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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2spt | ||||||
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タイトル | DIFFERENCES IN THE METAL ION STRUCTURE BETWEEN SR-AND CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 | ||||||
![]() | PROTHROMBIN | ||||||
![]() | HYDROLASE(SERINE PROTEINASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / collagen-containing extracellular matrix / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tulinsky, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Differences in the metal ion structure between Sr- and Ca-prothrombin fragment 1. 著者: Seshadri, T.P. / Skrzypczak-Jankun, E. / Yin, M. / Tulinsky, A. #1: ![]() タイトル: The Ca2+ Ion and Membrane Binding Structure of the Gla Domain of Ca-Prothrombin Fragment 1 著者: Soriano-Garcia, M. / Padmanabhan, K. / De Vos, A.M. / Tulinsky, A. #2: ![]() タイトル: Structure of Bovine Prothrombin Fragment 1 Refined at 2.25 Angstroms Resolution 著者: Seshadri, T.P. / Tulinsky, A. / Skrzypczak-Jankun, E. / Park, C.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 33.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 54 / 2: CIS PROLINE - PRO 95 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16729.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() | ||||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-SR / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE BETWEEN SWISS-PROT AND PDB SEQUENCE. SWISS-PROT ENTRY NAME: ...SEQUENCE ADVISORY NOTICE DIFFERENCE | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: taken from Soriano-Garacia, M. et al (1989), Biochemistry, 28, 6805-6810. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.5 Å / Num. all: 10366 / Num. obs: 5331 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.5→7 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→7 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.167 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |