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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2snm | ||||||
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タイトル | IN A STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE MUTANT THE SIDE-CHAIN of A LYSINE REPLACING VALINE 66 IS FULLY BURIED IN THE HYDROPHOBIC CORE | ||||||
要素 | STAPHYLOCOCCAL NUCLEASE | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PHOSPHORIC DIESTER | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endonuclease activity, active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and producing 3'-phosphomonoesters / micrococcal nuclease / nucleic acid binding / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 1.97 Å | ||||||
データ登録者 | Stites, W.E. / Gittis, A.G. / Lattman, E.E. / Shortle, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: In a staphylococcal nuclease mutant the side-chain of a lysine replacing valine 66 is fully buried in the hydrophobic core. 著者: Stites, W.E. / Gittis, A.G. / Lattman, E.E. / Shortle, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2snm.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2snm.ent.gz | 27.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2snm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/2snm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/2snm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: RESIDUE PRO 117 IS A CIS PROLINE. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16873.379 Da / 分子数: 1 / 変異: V66K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease |
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#2: 化合物 | ChemComp-CA / |
#3: 化合物 | ChemComp-THP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.78 % | |||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS pH: 8.8 / 手法: unknown | |||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.97→29.37 Å |
反射 | *PLUS 最高解像度: 1.97 Å / Num. obs: 9111 / % possible obs: 91 % / Num. measured all: 47042 / Rmerge(I) obs: 0.0351 |
反射 シェル | *PLUS 最高解像度: 1.97 Å / 最低解像度: 2 Å / % possible obs: 60 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.97→29.37 Å / Rfactor obs: 0.183 | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.97→29.37 Å
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 6 Å | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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