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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2skc | |||||||||
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タイトル | PYRIDOXAL PHOSPHORYLASE B IN COMPLEX WITH FLUOROPHOSPHATE, GLUCOSE AND INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE | |||||||||
要素 | PYRIDOXAL PHOSPHORYLASE B | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / GLYCOGEN PHOSPHORYLASE / GLYCOGEN METABOLISM / ALLOSTERIC ENZYME / PYRIDOXAL PHOSPHATE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / : / : / glycogen catabolic process / skeletal muscle myofibril / pyridoxal phosphate binding / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. / Acharya, K.R. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1996 タイトル: Activator anion binding site in pyridoxal phosphorylase b: the binding of phosphite, phosphate, and fluorophosphate in the crystal. 著者: Oikonomakos, N.G. / Zographos, S.E. / Tsitsanou, K.E. / Johnson, L.N. / Acharya, K.R. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2skc.cif.gz | 187 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2skc.ent.gz | 145.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2skc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2skc_validation.pdf.gz | 485.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2skc_full_validation.pdf.gz | 510.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2skc_validation.xml.gz | 19.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2skc_validation.cif.gz | 31 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/2skc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/2skc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 97291.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: IN COMPLEX WITH FLUOROPHOSPHATE, GLUCOSE AND INOSINE-5'-MONOPHOSPHATE 由来: (天然) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: MUSCLE / 参照: UniProt: P00489, glycogen phosphorylase |
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#2: 糖 | ChemComp-GLC / |
-非ポリマー , 4種, 290分子
#3: 化合物 | ChemComp-PLP / |
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#4: 化合物 | ChemComp-FPO / |
#5: 化合物 | ChemComp-IMP / |
#6: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: T-STATE PYRIDOXAL PHOSPHORYLASE B, FROM RABBIT MUSCLE, WAS CO-CRYSTALLIZED WITH 8-10 MM FLUOROPHOSPHATE IN A MEDIUM CONSISTING OF 15-25 MG/ML ENZYME, 2 MM IMP, 2 MM SPERMINE, 50 MM GLUCOSE, ...詳細: T-STATE PYRIDOXAL PHOSPHORYLASE B, FROM RABBIT MUSCLE, WAS CO-CRYSTALLIZED WITH 8-10 MM FLUOROPHOSPHATE IN A MEDIUM CONSISTING OF 15-25 MG/ML ENZYME, 2 MM IMP, 2 MM SPERMINE, 50 MM GLUCOSE, 10 MM BES, 0.1 MM EDTA, AND 0.02% SODIUM AZIDE, PH 6.7 (16 DEGREE C). JUST BEFORE DATA COLLECTION, THE CRYSTALS WERE TRANSFERRED TO A FRESH BUFFER SOLUTION, CONTAINING THE SAME CONSTITUENTS AS THEIR MOTHER LIQUOR WITH THE EXCEPTION OF THE PROTEIN., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX7.2 / 波長: 1.488 |
検出器 | 検出器: FILM / 日付: 1993年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→27.84 Å / Num. obs: 32599 / % possible obs: 84.55 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.077 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.51 Å / % possible all: 52.1 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 115457 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2PRJ 解像度: 2.4→27.84 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→27.84 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS σ(F): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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