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万見
- PDB-2sns: STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE. PROPOSED MECHANISM OF ACTION BASED ON ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sns
タイトルSTAPHYLOCOCCAL NUCLEASE. PROPOSED MECHANISM OF ACTION BASED ON STRUCTURE OF ENZYME-THYMIDINE 3(PRIME),5(PRIME)-BIPHOSPHATE-CALCIUM ION COMPLEX AT 1.5-ANGSTROMS RESOLUTION
要素THERMONUCLEASE PRECURSOR
キーワードHYDROLASE (PHOSPHORIC DIESTER)
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Legg, M.J. / Cotton, F.A. / Hazen Jr., E.E.
引用
ジャーナル: Thesis, Texas Agricultural and Mechanical University
年: 1977
タイトル: STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE. PROPOSED MECHANISM OF ACTION BASED ON STRUCTURE OF ENZYME-THYMIDINE 3(PRIME),5(PRIME)-BIPHOSPHATE-CALCIUM ION COMPLEX AT 1.5-ANGSTROMS RESOLUTION
著者: Cotton, F.A. / Hazen Jr., E.E. / Legg, M.J.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1979
タイトル: Staphylococcal nuclease: proposed mechanism of action based on structure of enzyme-thymidine 3',5'-bisphosphate-calcium ion complex at 1.5-A resolution.
著者: Cotton, F.A. / Hazenjunior, E.E. / Legg, M.J.
#3: ジャーナル: STRUCTURE AND CONFORMATION OF NUCLEIC ACIDS AND PROTEIN-NUCLEIC ACID INTERACTIONS : PROCEEDINGS OF THE FOURTH ANNUAL HARRY STEENBOCK SYMPOSIUM, JUNE 16-19, 1974, MADISON, WISCONSIN
年: 1975
タイトル: The Nucleotide Binding Site of Staphylococcal Nuclease and a New Approach to the Refinement of the Crystal Structures of Biological Macromolecules
著者: Collins, D.M. / Cotton, F.A. / Hazenjunior, E.E. / Legg, M.J.
#4: ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 1974
タイトル: Structure of Bis (Methylguanidinium) Monohydrogen Orthophosphate,A Model for the Arginine-Phosphate Interactions at the Active Site of Staphylococcal Nuclease and Other Phosphohydrolytic Enzymes
著者: Cotton, F.A. / Day, V.W. / Hazenjunior, E.E. / Larsen, S. / Wong, S.T.K.
#5: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Some Aspects of the Structure of Staphylococcal Nuclease,Part I,Crystallographic Studies
著者: Cotton, F.A. / Bier, C.J. / Day, V.W. / Hazenjunior, E.E. / Larsen, S.
#6: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1972
タイトル: Some Aspects of the Structure of Staphylococcal Nuclease,Part II,Studies in Solution
著者: Anfinsen, C.B. / Schechter, A.N. / Taniuchi, H.
#7: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1971
タイトル: A High Resolution Structure of an Inhibitor Complex of the Extracellular Nuclease of Staphylococcus Aureus,I.Experimental Procedures and Chain Tracing
著者: Arnone, A. / Bier, C.J. / Cotton, F.A. / Day, V.W. / Hazenjunior, E.E. / Richardson, D.C. / Richardson, J.S. / Yonath, A.
#8: ジャーナル: The Enzymes,Third Edition / 年: 1971
タイトル: Staphylococcal Nuclease X-Ray Structure
著者: Cotton, F.A. / Hazenjunior, E.E.
#2: ジャーナル: Thesis, Texas Agricultural and Mechanical University
年: 1976
著者: Stanislowski, A.G.
#9: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1982年5月14日処理サイト: BNL
置き換え1982年7月29日ID: 1SNS
改定 1.01982年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月2日Group: Structure summary
改定 1.42017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.52024年12月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.title / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET THERE ARE TWO BETA SHEETS WHICH FORM A DISTORTED VERSION OF A 5-STRANDED BETA BARREL. THE ...SHEET THERE ARE TWO BETA SHEETS WHICH FORM A DISTORTED VERSION OF A 5-STRANDED BETA BARREL. THE BARREL PATTERN IS -1,-1,+3, +1 IN THE NOTATION OF RICHARDSON.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: THERMONUCLEASE PRECURSOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2853
ポリマ－16,8421
非ポリマー4422
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.190, 48.190, 63.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Atom site foot note1: SEE REMARK 6.

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要素

#1: タンパク質 THERMONUCLEASE PRECURSOR


分子量: 16842.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
構成要素の詳細THE ENZYME IS INACTIVE IN THE PRESENCE OF A CALCIUM ION AND THE MOLECULE THYMIDINE 3(PRIME)-5(PRIME) ...THE ENZYME IS INACTIVE IN THE PRESENCE OF A CALCIUM ION AND THE MOLECULE THYMIDINE 3(PRIME)-5(PRIME) DIPHOSPHATE. THE STRUCTURE REPORTED HERE IS THE STRUCTURE WITH CALCIUM ION AND INHIBITOR BOUND.
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.7 %
結晶化
*PLUS
手法: unknown

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / Num. obs: 18400 / Num. measured all: 25000

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解析

精密化最高解像度: 1.5 Å
詳細: THE ELECTRON DENSITY MAP DID NOT DISTINCTLY REVEAL THE LOCATION OF THE FIRST FIVE OR THE LAST EIGHT AMINO ACID RESIDUES (I.E. 1-5 AND 142-149). THE FIRST FIVE RESIDUES COULD BE FITTED TO THE ...詳細: THE ELECTRON DENSITY MAP DID NOT DISTINCTLY REVEAL THE LOCATION OF THE FIRST FIVE OR THE LAST EIGHT AMINO ACID RESIDUES (I.E. 1-5 AND 142-149). THE FIRST FIVE RESIDUES COULD BE FITTED TO THE WEAK DENSITY IN SEVERAL DIFFERENT CONFORMATIONS, BUT THERE WAS INSUFFICIENT DENSITY NEAR THE CARBOXY TERMINUS TO PERMIT ANY ATTEMPTS AT FITTING. ATOMIC COORDINATES FOR ALL FITTED ATOMS APPEAR IN THIS ENTRY.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1125 0 26 0 1151
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONbond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONangle_d
X-RAY DIFFRACTIONangle_deg1.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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