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- PDB-2taa: STRUCTURE AND POSSIBLE CATALYTIC RESIDUES OF TAKA-AMYLASE A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2taa
タイトルSTRUCTURE AND POSSIBLE CATALYTIC RESIDUES OF TAKA-AMYLASE A
要素TAKA-AMYLASE A
キーワードHYDROLASE (O-GLYCOSYL)
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall-bounded periplasmic space / hyphal septin band / spitzenkorper / fungal-type cell wall / alpha-amylase / cell septum / alpha-amylase activity / carbohydrate catabolic process / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases ...Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase, domain C / Alpha-amylase-like / Alpha amylase / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amylase A type-1/2 / Alpha-amylase A type-3
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus oryzae (米麹菌)
手法X線回折 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kusunoki, M. / Matsuura, Y. / Tanaka, N. / Kakudo, M.
引用
ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1984
タイトル: Structure and possible catalytic residues of Taka-amylase A
著者: Matsuura, Y. / Kusunoki, M. / Harada, W. / Kakudo, M.
#1: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1980
タイトル: Molecular Structure of Taka-Amylase A. I. Backbone Chain Folding at 3 Angstroms Resolution
著者: Matsuura, Y. / Kusunoki, M. / Harada, W. / Tanaka, N. / Iga, Y. / Yasuoka, N. / Toda, H. / Narita, K. / Kakudo, M.
#2: ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 1979
タイトル: Low Resolution Crystal Structures of Taka-Amylase a and its Complexes with Inhibitors
著者: Matsuura, Y. / Kusunoki, M. / Date, W. / Harada, S. / Bando, S. / Tanaka, N. / Kakudo, M.
履歴
登録1982年10月18日処理サイト: BNL
置き換え1982年10月21日ID: 1TAA
改定 1.01982年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700SHEET THE NINE-STRANDED SHEET BS1 DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS ...SHEET THE NINE-STRANDED SHEET BS1 DESCRIBED BELOW IS ACTUALLY AN EIGHT-STRANDED BETA BARREL. THIS IS DENOTED BY THE FIRST STRAND RECURRING AS THE LAST STRAND.
Remark 285THE ENTRY COORDINATES ARE NOT PRESENTED IN THE STANDARD CRYSTAL FRAME.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAKA-AMYLASE A
B: TAKA-AMYLASE A
C: TAKA-AMYLASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,4316
ポリマ－157,3103
非ポリマー1203
水00
1
A: TAKA-AMYLASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4772
ポリマ－52,4371
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: TAKA-AMYLASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4772
ポリマ－52,4371
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: TAKA-AMYLASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4772
ポリマ－52,4371
非ポリマー401
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.900, 133.300, 94.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.70, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: RESIDUES 475 THROUGH 478 ARE POORLY DEFINED IN THE ELECTRON DENSITY MAP.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.537662, 0.842761, 0.003491), (-0.843195, -0.537874, -0.015704), (-0.011223, -0.011613, 0.999697)-13.11357, 15.05393, 37.58095
2given(0.494189, 0.868623, 0.024926), (0.869382, -0.494682, 0.002191), (0.014088, 0.020356, -0.999516)-18.69613, 40.90763, 4.56432
詳細THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT FOR THIS ENTRY CONTAINS THREE AMYLASE MOLECULES. THEY CAN BE GENERATED FROM CHAIN A OF THIS ENTRY BY APPLYING THE NON-CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD SCREW AXIS GIVEN BY THE MTRIX RECORDS BELOW.

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要素

#1: タンパク質 TAKA-AMYLASE A


分子量: 52436.832 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus oryzae (米麹菌)
参照: UniProt: P10529, UniProt: P0C1B3*PLUS, alpha-amylase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.65 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

精密化最高解像度: 3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11070 0 3 0 11073
精密化
*PLUS
最高解像度: 3 Å
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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