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- PDB-2spg: TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 T15S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2spg
タイトルTYPE III ANTIFREEZE PROTEIN ISOFORM HPLC 12 T15S
要素PROTEIN (ANTIFREEZE PROTEIN TYPE III)
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / MUTANT / ICE BINDING PROTEIN / THERMAL HYSTERESIS PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Type Iii Antifreeze Protein Isoform Hplc 12 / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種Macrozoarces americanus (魚類)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Graether, S.P. / Deluca, C.I. / Baardsnes, J. / Hill, G.A. / Davies, P.L. / Jia, Z.
引用
ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1999
タイトル: Quantitative and qualitative analysis of type III antifreeze protein structure and function.
著者: Graether, S.P. / DeLuca, C.I. / Baardsnes, J. / Hill, G.A. / Davies, P.L. / Jia, Z.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: The effects of steric mutations on the structure of type III antifreeze protein and its interaction with ice.
著者: DeLuca, C.I. / Davies, P.L. / Ye, Q. / Jia, Z.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1996
タイトル: Structural basis for the binding of a globular antifreeze protein to ice.
著者: Jia, Z. / DeLuca, C.I. / Chao, H. / Davies, P.L.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies on Type III antifreeze protein.
著者: Jia, Z. / DeLuca, C.I. / Davies, P.L.
#4: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1993
タイトル: Use of proline mutants to help solve the NMR solution structure of type III antifreeze protein.
著者: Chao, H. / Davies, P.L. / Sykes, B.D. / Sonnichsen, F.D.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Multiple genes provide the basis for antifreeze protein diversity and dosage in the ocean pout, Macrozoarces americanus.
著者: Hew, C.L. / Wang, N.C. / Joshi, S. / Fletcher, G.L. / Scott, G.K. / Hayes, P.H. / Buettner, B. / Davies, P.L.
履歴
登録1999年1月21日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年4月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ANTIFREEZE PROTEIN TYPE III)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9651
ポリマ－6,9651
非ポリマー00
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.276, 39.873, 44.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ANTIFREEZE PROTEIN TYPE III) / TYPE III ANTIFREEZE PROTEIN QAE ISOFORM


分子量: 6965.207 Da / 分子数: 1 / 変異: T15S, P64A, P65A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macrozoarces americanus (魚類) / プラスミド: PT7-7F / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19614
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.13 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Jia, Z., (1995) Protein Sci., 4, 1236. / PH range low: 4.5 / PH range high: 4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
13-3.5 mg/mlprotein1drop
225-27.5 %satammonium sulfate1drop
30.05 Msodium acetate1drop
450-55 %satammonium sulfate1reservoir
50.1 Msodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→25 Å / Num. obs: 6388 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.35 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 21851 / Rmerge(I) obs: 0.079

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: 1MSI

1msi


解像度: 1.75→8 Å / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 350 5 %RANDOM
Rwork0.192 ---
obs-6227 98 %-
原子変位パラメータBiso mean: 18.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数481 0 0 38 519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.06
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.054
Rfactor反射数%反射
Rfree0.348 41 5 %
Rwork0.29 705 -
obs--99.5 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: PARAM19X.PRO / Topol file: TOPH19X.PRO
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.183
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 18.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg28.1
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.25
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.348 / Rfactor Rwork: 0.29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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