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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2try | ||||||
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タイトル | TERTIARY STRUCTURES OF THREE AMYLOIDOGENIC TRANSTHYRETIN VARIANTS AND IMPLICATIONS FOR AMYLOID FIBRIL FORMATION | ||||||
![]() | TRANSTHYRETIN | ||||||
![]() | TRANSPORT / ALBUMIN / RETINOL-BINDING / VITAMIN A / AMYLOID / THYROID HORMONE / LIVER / PLASMA / CEREBROSPINAL FLUID / POLYNEUROPATHY / DISEASE MUTATION / THYROXINE / PREALBUMIN | ||||||
機能・相同性 | ![]() Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...Retinoid cycle disease events / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / thyroid hormone binding / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schormann, N. / Murrell, J.R. / Benson, M.D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tertiary structures of amyloidogenic and non-amyloidogenic transthyretin variants: new model for amyloid fibril formation. 著者: Schormann, N. / Murrell, J.R. / Benson, M.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 59.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 44.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.99044, 0.13681, -0.01781), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13853.457 Da / 分子数: 2 / 変異: VARIANT S77Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.5 % |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: PURIFIED PROTEIN (25MG/ML IN 100MM TRIS BUFFER, PH 7.5) WAS CRYSTALLIZED FROM 1.5M AMMONIUM SULFATE, 100MM CITRATE BUFFER, PH 5.5, AT ROOM TEMPERATURE., pH 6.5 PH範囲: 5.5-7.5 / Temp details: room temp |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月1日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→64.9 Å / Num. obs: 17581 / % possible obs: 74.9 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.2 % / Biso Wilson estimate: 11.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→2 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 56 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1TTA 解像度: 2→5 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 515.8 / Data cutoff low absF: 7 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUES IN REGIONS WITH LOW ELECTRON DENSITY (RESIDUES 1 - 9 AT N-TERMINUS AND RESIDUES 124 - 127 AT C-TERMINUS) WERE REFINED WITH OCCUPANCIES SET TO 0.5.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 19.8 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.048 / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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