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- PDB-2ugi: PROTEIN MIMICRY OF DNA FROM CRYSTAL STRUCTURES OF THE URACIL GLYC... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ugi
タイトルPROTEIN MIMICRY OF DNA FROM CRYSTAL STRUCTURES OF THE URACIL GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN AND ITS COMPLEX WITH ESCHERICHIA COLI URACIL-DNA GLYCOSYLASE
要素URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / PROTEIN MIMICRY OF DNA / PROTEIN INHIBITOR
機能・相同性Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Uracil-DNA glycosylase inhibitor / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / IMIDAZOLE / Uracil-DNA glycosylase inhibitor
機能・相同性情報
生物種Bacillus phage PBS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Putnam, C.D. / Arvai, A.S. / Mol, C.D. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Protein mimicry of DNA from crystal structures of the uracil-DNA glycosylase inhibitor protein and its complex with Escherichia coli uracil-DNA glycosylase
著者: Putnam, C.D. / Shroyer, M.J. / Lundquist, A.J. / Mol, C.D. / Arvai, A.S. / Mosbaugh, D.W. / Tainer, J.A.
履歴
登録1998年11月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0343
ポリマ－18,9652
非ポリマー691
水1,27971
1
A: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5522
ポリマ－9,4831
非ポリマー691
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4831
ポリマ－9,4831
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.092, 59.387, 73.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.35163, 0.01929, 0.93594), (-0.00942, -0.99981, 0.01707), (0.93609, -0.00282, 0.35175)
ベクター: 14.17055, 37.25146, -9.82261)

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要素

#1: タンパク質 URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR / UGI


分子量: 9482.674 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus phage PBS2 (ファージ) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PZWTAC1 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): TAC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM105 / 参照: UniProt: P14739
#2: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.2
詳細: (NH4)2SO4, IMIDAZOLE, MALATE, (NH4)2SO4, pH 8.2, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2IMIDAZOLE11
3MALATE11
4(NH4)2SO412
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
184 %satammonium sulfate1reservoir
2200 mMimidazole/malate1reservoir
31
41

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.918
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 9507 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.2 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Rsym value: 0.251 / % possible all: 91.8
反射
*PLUS
Num. obs: 9493 / % possible obs: 95.3 % / Num. measured all: 34065 / Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.9 % / Num. unique obs: 883 / Rmerge(I) obs: 0.234 / Mean I/σ(I) obs: 8.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: UGI FROM THE HUMAN UDG:UGI CRYSTAL STRUCTURE

解像度: 2.2→20 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 958 10 %RANDOM
Rwork0.227 ---
all-9435 --
obs-9435 96.1 %-
原子変位パラメータBiso mean: 47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.34 Å20 Å20 Å2
2--5.643 Å20 Å2
3---2.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1308 0 5 71 1384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.556
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2.724
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2.417
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it3.888
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 95 8 %
Rwork0.362 1081 -
obs--97.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.227
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.362

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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