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- PDB-2sxl: SEX-LETHAL RBD1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sxl
タイトルSEX-LETHAL RBD1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE
要素SEX-LETHAL PROTEIN
キーワードRNA-BINDING DOMAIN / ALTERNATIVE SPLICING / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division ...sex determination, primary response to X:A ratio / germarium-derived cystoblast division / epithelium regeneration / female sex determination / somatic sex determination / female germ-line sex determination / oocyte differentiation / imaginal disc growth / negative regulation of RNA export from nucleus / regulation of stem cell division / sex determination / poly-pyrimidine tract binding / sex-chromosome dosage compensation / sex differentiation / alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / poly(A) binding / pre-mRNA binding / positive regulation of smoothened signaling pathway / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / reciprocal meiotic recombination / poly(U) RNA binding / oogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of translational initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / positive regulation of RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA 5'-UTR binding / protein stabilization / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / protein-containing complex / RNA binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Sex-lethal splicing factor / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...Sex-lethal splicing factor / Paraneoplastic encephalomyelitis antigen / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein sex-lethal
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING METHOD
データ登録者Inoue, M. / Muto, Y. / Sakamoto, H. / Kigawa, T. / Takio, K. / Shimura, Y. / Yokoyama, S. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1997
タイトル: A characteristic arrangement of aromatic amino acid residues in the solution structure of the amino-terminal RNA-binding domain of Drosophila sex-lethal.
著者: Inoue, M. / Muto, Y. / Sakamoto, H. / Kigawa, T. / Takio, K. / Shimura, Y. / Yokoyama, S.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Crystal Structure at 1.92 A Resolution of the RNA-Binding Domain of the U1A Spliceosomal Protein Complexed with an RNA Hairpin
著者: Oubridge, C. / Ito, N. / Evans, P.R. / Teo, C.H. / Nagai, K.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Resonance Assignments and Solution Structure of the Second RNA-Binding Domain of Sex-Lethal Determined by Multidimensional Heteronuclear Magnetic Resonance
著者: Lee, A.L. / Kanaar, R. / Rio, D.C. / Wemmer, D.E.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Determination of the Secondary Structure and Folding Topology of an RNA Binding Domain of Mammalian Hnrnp A1 Protein Using Three-Dimensional Heteronuclear Magnetic Resonance Spectroscopy
著者: Garrett, D.S. / Lodi, P.J. / Shamoo, Y. / Williams, K.R. / Clore, G.M. / Gronenborn, A.M.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1992
タイトル: 1H, 13C, and 15N NMR Assignments and Global Folding Pattern of the RNA-Binding Domain of the Human Hnrnp C Proteins
著者: Wittekind, M. / Gorlach, M. / Friedrichs, M. / Dreyfuss, G. / Mueller, L.
#5: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the RNA-Binding Domain of the U1 Small Nuclear Ribonucleoprotein A
著者: Nagai, K. / Oubridge, C. / Jessen, T.H. / Li, J. / Evans, P.R.
履歴
登録1997年7月16日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SEX-LETHAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0621
ポリマ－10,0621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / 200SMALLEST RESIDUAL ENERGY
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 SEX-LETHAL PROTEIN


分子量: 10061.507 Da / 分子数: 1 / 断片: RNA-BINDING DOMAIN 1 (RBD1), RESIDUES 122 - 209 / 変異: F166Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
細胞株: BL21 / 遺伝子: SEX-LETHAL / 器官: FRUIT / プラスミド: PK7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P19339

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131ROESY
141DQF-COSY
1511H-15N 2D HSQC
1611H-15N 2D HMQC-J
17115N-EDITED NOESY-HSQC

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試料調製

試料状態pH: 4.0 / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AMX500BrukerAMX5005001
Bruker AMX600BrukerAMX6006002

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1構造決定
精密化手法: HYBRID DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING METHOD
ソフトェア番号: 1
詳細: REFINEMENT WAS DONE USING THE HYBRID DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING METHOD (NILGES, M., CLORE, G.M., & GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT 229, 317-324) AS CONTAINED IN X-PLOR PROGRAM ...詳細: REFINEMENT WAS DONE USING THE HYBRID DISTANCE GEOMETRY/SIMULATED ANNEALING METHOD (NILGES, M., CLORE, G.M., & GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT 229, 317-324) AS CONTAINED IN X-PLOR PROGRAM VERSION 3.1 (BRUNGER, 1992). THE RMSD FOR THE BACKBONE COORDINATES OF THE 20 STRUCTURES ACCEPTED AFTER THE LAST ROUND OF REFINEMENT COMPARED TO THE AVERAGE COORDINATES WAS 0.86 (FOR RESIDUES INVOLVED IN SECONDARY STRUCTURE).
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: SMALLEST RESIDUAL ENERGY
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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