/LTC4S family signature. / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain / Membrane-associated, eicosanoid/glutathione metabolism (MAPEG) protein / Membrane associated eicosanoid/glutathione metabolism-like domain superfamily / MAPEG family / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / NICKEL (II) ION / PALMITOLEIC ACID / PALMITIC ACID / Leukotriene C4 synthase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Martinez Molina, D. / Wetterholm, A. / Kohl, A. / McCarthy, A.A. / Niegowski, D. / Ohlson, E. / Hammarberg, T. / Eshaghi, S. / Haeggstrom, J.Z. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2007
タイトル: Structural Basis for Synthesis of Inflammatory Mediators by Human Leukotriene C4 Synthase.
著者: Martinez Molina, D. / Wetterholm, A. / Kohl, A. / Mccarthy, A.A. / Niegowski, D. / Ohlson, E. / Hammarberg, T. / Eshaghi, S. / Haeggstrom, J.Z. / Nordlund, P.
履歴
登録2007年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22011年12月7日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Non-polymer description / Other
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,97912
ポリマ－17,4121
非ポリマー2,56811
水2,198122
1
A: LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE
ヘテロ分子

A: LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE
ヘテロ分子

A: LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,93836
ポリマ－52,2353
非ポリマー7,70433
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area12240 Å2
ΔGint-99.7 kcal/mol
Surface area25240 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)169.940, 169.940, 169.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1147-

NI

21A-1148-

NI

31A-2021-

HOH

41A-2022-

HOH

51A-2042-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 LEUKOTRIENE C4 SYNTHASE / LEUKOTRIENE-C(4) SYNTHASE / LTC4 SYNTHASE


分子量: 17411.545 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-150 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PPICZ / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): KM71H / 参照: UniProt: Q16873, leukotriene-C4 synthase
#3: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 6種, 132分子

#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 化合物 ChemComp-PAM / PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸


分子量: 254.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H30O2
#6: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8733
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8733 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→51.23 Å / Num. obs: 47317 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル最高解像度: 2.15 Å / 冗長度: 5 % / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→49.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.431 / SU ML: 0.099 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 1129 5.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.185 20920 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1186 0 123 122 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0211346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4852.0331811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3755153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.19419.80852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50515182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2791513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2160.2205
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02963
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2380.2583
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.2892
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3830.275
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.2102
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.311.5777
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93521199
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3543637
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7934.5610
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 93 -
Rwork0.245 1544 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
143.75422.5082-4.829714.5336-2.56358.42650.41250.03420.04640.5494-0.378-0.38590.47180.7522-0.03450.0263-0.0504-0.17430.01320.0166-0.002638.76130.794337.1686
21.63691.49431.45862.62481.89193.76510.0517-0.006-0.25080.1396-0.0663-0.05010.5843-0.15390.01460.0778-0.03040.01120.021-0.02230.07818.69174.788121.1784
31.32931.1540.82622.48561.28991.28190.047-0.1247-0.03430.1694-0.03260.09120.1021-0.1147-0.01430.0402-0.0427-0.00760.0368-0.00640.037413.655314.203529.6632
40.72753.78020.623219.73392.92311.6059-0.1412-0.03550.23190.0911-0.01961.1691-0.2654-0.150.16080.09480.0341-0.03160.1006-0.06390.123211.767239.243935.7931
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-4 - 4
2X-RAY DIFFRACTION2A5 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3A48 - 108
4X-RAY DIFFRACTION4A109 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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