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万見
- PDB-2sn3: STRUCTURE OF SCORPION TOXIN VARIANT-3 AT 1.2 ANGSTROMS RESOLUTION -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2sn3
タイトルSTRUCTURE OF SCORPION TOXIN VARIANT-3 AT 1.2 ANGSTROMS RESOLUTION
要素SCORPION NEUROTOXIN (VARIANT 3)
キーワードTOXIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / : / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Centruroides exilicauda (サソリ)
手法X線回折 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Structure of scorpion toxin variant-3 at 1.2 A resolution.
著者: Zhao, B. / Carson, M. / Ealick, S.E. / Bugg, C.E.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Structure of Variant-3 Scorpion Neurotoxin from Centruroides Sculpturatus Ewing, Refined at 1.8 Angstroms Resolution
著者: Almassy, R.J. / Fontecilla-Camps, J.C. / Suddath, F.L. / Bugg, C.E.
#2: ジャーナル: Trends Biochem.Sci.(Pers. Ed.) / 年: 1981
タイトル: Architecture of Scorpion Neurotoxins. A Class of Membrane-Binding Proteins
著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Almassy, R.J. / Ealick, S.E. / Suddath, F.L. / Watt, D.D. / Feldmann, R.J. / Bugg, C.E.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Three-Dimensional Structure of a Protein from Scorpion Venom. A New Structural Class of Neurotoxins
著者: Fontecilla-Camps, J.C. / Almassy, R.J. / Suddath, F.L. / Watt, D.D. / Bugg, C.E.
履歴
登録1992年2月20日処理サイト: BNL
置き換え1994年1月31日ID: 1SN3
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SCORPION NEUROTOXIN (VARIANT 3)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2142
ポリマ－7,0961
非ポリマー1181
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.070, 41.940, 28.320
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Atom site foot note1: CIS PROLINE - PRO 59

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要素

#1: タンパク質 SCORPION NEUROTOXIN (VARIANT 3)


分子量: 7096.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Centruroides exilicauda (サソリ) / 参照: UniProt: P01494
#2: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.52 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.1 / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
366 %(v/v)MPD1reservoirunbuffered
1Tris-buffer protein 1drop
2MPD1drop

-
データ収集

反射
*PLUS
Num. obs: 18909 / Observed criterion σ(I): 1

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.2→10 Å / σ(F): 0 /
Rfactor反射数
obs0.192 17706
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数948 0 0 134 1082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0410.06
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0520.07
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0180.04
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1450.2
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1910.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.4630.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd0.4060.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor6.2
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor13.1
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor12.425
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.2 Å / 最低解像度: 10 Å / Num. reflection all: 17706 / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.192
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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