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- PDB-2uug: ESCHERICHIA COLI URACIL-DNA GLYCOSYLASE:INHIBITOR COMPLEX WITH H1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uug
タイトルESCHERICHIA COLI URACIL-DNA GLYCOSYLASE:INHIBITOR COMPLEX WITH H187D MUTANT UDG AND WILD-TYPE UGI
要素
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE
  • URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
キーワードREPLICATION / HYDROLASE / DNA BASE EXCISION REPAIR / PROTEIN MIMICRY OF DNA / PROTEIN INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


base-excision repair, AP site formation via deaminated base removal / uracil-DNA glycosylase / uracil DNA N-glycosylase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E ...Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase family 1 / Uracil DNA glycosylase superfamily / UreE urease accessory protein, C-terminal domain / Uracil-DNA glycosylase, active site / Uracil-DNA glycosylase signature. / Uracil-DNA Glycosylase, subunit E / Uracil-DNA glycosylase-like domain / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uracil-DNA glycosylase / Uracil-DNA glycosylase inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K12 (大腸菌)
Bacillus phage PBS2 (ファージ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Putnam, C.D. / Arvai, A.S. / Mol, C.D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein mimicry of DNA from crystal structures of the uracil-DNA glycosylase inhibitor protein and its complex with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase
著者: Putnam, C.D. / Shroyer, M.J. / Lundquist, A.J. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Mosbaugh, D.W. / Tainer, J.A.
履歴
登録1998年10月31日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3704
ポリマ－70,3704
非ポリマー00
水1,11762
1
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
C: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1852
ポリマ－35,1852
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13330 Å2
手法PISA, PQS
2
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE
D: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1852
ポリマ－35,1852
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2200 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.047, 86.515, 113.385
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.9879, 0.08982, -0.12646), (-0.0922, 0.3156, 0.9444), (0.12473, 0.94463, -0.3035)49.63694, 7.20969, 21.47318
2given(-0.9879, 0.08982, -0.12646), (-0.0922, 0.3156, 0.9444), (0.12473, 0.94463, -0.3035)49.63694, 7.20969, 21.47318

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要素

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE / E.C.3.2.2.3 / UDG


分子量: 25702.123 Da / 分子数: 2 / 変異: H187D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 生物種: Escherichia coli / 株: K-12 / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 遺伝子: UNG / プラスミド: PSB1051 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P12295, uridine nucleosidase
#2: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR / UGI


分子量: 9482.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBS2 (ファージ) / 遺伝子: UGI / プラスミド: PZWTAC1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P14739
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ENGINEERED MUTATION HIS187ASP

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 %
結晶化pH: 8.2 / 詳細: pH 8.2
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NACL11
3IMIDAZOLE11
4MALATE11
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
145 %(w/v)PEG40001reservoir
22.5 %(w/v)sat1reservoirNaCl
3200 mMimidazole-malate1reservoir
41

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→40 Å / Num. obs: 17739 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rsym value: 0.121 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Rsym value: 0.457 / % possible all: 99.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 82224 / Rmerge(I) obs: 0.121
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.9 % / Num. unique obs: 1736 / Rmerge(I) obs: 0.457

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WILD TYPE E. COLI UDG:UGI COMPLEX

解像度: 2.6→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: PHE A 77 AND PHE B 77 ARE CONSERVED RAMACHANDRAN OUTLIERS IN HUMAN, HSV AND E.COLI UDG
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 1735 10 %RANDOM
Rwork0.178 ---
all-17647 --
obs-17647 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.266 Å20 Å20 Å2
2--0.912 Å20 Å2
3----1.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4831 0 0 62 4893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.64
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.41
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 163 10 %
Rwork0.286 1736 -
obs--86.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / 最低解像度: 20 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 36.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.9
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.21
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.52
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.64
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.41
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.6 Å / Rfactor Rfree: 0.323 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rwork: 0.286

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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