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- PDB-2tbv: STRUCTURE OF TOMATO BUSHY STUNT VIRUS. V. COAT PROTEIN SEQUENCE D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2tbv
タイトルSTRUCTURE OF TOMATO BUSHY STUNT VIRUS. V. COAT PROTEIN SEQUENCE DETERMINATION AND ITS STRUCTURAL IMPLICATIONS
要素TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
キーワードVIRUS / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


T=3 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / Coat protein, P (projecting) domain / Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / Jelly Rolls - #20 / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Structure of tomato bushy stunt virus. V. Coat protein sequence determination and its structural implications
著者: Hopper, P. / Harrison, S.C. / Sauer, R.T.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Tomato Bushy Stunt Virus. Iv. The Virus Particle at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Olson, A.J. / Bricogne, G. / Harrison, S.C.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Divalent Cation Sites in Tomato Bushy Stunt Virus. Difference Maps at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Hogle, J. / Kirchhausen, T. / Harrison, S.C.
#3: ジャーナル: Biophys.J. / 年: 1980
タイトル: Protein Interfaces and Intersubunit Bonding. The Case of Tomato Bushy Stunt Virus
著者: Harrison, S.C.
#4: ジャーナル: Nature / 年: 1978
タイトル: Tomato Bushy Stunt Virus at 2.9 Angstroms Resolution
著者: Harrison, S.C. / Olson, A.J. / Schutt, C.E. / Winkler, F.K. / Bricogne, G.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Tomato Bushy Stunt Virus at 5.5-Angstroms Resolution
著者: Winkler, F.K. / Schutt, C.E. / Harrison, S.C. / Bricogne, G.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1969
タイトル: Structure of Tomato Bushy Stunt Virus. I. The Spherically Averaged Electron Density
著者: Harrison, S.C.
履歴
登録1984年6月22日処理サイト: BNL
改定 1.01984年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
B: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
C: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9699
ポリマ－121,7283
非ポリマー2406
水00
1
A: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
B: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
C: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,318,110540
ポリマ－7,303,682180
非ポリマー14,428360
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
B: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
C: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 610 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)609,84345
ポリマ－608,64015
非ポリマー1,20230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
B: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
C: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 732 kDa, 18 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)731,81154
ポリマ－730,36818
非ポリマー1,44336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
A: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
B: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
C: TOMATO BUSHY STUNT VIRUS
ヘテロ分子
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 610 kDa, 15 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)609,84345
ポリマ－608,64015
非ポリマー1,20230
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)383.200, 383.200, 383.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Atom site foot note1: THE CHEMICAL SEQUENCE IN RESIDUES 246 TO 258, 269 TO 275 AND 365 TO 379 COULD NOT BE DETERMINED WELL. RESIDUES AT THESE POSITIONS IN THE COORDINATE LIST WERE BUILT TO FIT THE OBSERVED ELECTRON ...1: THE CHEMICAL SEQUENCE IN RESIDUES 246 TO 258, 269 TO 275 AND 365 TO 379 COULD NOT BE DETERMINED WELL. RESIDUES AT THESE POSITIONS IN THE COORDINATE LIST WERE BUILT TO FIT THE OBSERVED ELECTRON DENSITY. THESE COORDINATES SHOULD BE REGARDED ONLY AS AN APPROXIMATION TO THE CORRECT MODEL IN THIS REGION (SEE REFERENCE 1 ABOVE).
2: RESIDUE 102 IS SER IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT SHOWS NO SIDE CHAIN DENSITY IN THE MAP. THIS RESIDUE WAS BUILT AS GLY IN THIS MODEL. SIMILARLY, RESIDUE 107 IS GLY IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT ...2: RESIDUE 102 IS SER IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT SHOWS NO SIDE CHAIN DENSITY IN THE MAP. THIS RESIDUE WAS BUILT AS GLY IN THIS MODEL. SIMILARLY, RESIDUE 107 IS GLY IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT APPEARS TO HAVE A SIDE CHAIN IN THE ELECTRON DENSITY. THIS RESIDUE WAS BUILT AS SER. THE DISCREPANCY BETWEEN THE CHEMICAL AND THE CRYSTALLOGRAPHIC DATA IS PRESENTLY UNRESOLVED.
3: THE S (SHELL) AND P (PROJECTION) DOMAINS OF EACH SUBUNIT WERE BUILT SEPARATELY. TO FACILITATE THE MERGING OF THE DOMAINS INTO A SINGLE CONTIGUOUS CHAIN, AN OVERLAP REGION WAS BUILT. THE ATOMS IN ...3: THE S (SHELL) AND P (PROJECTION) DOMAINS OF EACH SUBUNIT WERE BUILT SEPARATELY. TO FACILITATE THE MERGING OF THE DOMAINS INTO A SINGLE CONTIGUOUS CHAIN, AN OVERLAP REGION WAS BUILT. THE ATOMS IN THIS OVERLAP REGION ARE PRESENTED IN THIS ENTRY AS ALTERNATE LOCATIONS *S* AND *P* IN RESIDUES 273, 274 AND 275.
4: CAREFUL MODEL BUILDING AGAINST THE ELECTRON DENSITY INDICATES THAT PRO 290 AND PRO 359 ARE CIS-PROLINES. HOWEVER, THE USUAL CAVEATS APPLIED TO A 2.9 ANGSTROMS STUDY SHOULD BE OBSERVED.
5: SEE REMARK 3. / 6: SEE REMARK 3 AND FTNOTE 1.
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質 TOMATO BUSHY STUNT VIRUS


