+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2sgf | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | PHE 18 VARIANT OF TURKEY OVOMUCOID INHIBITOR THIRD DOMAIN COMPLEXED WITH STREPTOMYCES GRISEUS PROTEINASE B | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / COMPLEX (SERINE PROTEASE-INHIBITOR) / SERINE PROTEINASE / PROTEIN INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 streptogrisin B / molecular function inhibitor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Recruitment of a Buried K+ Ion to Stabilize the Negative Charge of Ionized P1 in the Hydrophobic Pocket: Crystal Structures of Glu18, Gln18, Asp18 and Asn18 Variants of Turkey Ovomucoid ...タイトル: Recruitment of a Buried K+ Ion to Stabilize the Negative Charge of Ionized P1 in the Hydrophobic Pocket: Crystal Structures of Glu18, Gln18, Asp18 and Asn18 Variants of Turkey Ovomucoid Inhibitor Third Domain Complexed with Streptomyces griseus Protease B at Various pHs 著者: Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski Jr., M. / James, M.N.G. #1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995 タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with ...タイトル: Water molecules participate in proteinase-inhibitor interactions: crystal structures of Leu18, Ala18, and Gly18 variants of turkey ovomucoid inhibitor third domain complexed with Streptomyces griseus proteinase B. 著者: Huang, K. / Lu, W. / Anderson, S. / Laskowski, M. / James, M.N. #2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1983 タイトル: Structure of the Complex of Streptomyces griseus Protease B and the Third Domain of the Turkey Ovomucoid Inhibitor at 1.8 Angstroms Resolution 著者: Read, R.J. / Fujinaga, M. / Sielecki, A.R. / James, M.N.G. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2sgf.cif.gz | 60.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2sgf.ent.gz | 42.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2sgf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/2sgf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/2sgf | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18653.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Streptomyces griseus (ストレプトマイシン生産菌) 株: K1 / 参照: UniProt: P00777, streptogrisin B |
---|---|
#2: タンパク質 | 分子量: 5619.305 Da / 分子数: 1 / Fragment: THIRD DOMAIN / Mutation: DEL(1-5), L18F / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Meleagris gallopavo (シチメンチョウ) プラスミド: PEZZ318.TKY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P68390 |
#3: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.91 % |
---|---|
結晶化 | pH: 6.5 / 詳細: 0.4 M SODIUM/POTASSIUM PHOSPHATE AT PH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 19032 / % possible obs: 93.2 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.043 |
-解析
ソフトウェア | 名称: TNT / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3SGB 解像度: 1.75→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO /
| ||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→20 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|