分子量: 40576.012 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato bushy stunt virus (ウイルス)
属: Tombusvirus / 参照: UniProt: P11795
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
構成要素の詳細THE S (SHELL) AND P (PROJECTION) DOMAINS OF EACH SUBUNIT WERE BUILT SEPARATELY. TO FACILITATE THE ...THE S (SHELL) AND P (PROJECTION) DOMAINS OF EACH SUBUNIT WERE BUILT SEPARATELY. TO FACILITATE THE MERGING OF THE DOMAINS INTO A SINGLE CONTIGUOUS CHAIN, AN OVERLAP REGION WAS BUILT. THE ATOMS IN THIS OVERLAP REGION ARE PRESENTED IN THIS ENTRY AS ALTERNATE LOCATIONS *S* AND *P* IN RESIDUES 273, 274 AND 275.
配列の詳細RESIDUE 102 IS SER IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT SHOWS NO SIDE CHAIN DENSITY IN THE MAP. THIS ...RESIDUE 102 IS SER IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT SHOWS NO SIDE CHAIN DENSITY IN THE MAP. THIS RESIDUE WAS BUILT AS GLY IN THIS MODEL. SIMILARLY, RESIDUE 107 IS GLY IN THE CHEMICAL SEQUENCE, BUT APPEARS TO HAVE A SIDE CHAIN IN THE ELECTRON DENSITY. THIS RESIDUE WAS BUILT AS SER. THE DISCREPANCY BETWEEN THE CHEMICAL AND THE CRYSTALLOGRAPHIC DATA IS PRESENTLY UNRESOLVED. THE CHEMICAL SEQUENCE IN RESIDUES 246 TO 258, 269 TO 275 AND 365 TO 379 COULD NOT BE DETERMINED WELL. RESIDUES AT THESE POSITIONS IN THE COORDINATE LIST WERE BUILT TO FIT THE OBSERVED ELECTRON DENSITY. THESE COORDINATES SHOULD BE REGARDED ONLY AS AN APPROXIMATION TO THE CORRECT MODEL IN THIS REGION (SEE REFERENCE 1 ABOVE)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other
詳細: Harrison, S.C., (1980) Biophys, J., 32, 139., Harrison, S.C., (1978) Nature, 276, 386., Olson, A.J., (1983) J. Mol. Biol., 171, 61.

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解析

精密化最高解像度: 2.9 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6642 0 6 0 6648

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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